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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 根据MSD图求扩散系数
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)

老和山猥琐派九段

优秀版主

[求助] 根据MSD图求扩散系数

终于出来了一个结果。
根据爱因斯坦扩散公示，结合网上的帖子，我理解为：扩散系数为时间足够长时位移均方差对时间的一阶倒数的六分之一。如下图，时间看起来是足够长了，但平衡部分不是一条直线，看起来是一条斜率增加中的曲线。请问怎么确定扩散系数呢？苯在分子筛内部的扩散不适用爱因斯坦扩散公示？或者计算方面要做什么修改？

这个算例是DL_POLY_CLASSIC中的TEST6,一个苯环分子在分子筛中的扩散。
根据MSD图求扩散系数
CONFIG.jpg
根据MSD图求扩散系数-1
MSD_from_DL_POLY_CLASSIC.jpg
根据MSD图求扩散系数-2
MSD求导.jpg

[ Last edited by cenwanglai on 2013-11-3 at 14:30 ]
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@ghcacj

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1楼2013-11-03 14:00:15
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)

老和山猥琐派九段

优秀版主
引用回帖:
5楼: Originally posted by Awcse at 2015-11-30 20:26:18
你好，请问，你是怎么处理数据得道MSD计算曲线的？

用DL_POLY的GUI.jar图形工具
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6楼2015-11-30 23:15:58
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月只蓝

主管区长 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
cenwanglai: 金币+5, 非常感谢~ 2013-11-03 15:38:37
MD计算扩散系数的时候，一般只取中间段的数据，图中2~4ps的数据线性就很好，拟合直线，得直线斜率，再乘以6。
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MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助！时间精力有限，恕不接受无偿私信求助。
2楼2013-11-03 15:29:44
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)

老和山猥琐派九段

优秀版主
还有两个问题请教：

（1）算气体自扩散系数，结构模型为包含N个文字的立方盒子。统计模型是不是算这N个分子的平均位移均方差随时间的导数？
（2）算包含两种气体分子混合体系中分子A相对分子B的扩算系数，统计模型是什么呢？

@月只蓝

[ Last edited by cenwanglai on 2013-11-3 at 15:49 ]
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3楼2013-11-03 15:47:51
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月只蓝

主管区长 (职业作家)
引用回帖:
3楼: Originally posted by cenwanglai at 2013-11-03 15:47:51
还有两个问题请教：

（1）算气体自扩散系数，结构模型为包含N个文字的立方盒子。统计模型是不是算这N个分子的平均位移均方差随时间的导数？
（2）算包含两种气体分子混合体系中分子A相对分子B的扩算系数，统计模 ...

对于问题1，我认为是的，就是算这N个分子的平均位移均方差随时间的导数。
对于问题2，我没有研究过，我想是不是可以分别算两种气体分子在分子筛中的扩算系数，然后两个结果相除。
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MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助！时间精力有限，恕不接受无偿私信求助。
4楼2013-11-03 17:28:29
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