应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 分子模拟小白提问 各位达人指教
81/1返回列表
查看: 2662  |  回复: 7
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

whqllj

金虫 (正式写手)

[求助] 分子模拟小白提问 各位达人指教

本人是分子模拟小白 问题太白了还望各位不要取笑
我用sybyl X做docking，为了验证这个docking模型的可靠性呢 把配体抽出来后也放进去docking 结果从晶体中抽出的配体构象和docking出来的构象rmsd值很大（都接近2了 sigh）
请问各位达人 我该怎么优化docking模型呢？
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

分子模拟

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2012-01-04 22:23:11
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

blue_cat

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm(金币+2): 谢谢~ 2012-01-05 09:54:59
可以试试别的对接软件，一般RMSD小于2说明该软件适用于你的体系，换换别的软件找到RMSD最小的。
赞一下(1人) 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

whqllj
DS
2楼2012-01-05 08:05:26
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

whqllj

金虫 (正式写手)
送鲜花一朵
引用回帖:
楼: Originally posted by blue_cat at 2012-01-05 08:05:26:
可以试试别的对接软件，一般RMSD小于2说明该软件适用于你的体系，换换别的软件找到RMSD最小的。

谢谢您
不能还是用sybyl 通过调整软件参数什么的来优化嚒？
赞一下 回复此楼
3楼2012-01-05 13:46:48
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

leo1252

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong(金币+5): 鼓励交流 2012-01-05 21:17:41
你用得subyl什么模块进行对接的啊？RMSD有没有考虑氢原子，应该去除氢原子，RMSD=2证明对接是成功的啊。
赞一下(1人) 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

whqllj
4楼2012-01-05 21:03:48
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

whqllj

金虫 (正式写手)
送鲜花一朵
引用回帖:
楼: Originally posted by leo1252 at 2012-01-05 21:03:48:
你用得subyl什么模块进行对接的啊？RMSD有没有考虑氢原子，应该去除氢原子，RMSD=2证明对接是成功的啊。

我是用surflex docking
奥 要去除氢的啊 我再试试
我看文献都只有零点几 这个二不是说明很大了嚒？
不知道这个对接是否成功用RMSD验证的标准是什么
赞一下 回复此楼
5楼2012-01-05 22:44:05
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

leo1252

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
chaizhm(金币+3): 谢谢~ 2012-01-06 10:51:39
引用回帖:
5楼: Originally posted by whqllj at 2012-01-05 22:44:05:
我是用surflex docking
奥 要去除氢的啊 我再试试
我看文献都只有零点几 这个二不是说明很大了嚒？
不知道这个对接是否成功用RMSD验证的标准是什么

sulflex是基于形状匹配进行的对接，是一个还不错的对接模块。
你计算RMSD的时候不要考虑氢原子，只考虑重原子就可以了。
一般的对接程序成功与否与选取的体系有关，RMSD小于二是对接成功的，也有文献说RMSD小于2.5是对接成功，对于配体较大的分子，有的甚至RMSD小于3都被认为是对接成功，但是RMSD小于2基本都会认为是对接成功的。在体系不同的情况下，不要和文献上面的RMSD是零点几相比较，只有体系相同的情况下才有可比性。
赞一下(1人) 回复此楼
6楼2012-01-06 05:01:26
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

whqllj

金虫 (正式写手)
引用回帖:
楼: Originally posted by leo1252 at 2012-01-06 05:01:26:
sulflex是基于形状匹配进行的对接，是一个还不错的对接模块。
你计算RMSD的时候不要考虑氢原子，只考虑重原子就可以了。
一般的对接程序成功与否与选取的体系有关，RMSD小于二是对接成功的，也有文献说RMSD小于 ...

好的 非常感谢您
回复此楼
7楼2012-01-06 12:19:41
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

shouling

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

请问一下楼主，您在用Sybyl-X进行docking时时如何计算您原本蛋白晶体中配体的RMSD值的呢？假如RMSD值大于2，您是如何调节syybl-X中的参数以达到让RMSD值小于2的目的的呢？谢谢楼主
赞一下 回复此楼
8楼2013-04-19 16:46:24
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 whqllj 的主题更新
81/1返回列表
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[教师之家] 导师吐槽：我怎么摊上了这么个极品研究生！ +9 苏东坡二世 2026-08-23 9/450 2026-08-29 14:41 by hustersqt
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +4 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 7/350 2026-08-29 14:15 by jCd0dEvKHShX
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +5 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 9/450 2026-08-29 14:03 by jCd0dEvKHShX
[考研] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +4 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 6/300 2026-08-29 11:40 by jCd0dEvKHShX
[找工作] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 6/300 2026-08-29 11:29 by jCd0dEvKHShX
[基金申请] 2026年叶企孙基金 +4 bud_bud 2026-08-27 7/350 2026-08-29 07:23 by foolishmani
[基金申请] 为什么资助数各大高校都创新高，自己申请怎么就这么难 +12 Kittylucky 2026-08-27 13/650 2026-08-29 00:04 by superceng
[基金申请] 基金不中，共勉 +11 eulota 2026-08-26 11/550 2026-08-28 14:22 by 火星超人xi
[基金申请] 基金系统什么内容也没有 30+4 winsaint 2026-08-27 9/450 2026-08-28 11:06 by maolC
[基金申请] 怎么查啊 +6 huang1991js 2026-08-26 6/300 2026-08-28 08:42 by winsaint
[基金申请] 面上合作单位盖章 +5 ssyjh 2026-08-27 5/250 2026-08-27 20:50 by gdfollow
[基金申请] 怎么看青基中了没有啊 +5 叶九微 2026-08-26 5/250 2026-08-27 10:35 by l_zh2008
[基金申请] 为什么 国际(地区)合作与交流项目 没有放榜？ 10+3 majunge000 2026-08-26 11/550 2026-08-27 08:42 by 北京莱茵编辑
[基金申请] 我不理解！ +15 Edward_pc 2026-08-26 23/1150 2026-08-26 20:34 by zzuzxg
[基金申请] 2026年的国家社科基金项目通讯评审的新规则与新动向、新挑战 +7 process2012 2026-08-23 10/500 2026-08-26 19:23 by hmhminy
[基金申请] 出来了 +9 trojank 2026-08-26 9/450 2026-08-26 14:25 by 宝贝虫子
[基金申请] 国际合作可查了，中了面上 (EPI+1)(金币+50) +18 Ldrop2023 2026-08-26 18/900 2026-08-26 11:15 by cmrandy
[基金申请] 国合现在查不到了吗？ +10 chengyan1220 2026-08-24 20/1000 2026-08-26 08:57 by peasantsprig
[基金申请] 明天应该可查了！？ +6 chengyan1220 2026-08-23 6/300 2026-08-25 19:45 by zfd97
[基金申请] 如果此刻你正在为国基感到焦虑，不妨来听听这首《基金之外》 +8 scalable 2026-08-24 8/400 2026-08-25 12:52 by jnhyjjm
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭