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杭白菊

铜虫 (初入文坛)

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[求助] 配体与打分分子不能很好对接，怎么回事？

最近在做docking,找到的PDB文件中有两个配体，我选了其中一个(即嵌入到腔里面的一个)，然后进行对接，sphgen程序中，我选择了RMSD值为6埃，但最后出来的打分分子与配体完全分开，而且分的很离谱！
我又拿另外一个配体做了对接，方法同上，出来的打分分子与配体只有半个苯环相互吻合！
另外，我对rigid.in和dock.in中的flexible_ligand改成no，也不行，结果还是一样
附图（粉色分子为配体，配体附近又散落的黄色小点为sel_sph.pdb文件打开后的小点，受体背后白色的为打分分子）让帮忙解答者看看，金币不多，谢谢各位了

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1楼2011-07-30 15:03:36

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小小小陈

金虫 (初入文坛)

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没使用过这个软件做对接，不好意思，帮不了你啦

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2楼2011-08-01 09:13:06

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bamboosity

木虫 (著名写手)

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【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
ghcacj(金币+4): 谢谢 2011-08-15 09:19:01
杭白菊(金币+10): 好建议，谢谢 2011-08-29 19:52:14

这个软件我也没使用过，但据平时的经验，我有些建议：
1，就目前文献报道来看，docking尽管打分不太准，但一般都能正确预测小分子构象；
2，对小分子和蛋白质的预处理对对接结果的正确性至关重要，一般是小分子要求最低能量构象，蛋白质要加力场，去水分（也可以保留重要的水分子）；
3，也有可能是这个软件的参数未调好.

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3楼2011-08-14 15:32:40

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