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【讨论】分子对接的基本问题
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在自己做对接的时候：觉得有几个问题应该讨论 1.对于同源模建的模型，有没有必要在对接前进行分子动力学模拟优化结构？ 我的意见是有必要，我一般做6~8ns的分子动力学模拟，评价指标定为PROCHECK,ERRAT和VERIFY_3D.虽然优化后的结果在这三项指标上未必会比优化前好，但是我认为优化后的结构应该会更稳定，因此我会采用优化后的结构。 2.小分子的构型是否需要优化？ 我个人的意见是应该优化，但是优化的标准是什么呢？我一般利用CHEM3D中的GAMESS进行量子化学计算，获得能量最低值的构象，以此作为最可能的构象用于分子对接。 3.评分函数的可靠性 这个就和我们能获得的对接软件有关了，个人觉得不管是哪种软件，其评分函数都是存在一定近似的，所谓的合理不合理只是一个相对的比例问题，也许针对特定的配体-受体，不同的对接软件的优劣性就会改变。 以上就是我对这个问题的一些思考，希望大家对这些问题展开讨论，不吝赐教。 |
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