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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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carol~lan

[交流] 【求助】配体分子中的氨基酸在DS软件中无相匹配怎么办? 已有2人参与

对于discovery studio2.1是初学,因此想请教大家一个问题:

在进行RDOCK时,jobs那一栏总是显示Unknow atom type in ligand.Aborting!       怎么办!可能是由于配体分子中含有gamma-glutamate,应该怎么处理呢,麻烦大家能指于我有效的解决方法,谢谢
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zhangdagou5858

银虫 (小有名气)


lei0736(金币+1):谢谢 2010-06-12 14:08:09
这个呢  你可以重新选择一个立场来定义,诸如全原子FF的charmm
2楼2010-06-12 02:47:27
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carol~lan

感谢您的回复
但是在DS2.1软件中没有charmm FF的选项啊,只有charmm、charmm polar H、charmm19、charmm22、charmm27、cff、XPROLIG、MMFF,怎么办?
3楼2010-06-12 10:50:19
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carol~lan

引用回帖:
Originally posted by zhangdagou5858 at 2010-06-12 02:47:27:
这个呢  你可以重新选择一个立场来定义,诸如全原子FF的charmm

感谢您的回复
但是在DS2.1软件中没有charmm FF的选项啊,只有charmm、charmm polar H、charmm19、charmm22、charmm27、cff、XPROLIG、MMFF,怎么办?
4楼2010-06-12 10:51:41
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carol~lan

引用回帖:
Originally posted by zhangdagou5858 at 2010-06-12 02:47:27:
这个呢  你可以重新选择一个立场来定义,诸如全原子FF的charmm

请问一下,我用了charmm 力场,为什么在Jobs栏还是显示“not typed with charmm polar H forcefield.Aborting!”
5楼2010-06-12 15:02:28
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zhangdagou5858

银虫 (小有名气)

★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
ghcacj(金币+3):谢谢 2010-06-13 12:49:05
哎,你用charmm的polar H立场肯定不行的了,这个是阉割了的力场,你试试那个charmm或者charmm27力场,建议你去charmm主页上面好好研究一下charmm力场版本的区别,对于那种在力场文件中找不到的氨基酸残基,最好是去找找amber力场,或者是在DS中自定义一个,具体你要查看Ds的帮助文档
6楼2010-06-13 12:28:12
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