应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 分子模拟小白提问 各位达人指教
81/1返回列表
查看: 2372  |  回复: 7
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

whqllj

金虫 (正式写手)

[求助] 分子模拟小白提问 各位达人指教

本人是分子模拟小白 问题太白了还望各位不要取笑
我用sybyl X做docking，为了验证这个docking模型的可靠性呢 把配体抽出来后也放进去docking 结果从晶体中抽出的配体构象和docking出来的构象rmsd值很大（都接近2了 sigh）
请问各位达人 我该怎么优化docking模型呢？
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

分子模拟

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2012-01-04 22:23:11
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

blue_cat

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm(金币+2): 谢谢~ 2012-01-05 09:54:59
可以试试别的对接软件，一般RMSD小于2说明该软件适用于你的体系，换换别的软件找到RMSD最小的。
赞一下(1人) 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

whqllj
DS
2楼2012-01-05 08:05:26
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

whqllj

金虫 (正式写手)
送鲜花一朵
引用回帖:
楼: Originally posted by blue_cat at 2012-01-05 08:05:26:
可以试试别的对接软件，一般RMSD小于2说明该软件适用于你的体系，换换别的软件找到RMSD最小的。

谢谢您
不能还是用sybyl 通过调整软件参数什么的来优化嚒？
赞一下 回复此楼
3楼2012-01-05 13:46:48
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

leo1252

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong(金币+5): 鼓励交流 2012-01-05 21:17:41
你用得subyl什么模块进行对接的啊？RMSD有没有考虑氢原子，应该去除氢原子，RMSD=2证明对接是成功的啊。
赞一下(1人) 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

whqllj
4楼2012-01-05 21:03:48
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

whqllj

金虫 (正式写手)
送鲜花一朵
引用回帖:
楼: Originally posted by leo1252 at 2012-01-05 21:03:48:
你用得subyl什么模块进行对接的啊？RMSD有没有考虑氢原子，应该去除氢原子，RMSD=2证明对接是成功的啊。

我是用surflex docking
奥 要去除氢的啊 我再试试
我看文献都只有零点几 这个二不是说明很大了嚒？
不知道这个对接是否成功用RMSD验证的标准是什么
赞一下 回复此楼
5楼2012-01-05 22:44:05
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

leo1252

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
chaizhm(金币+3): 谢谢~ 2012-01-06 10:51:39
引用回帖:
5楼: Originally posted by whqllj at 2012-01-05 22:44:05:
我是用surflex docking
奥 要去除氢的啊 我再试试
我看文献都只有零点几 这个二不是说明很大了嚒？
不知道这个对接是否成功用RMSD验证的标准是什么

sulflex是基于形状匹配进行的对接，是一个还不错的对接模块。
你计算RMSD的时候不要考虑氢原子，只考虑重原子就可以了。
一般的对接程序成功与否与选取的体系有关，RMSD小于二是对接成功的，也有文献说RMSD小于2.5是对接成功，对于配体较大的分子，有的甚至RMSD小于3都被认为是对接成功，但是RMSD小于2基本都会认为是对接成功的。在体系不同的情况下，不要和文献上面的RMSD是零点几相比较，只有体系相同的情况下才有可比性。
赞一下(1人) 回复此楼
6楼2012-01-06 05:01:26
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

whqllj

金虫 (正式写手)
引用回帖:
楼: Originally posted by leo1252 at 2012-01-06 05:01:26:
sulflex是基于形状匹配进行的对接，是一个还不错的对接模块。
你计算RMSD的时候不要考虑氢原子，只考虑重原子就可以了。
一般的对接程序成功与否与选取的体系有关，RMSD小于二是对接成功的，也有文献说RMSD小于 ...

好的 非常感谢您
回复此楼
7楼2012-01-06 12:19:41
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

shouling

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

请问一下楼主，您在用Sybyl-X进行docking时时如何计算您原本蛋白晶体中配体的RMSD值的呢？假如RMSD值大于2，您是如何调节syybl-X中的参数以达到让RMSD值小于2的目的的呢？谢谢楼主
赞一下 回复此楼
8楼2013-04-19 16:46:24
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 whqllj 的主题更新
81/1返回列表
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 307求调剂 +9 冷笙123 2026-03-17 9/450 2026-03-19 22:44 by 学员8dgXkO
[考研] 0856调剂，是学校就去 +6 sllhht 2026-03-19 7/350 2026-03-19 19:50 by 制度的
[考研] 【考研调剂】化学专业 281分，一志愿四川大学，诚心求调剂 +5 吃吃吃才有意义 2026-03-19 5/250 2026-03-19 16:18 by 30660438
[考研] 一志愿中海洋材料工程专硕330分求调剂 +7 小材化本科 2026-03-18 7/350 2026-03-19 10:46 by Linda Hu
[考研] 328求调剂，英语六级551，有科研经历 +3 生物工程调剂 2026-03-17 7/350 2026-03-18 20:41 by Wangjingyue
[考研] 一志愿武理材料305分求调剂 +5 想上岸的鲤鱼 2026-03-18 6/300 2026-03-18 17:53 by 无际的草原
[考研] 295求调剂 +3 一志愿京区211 2026-03-18 5/250 2026-03-18 17:03 by zhaoqian0518
[考研] 298-一志愿中国农业大学-求调剂 +7 手机用户 2026-03-17 7/350 2026-03-18 14:34 by vgtyfty
[考博] 环境领域全国重点实验室招收博士1-2名 +3 QGZDSYS 2026-03-13 5/250 2026-03-18 11:13 by QGZDSYS
[考研] 工科材料085601 279求调剂 +6 困于星晨 2026-03-17 6/300 2026-03-18 10:21 by kkcoco25
[考研] 0703化学336分求调剂 +6 zbzihdhd 2026-03-15 7/350 2026-03-18 09:53 by zhukairuo
[考研] 301求调剂 +9 yy要上岸呀 2026-03-17 9/450 2026-03-18 08:58 by 无际的草原
[考研] 293求调剂 +11 zjl的号 2026-03-16 16/800 2026-03-18 08:10 by zhukairuo
[考研] 326求调剂 +5 上岸的小葡 2026-03-15 6/300 2026-03-17 17:26 by ruiyingmiao
[考研] 308求调剂 +4 是Lupa啊 2026-03-16 4/200 2026-03-17 17:12 by ruiyingmiao
[考研] 材料专硕326求调剂 +6 墨煜姒莘 2026-03-15 7/350 2026-03-17 17:10 by ruiyingmiao
[考研] 0703化学调剂 290分有科研经历，论文在投 +7 腻腻gk 2026-03-14 7/350 2026-03-16 10:12 by houyaoxu
[考研] 26考研一志愿中国石油大学(华东)305分求调剂 +3 嘉年新程 2026-03-15 3/150 2026-03-15 13:58 by 哈哈哈哈嘿嘿嘿
[考研] 22408总分284求调剂 +3 InAspic 2026-03-13 3/150 2026-03-15 11:10 by zhq0425
[考研] 中科大材料专硕319求调剂 +3 孟鑫材料 2026-03-13 3/150 2026-03-14 18:10 by houyaoxu
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭