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xbjyccnu

银虫 (小有名气)

[交流] 【讨论】大环化合物的对接问题

小女子目前用glide对了一下晶体里的ligand,奈何这个ligand是大环化合物(16环),口袋呢,开口比较小,硬是没给对进去,非常恼火。
请问下,谁有过这种经验啊,或是试用别的软件,能对进去吗??
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

★ ★
xbjyccnu(金币+1): 2010-09-23 21:32:19
lei0736(金币+2):谢谢 2010-09-29 15:48:01
对接和开口大小有关系吗?而且我很好奇,如果活性口袋的开口很小,这个底物是怎么进入活性口袋的呢?
2楼2010-09-23 20:27:50
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xbjyccnu

银虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by zh1987hs at 2010-09-23 20:27:50:
对接和开口大小有关系吗?而且我很好奇,如果活性口袋的开口很小,这个底物是怎么进入活性口袋的呢?

所以说大环化合物对接的时候,会碰到壁,而被罚分出来,所以对的时候没对进去。
3楼2010-09-23 21:31:46
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

★ ★
xbjyccnu(金币+1): 2010-09-24 19:57:45
lei0736(金币+2):谢谢 2010-09-29 15:48:14
引用回帖:
Originally posted by xbjyccnu at 2010-09-23 21:31:46:


所以说大环化合物对接的时候,会碰到壁,而被罚分出来,所以对的时候没对进去。

你的意思是本身这个化合物是可以和酶结合的,但是因为对接程序的设置导致对接不上?那换些对接软件试试吧,比如AUTODOCK~
4楼2010-09-23 22:36:34
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)

★ ★
xbjyccnu(金币+1): 2010-09-24 19:57:56
zh1987hs(金币+2):谢谢 2010-09-24 21:03:25
可以把那个晶体结构,作一下动力学,也许口袋就打开了,欧认为口袋大小无所谓,关键是里面的腔穴体积大否。
除了你的亲人,没有人应该对你好,对你好的人,一定要珍惜。
5楼2010-09-23 22:39:19
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

★ ★
lei0736(金币+2):谢谢 2010-09-29 15:48:24
引用回帖:
Originally posted by tjegg at 2010-09-23 22:39:19:
可以把那个晶体结构,作一下动力学,也许口袋就打开了,欧认为口袋大小无所谓,关键是里面的腔穴体积大否。

同意仁兄的意见~如果是因为活性口袋的限制,底物根本就进不去,应该是这个酶的晶体结构并不是适合结合的最佳构象,所以这个时候口袋的入口是较小的
6楼2010-09-23 22:41:26
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xbjyccnu

银虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by zh1987hs at 2010-09-23 22:36:34:

你的意思是本身这个化合物是可以和酶结合的,但是因为对接程序的设置导致对接不上?那换些对接软件试试吧,比如AUTODOCK~

对呀,晶体结构就是化合物跟酶的complex !!我意思就是问下,谁对这种大环分子比较有经验,我也知道用别的软件试试,把全部的对接软件都试一遍,那我也不用在这问了,呵呵~~
7楼2010-09-24 20:01:57
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)

欧明白了,现在流行快餐文化。。。
除了你的亲人,没有人应该对你好,对你好的人,一定要珍惜。
8楼2010-09-24 20:11:39
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xbjyccnu

银虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by tjegg at 2010-09-24 20:11:39:
欧明白了,现在流行快餐文化。。。

不太明白意思?利用别人的经验少走弯路嘛,再说这是讨论,不是依葫芦画瓢。
9楼2010-09-24 21:43:08
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