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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 分子模拟中MSD的问题讨论
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zhl1987091

木虫 (小有名气)

[交流] 分子模拟中MSD的问题讨论

首先我先交代一下背景哈：我现在用Materials Studio 做分子模拟，研究的主要是高压下的膜气体分离的问题；
然后说一下细节：在做气体在膜中的扩散模拟的时候，需要用到（均方位移曲线）MSD，大多数的文献中对于得到MSD的模拟都是用的Forcite中的NVT动力学模拟再分析得到；
问题来了：
1、但是因为我的模拟需要考虑高压的问题，NVT并没有压力的设定啊，是不是可以认为压力为0呢？
2、请问我可以用NPT来模拟这个过程吗？如果用NPT模拟的话，膜晶格的密度肯定会变化啊（现实中膜材料的密度肯定是不变的）
这个问题实在是让我纠结啊！
3、如果都不行的话，这个压力的因素怎样和扩散联系起来呢？
4、计算自由体积时，分子探针半径大小该怎么选择呢？


上次发问题好多回帖的是来蹭金币的，这次改为手动发放金币了，希望有明白的同仁，能给指点一二，只要问题能解决，金币我不在乎，可以无限追加！

[ Last edited by zhl1987091 on 2014-1-6 at 09:50 ]
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1楼 2014-01-02 09:07:47
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笑笑愁

金虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
6楼: Originally posted by zhl1987091 at 2014-01-02 16:06:00
我先试一下，但是呢，高压下的吸附量是比较大的啊，这样是不是会很费机时，有没有可以取代的方法？（金币好像不能超过10个啊，没关系，如果成功了，我可以买成红花送给你啊）我可能还有后续的问题，还要多多帮助啊 ...

MD需要动力学积分，很耗机时。除非减小盒子大小，没有好方法
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7楼2014-01-02 16:08:25
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笑笑愁

金虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-01-02 10:43:30
zhl1987091: 金币+10, 本来是想给30个金币的，无奈最多只能给10个 2014-01-02 15:34:07
做扩散肯定是要NVT系综的，楼主的三个问题我并在一起回答。
文献里的经常有扩散系数与压力的关系曲线，实际上是先做一定压力下的GCMC，然后把得到的构型跑MD，原来的一定压力就是你扩散MSD对应的压力哦；我们组做了很多这方面的。希望对你有帮助。
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3楼2014-01-02 09:38:16
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zhl1987091

木虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 笑笑愁 at 2014-01-02 09:38:16
做扩散肯定是要NVT系综的，楼主的三个问题我并在一起回答。
文献里的经常有扩散系数与压力的关系曲线，实际上是先做一定压力下的GCMC，然后把得到的构型跑MD，原来的一定压力就是你扩散MSD对应的压力哦；我们组做了 ...

在前面做吸附溶解模拟的过程中有用到这个GCMC，比如说我做扩散要用到的压力是50bar的话，是不是就是要先做一下在50bar的压力下，晶格的溶解吸附能力，然后再利用得到的这个含有气体分子的模型，进而模拟扩散过程，就算是考虑到压力的影响了呢？
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4楼2014-01-02 15:33:01
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笑笑愁

金虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
4楼: Originally posted by zhl1987091 at 2014-01-02 15:33:01
在前面做吸附溶解模拟的过程中有用到这个GCMC，比如说我做扩散要用到的压力是50bar的话，是不是就是要先做一下在50bar的压力下，晶格的溶解吸附能力，然后再利用得到的这个含有气体分子的模型，进而模拟扩散过程， ...

对的，就是这样滴
回帖评分哪里可以多次给金币的吧
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5楼2014-01-02 15:47:27
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