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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 配体与打分分子不能很好对接，怎么回事？
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杭白菊

铜虫 (初入文坛)

[求助] 配体与打分分子不能很好对接，怎么回事？

最近在做docking,找到的PDB文件中有两个配体，我选了其中一个(即嵌入到腔里面的一个)，然后进行对接，sphgen程序中，我选择了RMSD值为6埃，但最后出来的打分分子与配体完全分开，而且分的很离谱！
我又拿另外一个配体做了对接，方法同上，出来的打分分子与配体只有半个苯环相互吻合！
另外，我对rigid.in和dock.in中的flexible_ligand改成no，也不行，结果还是一样
附图（粉色分子为配体，配体附近又散落的黄色小点为sel_sph.pdb文件打开后的小点，受体背后白色的为打分分子）让帮忙解答者看看，金币不多，谢谢各位了
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1楼 2011-07-30 15:03:36
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wwb168

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-08-26 20:45:47
杭白菊(金币+2): 配体进行了最低能量化，感觉还是参数设置有点问题，因为我做过其他化合物的对接，也是这样一种情况 2011-08-29 19:54:03
配体有没有进行能量最小化
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5楼2011-08-26 12:03:55
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查看全部 9 个回答

小小小陈

金虫 (初入文坛)
没使用过这个软件做对接，不好意思，帮不了你啦
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2楼2011-08-01 09:13:06
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bamboosity

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
ghcacj(金币+4): 谢谢 2011-08-15 09:19:01
杭白菊(金币+10): 好建议，谢谢 2011-08-29 19:52:14
这个软件我也没使用过，但据平时的经验，我有些建议：
1，就目前文献报道来看，docking尽管打分不太准，但一般都能正确预测小分子构象；
2，对小分子和蛋白质的预处理对对接结果的正确性至关重要，一般是小分子要求最低能量构象，蛋白质要加力场，去水分（也可以保留重要的水分子）；
3，也有可能是这个软件的参数未调好.
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3楼2011-08-14 15:32:40
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
ghcacj(金币+3): 谢谢 2011-08-15 09:19:06
杭白菊(金币+2): 2011-08-29 19:52:44
1. 6埃改成4埃，试一试；2. 选择对接后读取多个构象，看是否有符合好些的。当然前提是加氢、赋力场、加电荷，并且做了些力学和动力学优化都没有问题。
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除了你的亲人，没有人应该对你好，对你好的人，一定要珍惜。
4楼2011-08-15 06:25:58
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