24小时热门版块排行榜    

查看: 2592  |  回复: 7

whqllj

金虫 (正式写手)

[求助] 分子模拟小白提问 各位达人指教

本人是分子模拟小白 问题太白了还望各位不要取笑
我用sybyl X做docking,为了验证这个docking模型的可靠性呢 把配体抽出来后也放进去docking 结果从晶体中抽出的配体构象和docking出来的构象rmsd值很大(都接近2了 sigh)
请问各位达人 我该怎么优化docking模型呢?
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

分子模拟

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

blue_cat

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
chaizhm(金币+2): 谢谢~ 2012-01-05 09:54:59
可以试试别的对接软件,一般RMSD小于2说明该软件适用于你的体系,换换别的软件找到RMSD最小的。

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

DS
2楼2012-01-05 08:05:26
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

whqllj

金虫 (正式写手)

送鲜花一朵
引用回帖:
: Originally posted by blue_cat at 2012-01-05 08:05:26:
可以试试别的对接软件,一般RMSD小于2说明该软件适用于你的体系,换换别的软件找到RMSD最小的。

谢谢您
不能还是用sybyl 通过调整软件参数什么的来优化嚒?
3楼2012-01-05 13:46:48
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

leo1252

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
jiaoyixiong(金币+5): 鼓励交流 2012-01-05 21:17:41
你用得subyl什么模块进行对接的啊?RMSD有没有考虑氢原子,应该去除氢原子,RMSD=2证明对接是成功的啊。

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

4楼2012-01-05 21:03:48
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

whqllj

金虫 (正式写手)

送鲜花一朵
引用回帖:
: Originally posted by leo1252 at 2012-01-05 21:03:48:
你用得subyl什么模块进行对接的啊?RMSD有没有考虑氢原子,应该去除氢原子,RMSD=2证明对接是成功的啊。

我是用surflex docking
奥 要去除氢的啊 我再试试
我看文献都只有零点几 这个二不是说明很大了嚒?
不知道这个对接是否成功用RMSD验证的标准是什么
5楼2012-01-05 22:44:05
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

leo1252

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
chaizhm(金币+3): 谢谢~ 2012-01-06 10:51:39
引用回帖:
5楼: Originally posted by whqllj at 2012-01-05 22:44:05:
我是用surflex docking
奥 要去除氢的啊 我再试试
我看文献都只有零点几 这个二不是说明很大了嚒?
不知道这个对接是否成功用RMSD验证的标准是什么

sulflex是基于形状匹配进行的对接,是一个还不错的对接模块。
你计算RMSD的时候不要考虑氢原子,只考虑重原子就可以了。
一般的对接程序成功与否与选取的体系有关,RMSD小于二是对接成功的,也有文献说RMSD小于2.5是对接成功,对于配体较大的分子,有的甚至RMSD小于3都被认为是对接成功,但是RMSD小于2基本都会认为是对接成功的。在体系不同的情况下,不要和文献上面的RMSD是零点几相比较,只有体系相同的情况下才有可比性。
6楼2012-01-06 05:01:26
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

whqllj

金虫 (正式写手)

引用回帖:
: Originally posted by leo1252 at 2012-01-06 05:01:26:
sulflex是基于形状匹配进行的对接,是一个还不错的对接模块。
你计算RMSD的时候不要考虑氢原子,只考虑重原子就可以了。
一般的对接程序成功与否与选取的体系有关,RMSD小于二是对接成功的,也有文献说RMSD小于 ...

好的 非常感谢您
7楼2012-01-06 12:19:41
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

shouling

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

请问一下楼主,您在用Sybyl-X进行docking时时如何计算您原本蛋白晶体中配体的RMSD值的呢?假如RMSD值大于2,您是如何调节syybl-X中的参数以达到让RMSD值小于2的目的的呢?谢谢楼主
8楼2013-04-19 16:46:24
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 whqllj 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[教师之家] 售SCI一区文章,我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 jRl3mE6ddZGq 2026-08-03 7/350 2026-08-04 03:35 by k7OM8YghWbkC
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 jRl3mE6ddZGq 2026-08-03 6/300 2026-08-04 03:34 by k7OM8YghWbkC
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 jRl3mE6ddZGq 2026-08-03 5/250 2026-08-04 03:30 by k7OM8YghWbkC
[博后之家] 售SCI一区文章,我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 cu9Nq1xK233Z 2026-08-03 7/350 2026-08-04 03:27 by k7OM8YghWbkC
[考博] 售SCI一区T0P文章,我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 cu9Nq1xK233Z 2026-08-03 4/200 2026-08-04 03:25 by k7OM8YghWbkC
[考研] 售SCI一区文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 cu9Nq1xK233Z 2026-08-03 8/400 2026-08-04 03:21 by k7OM8YghWbkC
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 cu9Nq1xK233Z 2026-08-03 12/600 2026-08-04 03:17 by k7OM8YghWbkC
[教师之家] 售SCI一区文章,我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 cu9Nq1xK233Z 2026-08-03 7/350 2026-08-04 02:10 by Ocx3OKOzGU4q
[基金申请] 什么时候能放榜呀? +3 Jacob678 2026-08-03 3/150 2026-08-03 16:14 by gltch
[有机交流] 一个有机合成实验室都需要哪些设备? 50+3 kf2781974 2026-07-31 8/400 2026-08-03 16:02 by yanghuping
[高分子] UV压敏胶开发 +3 ichall 2026-07-30 5/250 2026-08-03 14:40 by Sunrisepay
[基金申请] 面上提前没消息,有中的吗 +14 archvillain 2026-08-02 16/800 2026-08-03 12:23 by fuweiguochen
[基金申请] 面上再次挂了,太难了,躺也躺不了,倦也卷不过,小学校之殇! +19 低垂的野花 2026-07-31 25/1250 2026-08-03 09:25 by gy116024
[基金申请] 2026年国自然面上资助率 +16 布布和一二 2026-07-30 22/1100 2026-08-03 09:20 by gy116024
[教师之家] 基础研究怎么拉横向,学校到款任务越来越多,难以完成 拉横向,都有哪些途径啊 +8 锦衣卫寒战 2026-07-28 12/600 2026-08-03 08:22 by syl200707
[基金申请] 微信指数没变化,科研之友没阅读 +15 wangze12014 2026-07-28 19/950 2026-08-02 20:05 by 蔡棒棒菂
[考博] 2027年申博 50+3 射雕英雄胜 2026-07-30 3/150 2026-08-02 09:36 by lfy8008
[高分子] HXDI做水性聚氨酯乳液,是不是特别容易出渣 15+3 yuyusuv 2026-07-29 3/150 2026-07-31 09:21 by huizingga
[基金申请] 系统今天又提示维护了,估计离放榜不远了 +11 winnerche 2026-07-29 15/750 2026-07-30 23:08 by jnhyjjm
[基金申请] 你们的时间戳变了吗 +3 archvillain 2026-07-30 4/200 2026-07-30 18:53 by levinzhwen
信息提示
请填处理意见