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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】配体分子中的氨基酸在DS软件中无相匹配怎么办？
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carol~lan

[交流] 【求助】配体分子中的氨基酸在DS软件中无相匹配怎么办？ 已有2人参与

对于discovery studio2.1是初学，因此想请教大家一个问题：

在进行RDOCK时，jobs那一栏总是显示Unknow atom type in ligand.Aborting!       怎么办！可能是由于配体分子中含有gamma-glutamate，应该怎么处理呢，麻烦大家能指于我有效的解决方法，谢谢
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1楼 2010-06-08 18:37:15
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zhangdagou5858

银虫 (小有名气)
★
lei0736(金币+1):谢谢 2010-06-12 14:08:09
这个呢  你可以重新选择一个立场来定义，诸如全原子FF的charmm
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2楼2010-06-12 02:47:27
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carol~lan

感谢您的回复
但是在DS2.1软件中没有charmm FF的选项啊，只有charmm、charmm polar H、charmm19、charmm22、charmm27、cff、XPROLIG、MMFF，怎么办？
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3楼2010-06-12 10:50:19
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carol~lan

引用回帖:
Originally posted by zhangdagou5858 at 2010-06-12 02:47:27:
这个呢  你可以重新选择一个立场来定义，诸如全原子FF的charmm

感谢您的回复
但是在DS2.1软件中没有charmm FF的选项啊，只有charmm、charmm polar H、charmm19、charmm22、charmm27、cff、XPROLIG、MMFF，怎么办？
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4楼2010-06-12 10:51:41
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carol~lan

引用回帖:
Originally posted by zhangdagou5858 at 2010-06-12 02:47:27:
这个呢  你可以重新选择一个立场来定义，诸如全原子FF的charmm

请问一下，我用了charmm 力场，为什么在Jobs栏还是显示“not typed with charmm polar H forcefield.Aborting!”
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5楼2010-06-12 15:02:28
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zhangdagou5858

银虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+3):谢谢 2010-06-13 12:49:05
哎，你用charmm的polar H立场肯定不行的了，这个是阉割了的力场，你试试那个charmm或者charmm27力场，建议你去charmm主页上面好好研究一下charmm力场版本的区别，对于那种在力场文件中找不到的氨基酸残基，最好是去找找amber力场，或者是在DS中自定义一个，具体你要查看Ds的帮助文档
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6楼2010-06-13 12:28:12
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