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whqllj

金虫 (正式写手)

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[求助] 分子模拟小白提问各位达人指教

本人是分子模拟小白问题太白了还望各位不要取笑
我用sybyl X做docking，为了验证这个docking模型的可靠性呢把配体抽出来后也放进去docking 结果从晶体中抽出的配体构象和docking出来的构象rmsd值很大（都接近2了 sigh）
请问各位达人我该怎么优化docking模型呢？

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1楼 2012-01-04 22:23:11

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leo1252

金虫 (正式写手)

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【答案】应助回帖

★ ★ ★
chaizhm(金币+3): 谢谢~ 2012-01-06 10:51:39

引用回帖:

5楼: Originally posted by whqllj at 2012-01-05 22:44:05:
我是用surflex docking
奥要去除氢的啊我再试试
我看文献都只有零点几这个二不是说明很大了嚒？
不知道这个对接是否成功用RMSD验证的标准是什么

sulflex是基于形状匹配进行的对接，是一个还不错的对接模块。
你计算RMSD的时候不要考虑氢原子，只考虑重原子就可以了。
一般的对接程序成功与否与选取的体系有关，RMSD小于二是对接成功的，也有文献说RMSD小于2.5是对接成功，对于配体较大的分子，有的甚至RMSD小于3都被认为是对接成功，但是RMSD小于2基本都会认为是对接成功的。在体系不同的情况下，不要和文献上面的RMSD是零点几相比较，只有体系相同的情况下才有可比性。

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6楼2012-01-06 05:01:26

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blue_cat

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【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm(金币+2): 谢谢~ 2012-01-05 09:54:59

可以试试别的对接软件，一般RMSD小于2说明该软件适用于你的体系，换换别的软件找到RMSD最小的。

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