应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】分子对接软件到底哪个好？
141/1返回列表
查看: 7554  |  回复: 13
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

ufo1977

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】分子对接软件到底哪个好？

我想研究，2个分子间相互作用和情况，比如：杯芳烃和氨基酸。希望能找到能够使它们docking的软件。docking 常用软件有：Dock, Auto Dock, surflex, glide ,gold, MVD...但大部分都是针对蛋白质和小分子作用的，我的体系不大。

我找了Auto Dock4.02 试了一下，杯芳烃和氨基酸能组装好，但是2个乙酸就不对了。MVD号称最好，还没试。J. Chem. Inf. Model. 2009, 49, 1455–1474 评测文章又说surflex最好。迷惑啊。。。令人气愤的是都说的是蛋白质和小分子，或者蛋白质和蛋白质，难道2个有机分子，或者其他高分子就不行？ 郁闷啊！！

希望高手能指点迷津，推荐适合较小体系，比较准确的docking软件。

[ Last edited by ghcacj on 2010-12-23 at 15:29 ]
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

分子对接问题锦集

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼 2010-12-23 15:27:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ferlich

禁虫 (小有名气)
★ ★
ufo1977(金币+1):谢谢参与 2010-12-23 18:36:42
ghcacj(金币+2):谢谢 2011-01-13 11:48:31
本帖内容被屏蔽
2楼2010-12-23 16:47:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ufo1977

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by ferlich at 2010-12-23 16:47:39:
结果不好，不见得就是人家软件不好
你的参数设置是否合理对结果的影响是很大的

我没说人家软件不好，分子力场本来就是依靠参数的，但是我不至于为了某2个分子的docking就去优化一套参数出来吧，而且关键我也不是主修分子模拟的，我是有机的。而且对于小分子半经验应该也是可以的，不知道有没有合适的软件。  只不过在求教懂行的人出来指点一下，你要是懂行就指点一下，光这样说我不明白你什么意思，郁闷！

[ Last edited by ufo1977 on 2010-12-23 at 18:38 ]
赞一下 回复此楼
3楼2010-12-23 18:35:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

arthurii

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
ufo1977(金币+1):其实你也没说什么，我只是要求推荐一个软件而已，看来你也没玩过，呵呵。谢谢参与！ 2010-12-23 21:43:09
ghcacj(金币+3):谢谢 2011-01-13 11:49:14
内容已删除
回复此楼
4楼2010-12-23 19:16:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ferlich

禁虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★ ★
zh1987hs(金币+3):谢谢 2010-12-25 23:06:00
zh1987hs(金币+3):谢谢 2010-12-25 23:06:32
本帖内容被屏蔽
5楼2010-12-23 20:48:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ufo1977

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by ferlich at 2010-12-23 20:48:00:


呵呵，我的意思是说你在设置对接时用的程序参数，包括对接时小分子结构的模建，小分子的起始位置，对接的次数，同时对大小分子力场参数的选取都会影响你最终的对接结果
我建议你将你对接的具体软件参数设置以 ...

谢谢答复，其实我是在问那个软件适合干这件事情。我还没干呢，调整参数是后话。你用过什么类似的软件啊？
赞一下 回复此楼
6楼2010-12-23 22:00:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
★
ufo1977(金币+1):这是常识。寻找一个分子的最低能量构型已经比较困难了，现在要分子对接，不光是一个分子而是两个分子对接后的全局最低能量，这是非常难的。所以大部分研究都是靠手动建模，现在docing软件可以为我们建模提供有价值的参考。 2010-12-24 16:23:19
ghcacj(金币+1):谢谢 2011-01-13 11:50:15
小分子之间相互作用，还是用量化方法好，如高斯。。。
赞一下(1人) 回复此楼
7楼2010-12-24 10:26:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ferlich

禁虫 (小有名气)
★ ★ ★
zh1987hs(金币+3):谢谢 2010-12-25 23:06:29
ufo1977(金币+2):估计只能如此了，谢谢！我在想：为什么我老是想到一些大家都不想的问题呢，我的问题老没能解决掉，难道我太非主流，不应该啊！ 2010-12-31 05:04:58
本帖内容被屏蔽
8楼2010-12-24 17:24:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lixiaolin530

银虫 (正式写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+1):谢谢 2011-01-13 11:50:07
我觉得还是应情况而异了 我用的suflex 貌似很多朋友用的是 autodock
赞一下(2人) 回复此楼
9楼2011-01-12 20:36:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chemozhang

木虫 (正式写手)
帖子真精彩!
已经收录到淘贴专辑《分子对接问题锦集》
赞一下 回复此楼
10楼2011-09-05 19:54:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

PSA

专家顾问 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
适合的、能解释问题的就是好的！没有最好，只有更好吧
赞一下 回复此楼
11楼2012-08-08 17:31:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

匿名

用户注销 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
本帖仅楼主可见
12楼2014-10-17 15:32:11
已阅   申请模拟EPI   回复此楼   编辑   查看我的主页

jhn183

至尊木虫 (著名写手)
推荐SYBYL，呵呵，
回复此楼
13楼2014-12-22 23:08:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hhw123456

铜虫 (初入文坛)
联系我
回复此楼
14楼2019-07-03 19:40:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 ufo1977 的主题更新
141/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[论文投稿] 小白求助 投论文要求的highlights应该如何写 5+3 l1963982152 2026-08-29 4/200 2026-09-01 09:04 by 北京莱茵编辑
[基金申请] 面上函评意见出来了，像什么等级？ 20+3 Tsingking1 2026-08-27 14/700 2026-09-01 08:29 by 尼古拉斯小虫
[基金申请] 面上意见出来了 +12 黄鸟于飞Chao 2026-08-29 23/1150 2026-08-31 18:57 by 黄鸟于飞Chao
[文学芳草园] 梦想 +5 myrtle 2026-08-26 5/250 2026-08-31 14:40 by hahaboy
[基金申请] 基金不中，共勉 +12 eulota 2026-08-26 12/600 2026-08-31 08:42 by ZJTJZ
[基金申请] 有没有仍没收到信息的 +7 德尚中行 2026-08-27 8/400 2026-08-30 20:52 by purplejack
[考博] 找导师 +6 yuanjiabao 2026-08-29 7/350 2026-08-30 14:40 by 生科新手
[基金申请] 我就是申请一个面上项目而已，这评审意见是按照杰青的条件评的吧？ +6 gouxfjh 2026-08-28 11/550 2026-08-30 07:57 by gouxfjh
[基金申请] 国自然面上复盘~欢迎讨论 (金币+15) +15 晴天加油 2026-08-26 16/800 2026-08-29 18:28 by symmetry
[基金申请] 国自然评审意见 +13 wangmingqi 2026-08-28 19/950 2026-08-29 10:22 by Poppy1104
[基金申请] 2026年叶企孙基金 +4 bud_bud 2026-08-27 7/350 2026-08-29 07:23 by foolishmani
[基金申请] 基金系统什么内容也没有 30+4 winsaint 2026-08-27 9/450 2026-08-28 11:06 by maolC
[基金申请] 怎么查啊 +6 huang1991js 2026-08-26 6/300 2026-08-28 08:42 by winsaint
[基金申请] 面上合作单位盖章 +5 ssyjh 2026-08-27 5/250 2026-08-27 20:50 by gdfollow
[基金申请] 为什么 国际(地区)合作与交流项目 没有放榜？ 10+3 majunge000 2026-08-26 11/550 2026-08-27 08:42 by 北京莱茵编辑
[基金申请] 国合里面能看到了 +7 一怀馨秋 2026-08-26 7/350 2026-08-26 11:23 by zhaosm1982
[基金申请] 国际合作可查了，中了面上 (EPI+1)(金币+50) +18 Ldrop2023 2026-08-26 18/900 2026-08-26 11:15 by cmrandy
[基金申请] 系统进不去 +4 yanglien 2026-08-26 5/250 2026-08-26 11:10 by wenfengw83
[基金申请] 国合可查了 +3 paperzjh 2026-08-26 3/150 2026-08-26 10:41 by LemmonTr
[基金申请] 某些机构，以效率低为荣，以效率低作为存在感 +9 yuleib84 2026-08-25 10/500 2026-08-25 17:14 by alexon
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭