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whqllj

金虫 (正式写手)

[求助] 分子模拟小白提问 各位达人指教

本人是分子模拟小白 问题太白了还望各位不要取笑
我用sybyl X做docking,为了验证这个docking模型的可靠性呢 把配体抽出来后也放进去docking 结果从晶体中抽出的配体构象和docking出来的构象rmsd值很大(都接近2了 sigh)
请问各位达人 我该怎么优化docking模型呢?
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shouling

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

请问一下楼主,您在用Sybyl-X进行docking时时如何计算您原本蛋白晶体中配体的RMSD值的呢?假如RMSD值大于2,您是如何调节syybl-X中的参数以达到让RMSD值小于2的目的的呢?谢谢楼主
8楼2013-04-19 16:46:24
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