应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】配体分子中的氨基酸在DS软件中无相匹配怎么办？
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
61/1返回列表
查看: 1376  |  回复: 5
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

carol~lan

[交流] 【求助】配体分子中的氨基酸在DS软件中无相匹配怎么办？ 已有2人参与

对于discovery studio2.1是初学，因此想请教大家一个问题：

在进行RDOCK时，jobs那一栏总是显示Unknow atom type in ligand.Aborting!       怎么办！可能是由于配体分子中含有gamma-glutamate，应该怎么处理呢，麻烦大家能指于我有效的解决方法，谢谢
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2010-06-08 18:37:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhangdagou5858

银虫 (小有名气)
★
lei0736(金币+1):谢谢 2010-06-12 14:08:09
这个呢  你可以重新选择一个立场来定义，诸如全原子FF的charmm
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2010-06-12 02:47:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

carol~lan

感谢您的回复
但是在DS2.1软件中没有charmm FF的选项啊，只有charmm、charmm polar H、charmm19、charmm22、charmm27、cff、XPROLIG、MMFF，怎么办？
赞一下 回复此楼
3楼2010-06-12 10:50:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

carol~lan

引用回帖:
Originally posted by zhangdagou5858 at 2010-06-12 02:47:27:
这个呢  你可以重新选择一个立场来定义，诸如全原子FF的charmm

感谢您的回复
但是在DS2.1软件中没有charmm FF的选项啊，只有charmm、charmm polar H、charmm19、charmm22、charmm27、cff、XPROLIG、MMFF，怎么办？
赞一下 回复此楼
4楼2010-06-12 10:51:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

carol~lan

引用回帖:
Originally posted by zhangdagou5858 at 2010-06-12 02:47:27:
这个呢  你可以重新选择一个立场来定义，诸如全原子FF的charmm

请问一下，我用了charmm 力场，为什么在Jobs栏还是显示“not typed with charmm polar H forcefield.Aborting!”
赞一下 回复此楼
5楼2010-06-12 15:02:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhangdagou5858

银虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+3):谢谢 2010-06-13 12:49:05
哎，你用charmm的polar H立场肯定不行的了，这个是阉割了的力场，你试试那个charmm或者charmm27力场，建议你去charmm主页上面好好研究一下charmm力场版本的区别，对于那种在力场文件中找不到的氨基酸残基，最好是去找找amber力场，或者是在DS中自定义一个，具体你要查看Ds的帮助文档
赞一下(2人) 回复此楼
6楼2010-06-13 12:28:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 carol~lan 的主题更新
61/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 一志愿北交大材料工程总分358求调剂 +4 cs0106 2026-04-05 4/200 2026-04-05 22:49 by lbsjt
[考研] 生物与医药086000调剂一志愿西北农林320分 +3 美美女士 2026-04-03 3/150 2026-04-05 21:55 by 学员8dgXkO
[考研] 295求调剂 +8 FZAC123 2026-04-03 8/400 2026-04-05 17:46 by 蓝云思雨
[考研] 313求调剂 +5 海日海日 2026-04-04 7/350 2026-04-05 13:58 by imissbao
[考研] 283分求调剂 +9 试试看呗 2026-04-04 9/450 2026-04-05 10:27 by 果冻大王
[考研] 291求调剂 +4 迷蒙木木 2026-04-01 5/250 2026-04-04 15:59 by sihailian3
[考研] 309求调剂 +4 快乐的小白鸽 2026-04-04 5/250 2026-04-04 15:55 by cql1109
[考研] 材料专业383求调剂 +8 郭阳阳阳成 2026-04-03 8/400 2026-04-04 10:29 by Rednal.
[考研] 320求调剂 +5 振—TZ 2026-04-02 5/250 2026-04-03 14:42 by fxue1114
[考研] 英一数一408，总分284，二战真诚求调剂 +13 12.27 2026-03-30 15/750 2026-04-03 14:41 by 氮气气气
[考研] 机械专硕297 +3 Afksy 2026-04-03 3/150 2026-04-03 14:24 by 1753564080
[基金申请] 请问共同通讯和共同一作的认可度问题 10+4 psa1234 2026-04-01 10/500 2026-04-03 11:08 by Kittylucky
[考研] 286求调剂 +7 Faune 2026-03-30 7/350 2026-04-03 10:14 by linyelide
[考研] 085600，320分求调剂 +6 大馋小子 2026-04-02 6/300 2026-04-02 21:54 by dongzh2009
[考研] 08工科求调剂290分 +5 1314捧花 2026-04-02 8/400 2026-04-02 13:16 by 乔哒哒哒
[考研] 311求调剂 +14 蓝月亮亮 2026-03-30 14/700 2026-04-02 12:18 by 1753564080
[考研] 085410 一志愿211 22408分数359求调剂 +3 123456789qw 2026-03-31 4/200 2026-04-02 00:06 by 义文wang
[考研] 286求调剂 +5 Sa67890. 2026-04-01 7/350 2026-04-01 19:50 by 6781022
[硕博家园] 考研调剂 +5 骆驼男人 2026-04-01 5/250 2026-04-01 14:28 by syjjj0321
[考研] 调剂申请 +8 张张张张zy 2026-03-31 9/450 2026-04-01 08:29 by zjbkx
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭