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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【讨论】大环化合物的对接问题
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xbjyccnu

银虫 (小有名气)

[交流] 【讨论】大环化合物的对接问题

小女子目前用glide对了一下晶体里的ligand，奈何这个ligand是大环化合物（16环），口袋呢，开口比较小，硬是没给对进去，非常恼火。
请问下，谁有过这种经验啊，或是试用别的软件，能对进去吗？？
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1楼 2010-09-23 20:00:50
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
★ ★
xbjyccnu(金币+1): 2010-09-23 21:32:19
lei0736(金币+2):谢谢 2010-09-29 15:48:01
对接和开口大小有关系吗？而且我很好奇，如果活性口袋的开口很小，这个底物是怎么进入活性口袋的呢？
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2楼2010-09-23 20:27:50
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xbjyccnu

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by zh1987hs at 2010-09-23 20:27:50:
对接和开口大小有关系吗？而且我很好奇，如果活性口袋的开口很小，这个底物是怎么进入活性口袋的呢？

所以说大环化合物对接的时候，会碰到壁，而被罚分出来，所以对的时候没对进去。
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3楼2010-09-23 21:31:46
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
★ ★
xbjyccnu(金币+1): 2010-09-24 19:57:45
lei0736(金币+2):谢谢 2010-09-29 15:48:14
引用回帖:
Originally posted by xbjyccnu at 2010-09-23 21:31:46:


所以说大环化合物对接的时候，会碰到壁，而被罚分出来，所以对的时候没对进去。

你的意思是本身这个化合物是可以和酶结合的，但是因为对接程序的设置导致对接不上？那换些对接软件试试吧，比如AUTODOCK~
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4楼2010-09-23 22:36:34
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★
xbjyccnu(金币+1): 2010-09-24 19:57:56
zh1987hs(金币+2):谢谢 2010-09-24 21:03:25
可以把那个晶体结构，作一下动力学，也许口袋就打开了，欧认为口袋大小无所谓，关键是里面的腔穴体积大否。
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除了你的亲人，没有人应该对你好，对你好的人，一定要珍惜。
5楼2010-09-23 22:39:19
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
★ ★
lei0736(金币+2):谢谢 2010-09-29 15:48:24
引用回帖:
Originally posted by tjegg at 2010-09-23 22:39:19:
可以把那个晶体结构，作一下动力学，也许口袋就打开了，欧认为口袋大小无所谓，关键是里面的腔穴体积大否。

同意仁兄的意见~如果是因为活性口袋的限制，底物根本就进不去，应该是这个酶的晶体结构并不是适合结合的最佳构象，所以这个时候口袋的入口是较小的
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6楼2010-09-23 22:41:26
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xbjyccnu

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by zh1987hs at 2010-09-23 22:36:34:

你的意思是本身这个化合物是可以和酶结合的，但是因为对接程序的设置导致对接不上？那换些对接软件试试吧，比如AUTODOCK~

对呀，晶体结构就是化合物跟酶的complex ！！我意思就是问下，谁对这种大环分子比较有经验，我也知道用别的软件试试，把全部的对接软件都试一遍，那我也不用在这问了，呵呵~~
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7楼2010-09-24 20:01:57
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
欧明白了，现在流行快餐文化。。。
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除了你的亲人，没有人应该对你好，对你好的人，一定要珍惜。
8楼2010-09-24 20:11:39
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xbjyccnu

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by tjegg at 2010-09-24 20:11:39:
欧明白了，现在流行快餐文化。。。

不太明白意思？利用别人的经验少走弯路嘛，再说这是讨论，不是依葫芦画瓢。
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9楼2010-09-24 21:43:08
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