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linda6

木虫 (小有名气)


[交流] 【求助】分子动力学模拟求扩散系数,最后一步不明白,请求给位大侠。

各位虫友,我在模拟计算甲基萘在聚合物中的扩散系数,在最后一步discover里analysis之前,怎么把它同聚合物区分开来?谢谢哦!
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xjw040

金虫 (正式写手)


★ ★
ellsaking(金币+2):感谢详细回答~ 2010-12-21 19:09:00
linda6(金币+3): 2010-12-21 19:10:18
引用回帖:
Originally posted by linda6 at 2010-12-21 11:56:03:

就是因为甲基萘分子全选不了,所以后面的MSD也就做不出来了,支支招吧,谢谢了!呵呵

楼主,我刚选了一下,MATERIAL STUDIO可以的
方法如下:
1、选择甲基萘分子上的一个碳原子,右击选择Label,按ForcefieldType显示,力场为COMPASS,因而显示为c3a,
2、edit》atomSelection,出现对话框,SelectByProperty:forcefield,SelectionMode为创建新的选择,点击select,分子上的苯环上碳被选中,然后将SelectMode改为ADDING TO existing selection。点击select,甲基碳也被选中,最后再select就可以选择H了
3、edit》find edit》new,命名set。
11楼2010-12-21 18:58:35
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龙牙山

金虫 (初入文坛)


引用回帖:
Originally posted by linda6 at 2010-12-09 13:19:04:
各位虫友,我在模拟计算甲基萘在聚合物中的扩散系数,在最后一步discover里analysis之前,怎么把它同聚合物区分开来?谢谢哦!

路过看看,私下交流。。
2楼2010-12-18 00:13:06
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xisogr

木虫 (正式写手)



sunyang1988(金币+1):谢谢交流 2010-12-18 15:18:54
linda6(金币+2): 2010-12-19 00:04:18
选中所有的甲基萘,在edit,edit sets里面把它们设为一组,分析均方位移。
3楼2010-12-18 13:49:02
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linda6

木虫 (小有名气)


引用回帖:
Originally posted by xisogr at 2010-12-18 13:49:02:
选中所有的甲基萘,在edit,edit sets里面把它们设为一组,分析均方位移。

请问怎么才能选中所有的甲基萘呢?他们离得挺远的,又不在一起啊,谢谢了!
4楼2010-12-19 22:03:09
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