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配体与打分分子不能很好对接，怎么回事？
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最近在做docking,找到的PDB文件中有两个配体，我选了其中一个(即嵌入到腔里面的一个)，然后进行对接，sphgen程序中，我选择了RMSD值为6埃，但最后出来的打分分子与配体完全分开，而且分的很离谱！ 我又拿另外一个配体做了对接，方法同上，出来的打分分子与配体只有半个苯环相互吻合！ 另外，我对rigid.in和dock.in中的flexible_ligand改成no，也不行，结果还是一样 附图（粉色分子为配体，配体附近又散落的黄色小点为sel_sph.pdb文件打开后的小点，受体背后白色的为打分分子）让帮忙解答者看看，金币不多，谢谢各位了  |
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5楼2011-08-26 12:03:55