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【讨论】分子对接的基本问题
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在自己做对接的时候：觉得有几个问题应该讨论 1.对于同源模建的模型，有没有必要在对接前进行分子动力学模拟优化结构？ 我的意见是有必要，我一般做6~8ns的分子动力学模拟，评价指标定为PROCHECK,ERRAT和VERIFY_3D.虽然优化后的结果在这三项指标上未必会比优化前好，但是我认为优化后的结构应该会更稳定，因此我会采用优化后的结构。 2.小分子的构型是否需要优化？ 我个人的意见是应该优化，但是优化的标准是什么呢？我一般利用CHEM3D中的GAMESS进行量子化学计算，获得能量最低值的构象，以此作为最可能的构象用于分子对接。 3.评分函数的可靠性 这个就和我们能获得的对接软件有关了，个人觉得不管是哪种软件，其评分函数都是存在一定近似的，所谓的合理不合理只是一个相对的比例问题，也许针对特定的配体-受体，不同的对接软件的优劣性就会改变。 以上就是我对这个问题的一些思考，希望大家对这些问题展开讨论，不吝赐教。 |
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5楼2010-08-18 08:17:48
yalefield
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zh1987hs(金币+10):听老汉的话，受益匪浅啊 2010-08-18 08:15:33
ghcacj(金币+8):谢谢 2010-08-18 08:59:33
zh1987hs(金币+10):听老汉的话，受益匪浅啊 2010-08-18 08:15:33
ghcacj(金币+8):谢谢 2010-08-18 08:59:33
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分子对接，和构效关系一样，在每个实际案例中，都是能适应比较小的范畴，而不应推广到较大的范畴。这有点像分析化学的标准曲线，不同的成分，在吸光度方面的变化呈线性（兰博-比尔定律），只能是在一个有限的浓度范围内。 对受体、配体进行结构优化是有必要的，但没必要过度优化。 因为分子对接的本意，是： （1）比较一系列结构非常近似的配体，与同一受体的相互作用，或者 （2）同一配体自身，若干“合理”构象，与同一受体的相互作用 从中找出比较“好”的对接姿态和能量。 就能量计算的绝对性来说，分子对接（软件）过程本身，就是一个相当粗略的步骤（分子力学，非量子化学），因此，它的长处是比较相对性，而不是绝对性。 如果哪个配体有个另类的取代基（与其它配体相同位置的取代基差别很大），或者弄个出类拔萃、德艺双馨的构象，分子对接的结果只能是个悲剧。 对接打分函数本身，就是一个统计性的结果而已。你拿富士康的那个情况，与国内世界一流大学的那个情况进行比较，或许能找到一定的相似性，但这样做，除了吸引一定的注意力之外，没有任何价值。你也可以发明自己的打分函数，比如特别适合含卤素的配体，但请你还是把氟给排除在外吧。 |
2楼2010-08-18 07:42:39
britney137803
至尊木虫 (著名写手)
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3楼2010-08-18 08:07:05
4楼2010-08-18 08:16:14
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