24小时热门版块排行榜

返回列表

杭白菊

铜虫 (初入文坛)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 106
帖子: 50
在线: 22.3小时
虫号: 1356408
注册: 2011-07-26
专业: 药物设计与药物信息

[求助] 配体与打分分子不能很好对接，怎么回事？

最近在做docking,找到的PDB文件中有两个配体，我选了其中一个(即嵌入到腔里面的一个)，然后进行对接，sphgen程序中，我选择了RMSD值为6埃，但最后出来的打分分子与配体完全分开，而且分的很离谱！
我又拿另外一个配体做了对接，方法同上，出来的打分分子与配体只有半个苯环相互吻合！
另外，我对rigid.in和dock.in中的flexible_ligand改成no，也不行，结果还是一样
附图（粉色分子为配体，配体附近又散落的黄色小点为sel_sph.pdb文件打开后的小点，受体背后白色的为打分分子）让帮忙解答者看看，金币不多，谢谢各位了

回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

分子对接问题锦集

分子模拟

» 猜你喜欢

天津工业大学郑柳春团队欢迎化学化工、高分子化学或有机合成方向的博士生和硕士生加入已经有4人回复
康复大学泰山学者周祺惠团队招收博士研究生已经有6人回复
AI论文写作工具：是科研加速器还是学术作弊器？已经有3人回复
孩子确诊有中度注意力缺陷已经有6人回复
2026博士申请-功能高分子，水凝胶方向已经有6人回复
论文投稿，期刊推荐已经有4人回复
硕士和导师闹得不愉快已经有13人回复
请问2026国家基金面上项目会启动申2停1吗已经有5人回复
同一篇文章，用不同账号投稿对编辑决定是否送审有没有影响？已经有3人回复
RSC ADV状态问题已经有4人回复

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

求教醋酸乙烯(vinyl acetate)分解产物。已经有8人回复
DMA测试玻璃化转变区无点已经有12人回复
bl21超声破壁问题已经有4人回复
ATRP反应后催化剂和配体怎么去除啊已经有7人回复
求助ATRP聚合反应时间及配体、引发剂预处理问题已经有7人回复
做分子对接前选择配体和受体时有什么要求吗？已经有5人回复
【求助】请教各位做过ATRP的同学们，铜盐与配体在溶剂里是非均相体系的话是不是做不成已经有5人回复
【求助】请教ATRP反应催化剂和配体的选择已经有11人回复
【求助】配体分子中的氨基酸在DS软件中无相匹配怎么办？已经有5人回复

1楼2011-07-30 15:03:36

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

小小小陈

金虫 (初入文坛)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 771.6
红花: 1
帖子: 26
在线: 28.5小时
虫号: 1068778
注册: 2010-08-03
性别: GG
专业: 药物设计与药物信息

没使用过这个软件做对接，不好意思，帮不了你啦

赞一下

回复此楼

2楼2011-08-01 09:13:06

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

bamboosity

木虫 (著名写手)

应助: 2 (幼儿园)
金币: 3721.9
散金: 175
沙发: 2
帖子: 1183
在线: 131.3小时
虫号: 822695
注册: 2009-08-05
性别: GG
专业: 药物设计与药物信息

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
ghcacj(金币+4): 谢谢 2011-08-15 09:19:01
杭白菊(金币+10): 好建议，谢谢 2011-08-29 19:52:14

这个软件我也没使用过，但据平时的经验，我有些建议：
1，就目前文献报道来看，docking尽管打分不太准，但一般都能正确预测小分子构象；
2，对小分子和蛋白质的预处理对对接结果的正确性至关重要，一般是小分子要求最低能量构象，蛋白质要加力场，去水分（也可以保留重要的水分子）；
3，也有可能是这个软件的参数未调好.

赞一下(1人)

回复此楼

3楼2011-08-14 15:32:40

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖