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linda6

木虫 (小有名气)

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[交流] 【求助】分子动力学模拟求扩散系数，最后一步不明白，请求给位大侠。

各位虫友，我在模拟计算甲基萘在聚合物中的扩散系数，在最后一步discover里analysis之前，怎么把它同聚合物区分开来？谢谢哦！

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1楼 2010-12-09 13:19:04

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xjw040

金虫 (正式写手)

应助: 2 (幼儿园)
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虫号: 629374

★ ★
ellsaking(金币+2):感谢详细回答~ 2010-12-21 19:09:00
linda6(金币+3): 2010-12-21 19:10:18

引用回帖:

Originally posted by linda6 at 2010-12-21 11:56:03:

就是因为甲基萘分子全选不了，所以后面的MSD也就做不出来了，支支招吧，谢谢了！呵呵

楼主，我刚选了一下，MATERIAL STUDIO可以的
方法如下：
1、选择甲基萘分子上的一个碳原子，右击选择Label，按ForcefieldType显示，力场为COMPASS，因而显示为c3a，
2、edit》atomSelection,出现对话框，SelectByProperty:forcefield,SelectionMode为创建新的选择，点击select，分子上的苯环上碳被选中，然后将SelectMode改为ADDING TO existing selection。点击select，甲基碳也被选中，最后再select就可以选择H了
3、edit》find edit》new，命名set。