24小时热门版块排行榜    

查看: 2234  |  回复: 7
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

whqllj

金虫 (正式写手)

[求助] 分子模拟小白提问 各位达人指教

本人是分子模拟小白 问题太白了还望各位不要取笑
我用sybyl X做docking,为了验证这个docking模型的可靠性呢 把配体抽出来后也放进去docking 结果从晶体中抽出的配体构象和docking出来的构象rmsd值很大(都接近2了 sigh)
请问各位达人 我该怎么优化docking模型呢?
回复此楼
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

leo1252

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
jiaoyixiong(金币+5): 鼓励交流 2012-01-05 21:17:41
你用得subyl什么模块进行对接的啊?RMSD有没有考虑氢原子,应该去除氢原子,RMSD=2证明对接是成功的啊。

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

4楼2012-01-05 21:03:48
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

leo1252

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
chaizhm(金币+3): 谢谢~ 2012-01-06 10:51:39
引用回帖:
5楼: Originally posted by whqllj at 2012-01-05 22:44:05:
我是用surflex docking
奥 要去除氢的啊 我再试试
我看文献都只有零点几 这个二不是说明很大了嚒?
不知道这个对接是否成功用RMSD验证的标准是什么

sulflex是基于形状匹配进行的对接,是一个还不错的对接模块。
你计算RMSD的时候不要考虑氢原子,只考虑重原子就可以了。
一般的对接程序成功与否与选取的体系有关,RMSD小于二是对接成功的,也有文献说RMSD小于2.5是对接成功,对于配体较大的分子,有的甚至RMSD小于3都被认为是对接成功,但是RMSD小于2基本都会认为是对接成功的。在体系不同的情况下,不要和文献上面的RMSD是零点几相比较,只有体系相同的情况下才有可比性。
6楼2012-01-06 05:01:26
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 whqllj 的主题更新
信息提示
请填处理意见