应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】分子对接软件到底哪个好？
51/1返回列表
查看: 7501  |  回复: 13
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

ufo1977

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】分子对接软件到底哪个好？

我想研究，2个分子间相互作用和情况，比如：杯芳烃和氨基酸。希望能找到能够使它们docking的软件。docking 常用软件有：Dock, Auto Dock, surflex, glide ,gold, MVD...但大部分都是针对蛋白质和小分子作用的，我的体系不大。

我找了Auto Dock4.02 试了一下，杯芳烃和氨基酸能组装好，但是2个乙酸就不对了。MVD号称最好，还没试。J. Chem. Inf. Model. 2009, 49, 1455–1474 评测文章又说surflex最好。迷惑啊。。。令人气愤的是都说的是蛋白质和小分子，或者蛋白质和蛋白质，难道2个有机分子，或者其他高分子就不行？ 郁闷啊！！

希望高手能指点迷津，推荐适合较小体系，比较准确的docking软件。

[ Last edited by ghcacj on 2010-12-23 at 15:29 ]
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

分子对接问题锦集

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼 2010-12-23 15:27:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
★
ufo1977(金币+1):这是常识。寻找一个分子的最低能量构型已经比较困难了，现在要分子对接，不光是一个分子而是两个分子对接后的全局最低能量，这是非常难的。所以大部分研究都是靠手动建模，现在docing软件可以为我们建模提供有价值的参考。 2010-12-24 16:23:19
ghcacj(金币+1):谢谢 2011-01-13 11:50:15
小分子之间相互作用，还是用量化方法好，如高斯。。。
赞一下(1人) 回复此楼
7楼2010-12-24 10:26:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 14 个回答

ferlich

禁虫 (小有名气)
★ ★
ufo1977(金币+1):谢谢参与 2010-12-23 18:36:42
ghcacj(金币+2):谢谢 2011-01-13 11:48:31
本帖内容被屏蔽
2楼2010-12-23 16:47:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ufo1977

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by ferlich at 2010-12-23 16:47:39:
结果不好，不见得就是人家软件不好
你的参数设置是否合理对结果的影响是很大的

我没说人家软件不好，分子力场本来就是依靠参数的，但是我不至于为了某2个分子的docking就去优化一套参数出来吧，而且关键我也不是主修分子模拟的，我是有机的。而且对于小分子半经验应该也是可以的，不知道有没有合适的软件。  只不过在求教懂行的人出来指点一下，你要是懂行就指点一下，光这样说我不明白你什么意思，郁闷！

[ Last edited by ufo1977 on 2010-12-23 at 18:38 ]
赞一下 回复此楼
3楼2010-12-23 18:35:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ferlich

禁虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★ ★
zh1987hs(金币+3):谢谢 2010-12-25 23:06:00
zh1987hs(金币+3):谢谢 2010-12-25 23:06:32
本帖内容被屏蔽
5楼2010-12-23 20:48:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 14 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 建议基金发布提前给出明确的时间点 +11 kulium 2026-08-21 14/700 2026-08-24 02:12 by 流流伤
[基金申请] 范进中举一文的中心思想 +4 炎黄贵胄 2026-08-22 5/250 2026-08-24 02:09 by 流流伤
[基金申请] 2026国自然函评费到账 +16 羊腰板 2026-08-21 17/850 2026-08-23 23:02 by tianxiaochun
[基金申请] 让我中一个面上吧！ +12 大萍1987 2026-08-20 15/750 2026-08-23 20:44 by 大萍1987
[教师之家] 跳槽后在研项目怎么办？ +5 简单化xn 2026-08-22 10/500 2026-08-23 12:38 by 简单化xn
[基金申请] 什么时候开奖？ +9 CrisMessi 2026-08-18 10/500 2026-08-23 12:03 by 丶昵称占用
[基金申请] 人气不行了 +8 fansofjerry 2026-08-21 8/400 2026-08-22 16:30 by zyqchem
[基金申请] 今天基金会出结果吗？20260819 +16 kkkl_v 2026-08-19 17/850 2026-08-22 16:12 by 阿布Abu
[基金申请] 时间戳今天，20号变了 +5 archvillain 2026-08-20 5/250 2026-08-22 06:12 by hui_daxiao
[基金申请] 放榜前的不淡定 40+4 snowwithsea 2026-08-19 14/700 2026-08-21 23:51 by cratir
[基金申请] 今日不放榜？网传国自然预计 8 月 27 日可查结果 +16 医学老男孩 2026-08-20 20/1000 2026-08-21 21:13 by Ldrop2023
[基金申请] 科研孤儿太难了 +17 我4大白菜 2026-08-20 18/900 2026-08-21 20:57 by zhangev
[基金申请] 应该是下周三26日公布了吧？ +4 哈哈蛤？ 2026-08-21 4/200 2026-08-21 10:58 by Vivilian
[论文投稿] 投稿咨询 +5 wwm09 2026-08-17 7/350 2026-08-21 10:11 by 期刊论文帮手
[基金申请] 今天放榜没戏了吧 +9 yuleib84 2026-08-19 11/550 2026-08-21 10:06 by gltch
[基金申请] 基金啊基金 +4 longfie172 2026-08-20 4/200 2026-08-21 08:58 by mark mao
[基金申请] 时间戳变了，能看出什么问题？ +18 基诺咪客 2026-08-17 23/1150 2026-08-20 17:19 by Godzela
[基金申请] 重要消息，中午系统在维护 +11 yuleib84 2026-08-18 12/600 2026-08-20 11:09 by xskun
[基金申请] 朋友圈看到的 +6 wangzilk 2026-08-18 8/400 2026-08-19 10:55 by Haru815
[基金申请] 明天放榜？ +5 Shxjjxjkx 2026-08-18 5/250 2026-08-18 18:14 by -大大大大大-
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭