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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】分子对接软件到底哪个好？
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ufo1977

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】分子对接软件到底哪个好？

我想研究，2个分子间相互作用和情况，比如：杯芳烃和氨基酸。希望能找到能够使它们docking的软件。docking 常用软件有：Dock, Auto Dock, surflex, glide ,gold, MVD...但大部分都是针对蛋白质和小分子作用的，我的体系不大。

我找了Auto Dock4.02 试了一下，杯芳烃和氨基酸能组装好，但是2个乙酸就不对了。MVD号称最好，还没试。J. Chem. Inf. Model. 2009, 49, 1455–1474 评测文章又说surflex最好。迷惑啊。。。令人气愤的是都说的是蛋白质和小分子，或者蛋白质和蛋白质，难道2个有机分子，或者其他高分子就不行？ 郁闷啊！！

希望高手能指点迷津，推荐适合较小体系，比较准确的docking软件。

[ Last edited by ghcacj on 2010-12-23 at 15:29 ]
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1楼 2010-12-23 15:27:48
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ferlich

禁虫 (小有名气)
★ ★
ufo1977(金币+1):谢谢参与 2010-12-23 18:36:42
ghcacj(金币+2):谢谢 2011-01-13 11:48:31
本帖内容被屏蔽
2楼2010-12-23 16:47:39
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ufo1977

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by ferlich at 2010-12-23 16:47:39:
结果不好，不见得就是人家软件不好
你的参数设置是否合理对结果的影响是很大的

我没说人家软件不好，分子力场本来就是依靠参数的，但是我不至于为了某2个分子的docking就去优化一套参数出来吧，而且关键我也不是主修分子模拟的，我是有机的。而且对于小分子半经验应该也是可以的，不知道有没有合适的软件。  只不过在求教懂行的人出来指点一下，你要是懂行就指点一下，光这样说我不明白你什么意思，郁闷！

[ Last edited by ufo1977 on 2010-12-23 at 18:38 ]
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3楼2010-12-23 18:35:38
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arthurii

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
ufo1977(金币+1):其实你也没说什么，我只是要求推荐一个软件而已，看来你也没玩过，呵呵。谢谢参与！ 2010-12-23 21:43:09
ghcacj(金币+3):谢谢 2011-01-13 11:49:14
内容已删除
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4楼2010-12-23 19:16:37
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ferlich

禁虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★ ★
zh1987hs(金币+3):谢谢 2010-12-25 23:06:00
zh1987hs(金币+3):谢谢 2010-12-25 23:06:32
本帖内容被屏蔽
5楼2010-12-23 20:48:00
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ufo1977

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by ferlich at 2010-12-23 20:48:00:


呵呵，我的意思是说你在设置对接时用的程序参数，包括对接时小分子结构的模建，小分子的起始位置，对接的次数，同时对大小分子力场参数的选取都会影响你最终的对接结果
我建议你将你对接的具体软件参数设置以 ...

谢谢答复，其实我是在问那个软件适合干这件事情。我还没干呢，调整参数是后话。你用过什么类似的软件啊？
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6楼2010-12-23 22:00:46
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
★
ufo1977(金币+1):这是常识。寻找一个分子的最低能量构型已经比较困难了，现在要分子对接，不光是一个分子而是两个分子对接后的全局最低能量，这是非常难的。所以大部分研究都是靠手动建模，现在docing软件可以为我们建模提供有价值的参考。 2010-12-24 16:23:19
ghcacj(金币+1):谢谢 2011-01-13 11:50:15
小分子之间相互作用，还是用量化方法好，如高斯。。。
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7楼2010-12-24 10:26:39
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ferlich

禁虫 (小有名气)
★ ★ ★
zh1987hs(金币+3):谢谢 2010-12-25 23:06:29
ufo1977(金币+2):估计只能如此了，谢谢！我在想：为什么我老是想到一些大家都不想的问题呢，我的问题老没能解决掉，难道我太非主流，不应该啊！ 2010-12-31 05:04:58
本帖内容被屏蔽
8楼2010-12-24 17:24:42
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lixiaolin530

银虫 (正式写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+1):谢谢 2011-01-13 11:50:07
我觉得还是应情况而异了 我用的suflex 貌似很多朋友用的是 autodock
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9楼2011-01-12 20:36:50
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chemozhang

木虫 (正式写手)
帖子真精彩!
已经收录到淘贴专辑《分子对接问题锦集》
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10楼2011-09-05 19:54:54
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PSA

专家顾问 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
适合的、能解释问题的就是好的！没有最好，只有更好吧
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11楼2012-08-08 17:31:23
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匿名

用户注销 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
本帖仅楼主可见
12楼2014-10-17 15:32:11
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jhn183

至尊木虫 (著名写手)
推荐SYBYL，呵呵，
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13楼2014-12-22 23:08:07
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hhw123456

铜虫 (初入文坛)
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14楼2019-07-03 19:40:51
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