| 查看: 3459 | 回复: 8 | ||||
[求助]
配体与打分分子不能很好对接，怎么回事？
|
|
最近在做docking,找到的PDB文件中有两个配体，我选了其中一个(即嵌入到腔里面的一个)，然后进行对接，sphgen程序中，我选择了RMSD值为6埃，但最后出来的打分分子与配体完全分开，而且分的很离谱！ 我又拿另外一个配体做了对接，方法同上，出来的打分分子与配体只有半个苯环相互吻合！ 另外，我对rigid.in和dock.in中的flexible_ligand改成no，也不行，结果还是一样 附图（粉色分子为配体，配体附近又散落的黄色小点为sel_sph.pdb文件打开后的小点，受体背后白色的为打分分子）让帮忙解答者看看，金币不多，谢谢各位了  |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 分子对接问题锦集 | 分子模拟 |
» 猜你喜欢
没有任何消息-是不是就凉了
已经有5人回复
-
如果此刻你正在为国基感到焦虑，不妨来听听这首《基金之外》
已经有5人回复
-
2026国自然函评费到账
已经有19人回复
-
能否退出参与的面上项目解除限项
已经有21人回复
-
建议基金发布提前给出明确的时间点
已经有16人回复
-
今日不放榜？网传国自然预计 8 月 27 日可查结果
已经有21人回复
-
估计是周四
已经有4人回复
-
我面上完蛋了
已经有9人回复
-
范进中举一文的中心思想
已经有7人回复
-
朋友圈看到的
已经有9人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 求教醋酸乙烯(vinyl acetate)分解产物。
已经有8人回复
- DMA测试 玻璃化转变区无点
已经有12人回复
- bl21超声破壁问题
已经有4人回复
- ATRP反应后催化剂和配体怎么去除啊
已经有7人回复
- 求助ATRP聚合反应时间及配体、引发剂预处理问题
已经有7人回复
- 做分子对接前选择配体和受体时有什么要求吗？
已经有5人回复
- 【求助】请教各位做过ATRP的同学们，铜盐与配体在溶剂里是非均相体系的话是不是做不成
已经有5人回复
- 【求助】请教ATRP反应催化剂和配体的选择
已经有11人回复
- 【求助】配体分子中的氨基酸在DS软件中无相匹配怎么办？
已经有5人回复
2楼2011-08-01 09:13:06
bamboosity 
木虫 (著名写手)
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 3721.9
- 散金: 175
- 沙发: 2
- 帖子: 1183
- 在线: 131.3小时
- 虫号: 822695
- 注册: 2009-08-05
- 性别: GG
- 专业: 药物设计与药物信息
3楼2011-08-14 15:32:40
tjegg
铁杆木虫 (著名写手)
- 应助: 26 (小学生)
- 金币: 6869.3
- 红花: 16
- 帖子: 2615
- 在线: 448小时
- 虫号: 338983
- 注册: 2007-04-05
- 性别: GG
- 专业: 抗肿瘤药物药理
4楼2011-08-15 06:25:58
5楼2011-08-26 12:03:55
6楼2011-08-31 23:15:47
qixingbao07
木虫 (正式写手)
- 模拟EPI: 4
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 4025.6
- 红花: 6
- 帖子: 595
- 在线: 164.1小时
- 虫号: 551931
- 注册: 2008-04-28
- 专业: 药物设计与药物信息
7楼2011-09-01 13:21:20
chemozhang
木虫 (正式写手)
- 模拟EPI: 1
- 应助: 3 (幼儿园)
- 金币: 3431.1
- 散金: 462
- 红花: 12
- 帖子: 615
- 在线: 356小时
- 虫号: 282954
- 注册: 2006-10-08
- 性别: GG
- 专业: 药物学
8楼2011-09-05 18:32:08
9楼2011-10-07 11:17:17
20