24小时热门版块排行榜    

查看: 2634  |  回复: 7

whqllj

金虫 (正式写手)

[求助] 分子模拟小白提问 各位达人指教

本人是分子模拟小白 问题太白了还望各位不要取笑
我用sybyl X做docking,为了验证这个docking模型的可靠性呢 把配体抽出来后也放进去docking 结果从晶体中抽出的配体构象和docking出来的构象rmsd值很大(都接近2了 sigh)
请问各位达人 我该怎么优化docking模型呢?
回复此楼
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

blue_cat

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
chaizhm(金币+2): 谢谢~ 2012-01-05 09:54:59
可以试试别的对接软件,一般RMSD小于2说明该软件适用于你的体系,换换别的软件找到RMSD最小的。

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

DS
2楼2012-01-05 08:05:26
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

whqllj

金虫 (正式写手)

送鲜花一朵
引用回帖:
: Originally posted by blue_cat at 2012-01-05 08:05:26:
可以试试别的对接软件,一般RMSD小于2说明该软件适用于你的体系,换换别的软件找到RMSD最小的。

谢谢您
不能还是用sybyl 通过调整软件参数什么的来优化嚒?
3楼2012-01-05 13:46:48
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

leo1252

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
jiaoyixiong(金币+5): 鼓励交流 2012-01-05 21:17:41
你用得subyl什么模块进行对接的啊?RMSD有没有考虑氢原子,应该去除氢原子,RMSD=2证明对接是成功的啊。

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

4楼2012-01-05 21:03:48
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

whqllj

金虫 (正式写手)

送鲜花一朵
引用回帖:
: Originally posted by leo1252 at 2012-01-05 21:03:48:
你用得subyl什么模块进行对接的啊?RMSD有没有考虑氢原子,应该去除氢原子,RMSD=2证明对接是成功的啊。

我是用surflex docking
奥 要去除氢的啊 我再试试
我看文献都只有零点几 这个二不是说明很大了嚒?
不知道这个对接是否成功用RMSD验证的标准是什么
5楼2012-01-05 22:44:05
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

leo1252

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
chaizhm(金币+3): 谢谢~ 2012-01-06 10:51:39
引用回帖:
5楼: Originally posted by whqllj at 2012-01-05 22:44:05:
我是用surflex docking
奥 要去除氢的啊 我再试试
我看文献都只有零点几 这个二不是说明很大了嚒?
不知道这个对接是否成功用RMSD验证的标准是什么

sulflex是基于形状匹配进行的对接,是一个还不错的对接模块。
你计算RMSD的时候不要考虑氢原子,只考虑重原子就可以了。
一般的对接程序成功与否与选取的体系有关,RMSD小于二是对接成功的,也有文献说RMSD小于2.5是对接成功,对于配体较大的分子,有的甚至RMSD小于3都被认为是对接成功,但是RMSD小于2基本都会认为是对接成功的。在体系不同的情况下,不要和文献上面的RMSD是零点几相比较,只有体系相同的情况下才有可比性。
6楼2012-01-06 05:01:26
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

whqllj

金虫 (正式写手)

引用回帖:
: Originally posted by leo1252 at 2012-01-06 05:01:26:
sulflex是基于形状匹配进行的对接,是一个还不错的对接模块。
你计算RMSD的时候不要考虑氢原子,只考虑重原子就可以了。
一般的对接程序成功与否与选取的体系有关,RMSD小于二是对接成功的,也有文献说RMSD小于 ...

好的 非常感谢您
7楼2012-01-06 12:19:41
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

shouling

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

请问一下楼主,您在用Sybyl-X进行docking时时如何计算您原本蛋白晶体中配体的RMSD值的呢?假如RMSD值大于2,您是如何调节syybl-X中的参数以达到让RMSD值小于2的目的的呢?谢谢楼主
8楼2013-04-19 16:46:24
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 whqllj 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 范进中举一文的中心思想 +4 炎黄贵胄 2026-08-22 5/250 2026-08-24 02:09 by 流流伤
[基金申请] 2026国自然函评费到账 +16 羊腰板 2026-08-21 17/850 2026-08-23 23:02 by tianxiaochun
[基金申请] 让我中一个面上吧! +12 大萍1987 2026-08-20 15/750 2026-08-23 20:44 by 大萍1987
[基金申请] 2026年的国家社科基金项目通讯评审的新规则与新动向、新挑战 +4 process2012 2026-08-23 5/250 2026-08-23 19:58 by jurkat.1640
[教师之家] 跳槽后在研项目怎么办? +5 简单化xn 2026-08-22 10/500 2026-08-23 12:38 by 简单化xn
[基金申请] 什么时候开奖? +9 CrisMessi 2026-08-18 10/500 2026-08-23 12:03 by 丶昵称占用
[基金申请] 93BebMhtakh前后11位开头都是大写 +7 且听虎啸 2026-08-17 8/400 2026-08-22 21:55 by 医学老男孩
[基金申请] 只有每年这种时候来逛逛小木虫 +24 yaoyewhu2008 2026-08-20 26/1300 2026-08-22 17:43 by kammury
[基金申请] 今天基金会出结果吗?20260819 +16 kkkl_v 2026-08-19 17/850 2026-08-22 16:12 by 阿布Abu
[基金申请] 时间戳今天,20号变了 +5 archvillain 2026-08-20 5/250 2026-08-22 06:12 by hui_daxiao
[基金申请] 放榜前的不淡定 40+4 snowwithsea 2026-08-19 14/700 2026-08-21 23:51 by cratir
[基金申请] 今日不放榜?网传国自然预计 8 月 27 日可查结果 +16 医学老男孩 2026-08-20 20/1000 2026-08-21 21:13 by Ldrop2023
[基金申请] 科研孤儿太难了 +17 我4大白菜 2026-08-20 18/900 2026-08-21 20:57 by zhangev
[基金申请] 时间戳又变了 +13 wuchongjun 2026-08-20 19/950 2026-08-21 17:21 by 紫杉醇
[论文投稿] 投稿咨询 +5 wwm09 2026-08-17 7/350 2026-08-21 10:11 by 期刊论文帮手
[基金申请] 今天放榜没戏了吧 +9 yuleib84 2026-08-19 11/550 2026-08-21 10:06 by gltch
[基金申请] 估计是周四 +3 archvillain 2026-08-18 3/150 2026-08-21 01:48 by jnhyjjm
[基金申请] 时间戳变了,能看出什么问题? +18 基诺咪客 2026-08-17 23/1150 2026-08-20 17:19 by Godzela
[基金申请] 重要消息,中午系统在维护 +11 yuleib84 2026-08-18 12/600 2026-08-20 11:09 by xskun
[基金申请] 朋友圈看到的 +6 wangzilk 2026-08-18 8/400 2026-08-19 10:55 by Haru815
信息提示
请填处理意见