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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 分子模拟小白提问 各位达人指教
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whqllj

金虫 (正式写手)

[求助] 分子模拟小白提问 各位达人指教

本人是分子模拟小白 问题太白了还望各位不要取笑
我用sybyl X做docking，为了验证这个docking模型的可靠性呢 把配体抽出来后也放进去docking 结果从晶体中抽出的配体构象和docking出来的构象rmsd值很大（都接近2了 sigh）
请问各位达人 我该怎么优化docking模型呢？
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1楼2012-01-04 22:23:11
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blue_cat

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm(金币+2): 谢谢~ 2012-01-05 09:54:59
可以试试别的对接软件，一般RMSD小于2说明该软件适用于你的体系，换换别的软件找到RMSD最小的。
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whqllj
DS
2楼2012-01-05 08:05:26
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whqllj

金虫 (正式写手)
送鲜花一朵
引用回帖:
楼: Originally posted by blue_cat at 2012-01-05 08:05:26:
可以试试别的对接软件，一般RMSD小于2说明该软件适用于你的体系，换换别的软件找到RMSD最小的。

谢谢您
不能还是用sybyl 通过调整软件参数什么的来优化嚒？
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3楼2012-01-05 13:46:48
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leo1252

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong(金币+5): 鼓励交流 2012-01-05 21:17:41
你用得subyl什么模块进行对接的啊？RMSD有没有考虑氢原子，应该去除氢原子，RMSD=2证明对接是成功的啊。
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whqllj
4楼2012-01-05 21:03:48
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whqllj

金虫 (正式写手)
送鲜花一朵
引用回帖:
楼: Originally posted by leo1252 at 2012-01-05 21:03:48:
你用得subyl什么模块进行对接的啊？RMSD有没有考虑氢原子，应该去除氢原子，RMSD=2证明对接是成功的啊。

我是用surflex docking
奥 要去除氢的啊 我再试试
我看文献都只有零点几 这个二不是说明很大了嚒？
不知道这个对接是否成功用RMSD验证的标准是什么
赞一下 回复此楼
5楼2012-01-05 22:44:05
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leo1252

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
chaizhm(金币+3): 谢谢~ 2012-01-06 10:51:39
引用回帖:
5楼: Originally posted by whqllj at 2012-01-05 22:44:05:
我是用surflex docking
奥 要去除氢的啊 我再试试
我看文献都只有零点几 这个二不是说明很大了嚒？
不知道这个对接是否成功用RMSD验证的标准是什么

sulflex是基于形状匹配进行的对接，是一个还不错的对接模块。
你计算RMSD的时候不要考虑氢原子，只考虑重原子就可以了。
一般的对接程序成功与否与选取的体系有关，RMSD小于二是对接成功的，也有文献说RMSD小于2.5是对接成功，对于配体较大的分子，有的甚至RMSD小于3都被认为是对接成功，但是RMSD小于2基本都会认为是对接成功的。在体系不同的情况下，不要和文献上面的RMSD是零点几相比较，只有体系相同的情况下才有可比性。
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6楼2012-01-06 05:01:26
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whqllj

金虫 (正式写手)
引用回帖:
楼: Originally posted by leo1252 at 2012-01-06 05:01:26:
sulflex是基于形状匹配进行的对接，是一个还不错的对接模块。
你计算RMSD的时候不要考虑氢原子，只考虑重原子就可以了。
一般的对接程序成功与否与选取的体系有关，RMSD小于二是对接成功的，也有文献说RMSD小于 ...

好的 非常感谢您
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7楼2012-01-06 12:19:41
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shouling

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

请问一下楼主，您在用Sybyl-X进行docking时时如何计算您原本蛋白晶体中配体的RMSD值的呢？假如RMSD值大于2，您是如何调节syybl-X中的参数以达到让RMSD值小于2的目的的呢？谢谢楼主
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8楼2013-04-19 16:46:24
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