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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 【求助】分子动力学模拟求扩散系数，最后一步不明白，请求给位大侠。
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linda6

木虫 (小有名气)

[交流] 【求助】分子动力学模拟求扩散系数，最后一步不明白，请求给位大侠。

各位虫友，我在模拟计算甲基萘在聚合物中的扩散系数，在最后一步discover里analysis之前，怎么把它同聚合物区分开来？谢谢哦！
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1楼 2010-12-09 13:19:04
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alphawei

金虫 (小有名气)
★
ellsaking(金币+1):谢谢回帖交流~欢迎常来本版~ 2010-12-22 09:43:02
整個分子的運動是否能用特定位置的C或H表示？
例如整團分子可能受限於運動路?剑瑹o法整體移動，但是可能繞中心點轉動或振動，此一行為是否會影響MSD計算？
此外DISVOVER可以做成動畫，FORCITE是否作MD時也能如此呈現？或者追蹤分子軌跡？
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14楼2010-12-22 09:37:52
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龙牙山

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by linda6 at 2010-12-09 13:19:04:
各位虫友，我在模拟计算甲基萘在聚合物中的扩散系数，在最后一步discover里analysis之前，怎么把它同聚合物区分开来？谢谢哦！

路过看看，私下交流。。
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2楼2010-12-18 00:13:06
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xisogr

木虫 (正式写手)
★
sunyang1988(金币+1):谢谢交流 2010-12-18 15:18:54
linda6(金币+2): 2010-12-19 00:04:18
选中所有的甲基萘，在edit，edit sets里面把它们设为一组，分析均方位移。
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3楼2010-12-18 13:49:02
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linda6

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by xisogr at 2010-12-18 13:49:02:
选中所有的甲基萘，在edit，edit sets里面把它们设为一组，分析均方位移。

请问怎么才能选中所有的甲基萘呢？他们离得挺远的，又不在一起啊，谢谢了！
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4楼2010-12-19 22:03:09
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