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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 【讨论】分子对接的基本问题
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

[交流] 【讨论】分子对接的基本问题

在自己做对接的时候：觉得有几个问题应该讨论
1.对于同源模建的模型，有没有必要在对接前进行分子动力学模拟优化结构？
我的意见是有必要，我一般做6~8ns的分子动力学模拟，评价指标定为PROCHECK,ERRAT和VERIFY_3D.虽然优化后的结果在这三项指标上未必会比优化前好，但是我认为优化后的结构应该会更稳定，因此我会采用优化后的结构。
2.小分子的构型是否需要优化？
我个人的意见是应该优化，但是优化的标准是什么呢？我一般利用CHEM3D中的GAMESS进行量子化学计算，获得能量最低值的构象，以此作为最可能的构象用于分子对接。
3.评分函数的可靠性
这个就和我们能获得的对接软件有关了，个人觉得不管是哪种软件，其评分函数都是存在一定近似的，所谓的合理不合理只是一个相对的比例问题，也许针对特定的配体-受体，不同的对接软件的优劣性就会改变。
以上就是我对这个问题的一些思考，希望大家对这些问题展开讨论，不吝赐教。
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1楼2010-08-17 20:17:41
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
zh1987hs(金币+10):听老汉的话，受益匪浅啊 2010-08-18 08:15:33
ghcacj(金币+8):谢谢 2010-08-18 08:59:33
分子对接，和构效关系一样，在每个实际案例中，都是能适应比较小的范畴，而不应推广到较大的范畴。这有点像分析化学的标准曲线，不同的成分，在吸光度方面的变化呈线性（兰博-比尔定律），只能是在一个有限的浓度范围内。

对受体、配体进行结构优化是有必要的，但没必要过度优化。
因为分子对接的本意，是：
（1）比较一系列结构非常近似的配体，与同一受体的相互作用，或者
（2）同一配体自身，若干“合理”构象，与同一受体的相互作用
从中找出比较“好”的对接姿态和能量。

就能量计算的绝对性来说，分子对接（软件）过程本身，就是一个相当粗略的步骤（分子力学，非量子化学），因此，它的长处是比较相对性，而不是绝对性。

如果哪个配体有个另类的取代基（与其它配体相同位置的取代基差别很大），或者弄个出类拔萃、德艺双馨的构象，分子对接的结果只能是个悲剧。

对接打分函数本身，就是一个统计性的结果而已。你拿富士康的那个情况，与国内世界一流大学的那个情况进行比较，或许能找到一定的相似性，但这样做，除了吸引一定的注意力之外，没有任何价值。你也可以发明自己的打分函数，比如特别适合含卤素的配体，但请你还是把氟给排除在外吧。
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2楼2010-08-18 07:42:39
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britney137803

至尊木虫 (著名写手)
★ ★
zh1987hs(金币+5):。。。。。。。姐姐来喽~ 2010-08-18 08:16:36
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-08-18 08:59:47
虽然还是新手，但是比较同意楼上观点
分子对接本身就是一个优化过程
所有软件都是模拟，优化出来的结果未必是真是情况
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3楼2010-08-18 08:07:05
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
引用回帖:
Originally posted by yalefield at 2010-08-18 07:42:39:
分子对接，和构效关系一样，在每个实际案例中，都是能适应比较小的范畴，而不应推广到较大的范畴。这有点像分析化学的标准曲线，不同的成分，在吸光度方面的变化呈线性（兰博-比尔定律），只能是在一个有限的浓度 ...

感谢老汉的回答，受益匪浅啊
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4楼2010-08-18 08:16:14
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
引用回帖:
Originally posted by britney137803 at 2010-08-18 08:07:05:
虽然还是新手，但是比较同意楼上观点
分子对接本身就是一个优化过程
所有软件都是模拟，优化出来的结果未必是真是情况

同意，就我们的实际来说，模拟只是为实验服务的一种手段，毕竟不能取代实验
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5楼2010-08-18 08:17:48
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可米kemi

银虫 (小有名气)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
御剑江湖(金币+1): 谢谢 2011-07-06 18:21:11
看了以上能容，个人理解是不是在做分子对接前对分子进行结构优化，是为了找到该结构的最优构象，从而与受体对接成功的可能性最大。
问题：1.但是对接成功后，配体的构象也有可能改变，那又该怎么处理呢？
2.此外，在上面提到的打分函数，为什么要把氟排除在外呢？
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6楼2011-07-06 11:33:31
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wwb168
送鲜花一朵
7楼2011-08-26 13:34:05
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chemozhang

木虫 (正式写手)
帖子真精彩!
已经收录到淘贴专辑《分子对接问题锦集》
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故地如重游月圆更寂寞
8楼2011-09-05 18:36:12
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zhang360

新虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
任何基于统计分析出来的结果最终都得经过验证才可信，模拟只是节约了一些不必要的实验步骤而已。
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9楼2016-07-09 23:53:49
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