24小时热门版块排行榜

返回列表

当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

ufo1977

银虫 (小有名气)

应助: 2 (幼儿园)
金币: 502.3
帖子: 181
在线: 72.4小时
虫号: 251953

[交流] 【求助】分子对接软件到底哪个好？

我想研究，2个分子间相互作用和情况，比如：杯芳烃和氨基酸。希望能找到能够使它们docking的软件。docking 常用软件有：Dock, Auto Dock, surflex, glide ,gold, MVD...但大部分都是针对蛋白质和小分子作用的，我的体系不大。

我找了Auto Dock4.02 试了一下，杯芳烃和氨基酸能组装好，但是2个乙酸就不对了。MVD号称最好，还没试。J. Chem. Inf. Model. 2009, 49, 1455–1474 评测文章又说surflex最好。迷惑啊。。。令人气愤的是都说的是蛋白质和小分子，或者蛋白质和蛋白质，难道2个有机分子，或者其他高分子就不行？郁闷啊！！

希望高手能指点迷津，推荐适合较小体系，比较准确的docking软件。

[ Last edited by ghcacj on 2010-12-23 at 15:29 ]

回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

分子对接问题锦集

» 猜你喜欢

依托企业入选了国家启明计划青年人才。有无高校可以引进的。已经有5人回复
博士延得我，科研能力直往上蹿已经有9人回复
遇见不省心的家人很难过已经有23人回复
天津大学招2026.09的博士生，欢迎大家推荐交流（博导是本人）已经有6人回复
AI 太可怕了，写基金时，提出想法，直接生成的文字比自己想得深远，还有科学性已经有6人回复
有院领导为了换新车，用横向课题经费买了俩车已经有9人回复
酰胺脱乙酰基已经有13人回复
同年申请2项不同项目，第1个项目里不写第2个项目的信息，可以吗已经有4人回复
有时候真觉得大城市人没有县城人甚至个体户幸福已经有10人回复

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

分子对接的免费软件？已经有10人回复
配体与打分分子不能很好对接，怎么回事？已经有8人回复
关于分子对接问题已经有7人回复
做分子对接前选择配体和受体时有什么要求吗？已经有5人回复
【500金币本版活动】“经验力场分子模拟+第一性原理计算问题讨论互助及资源共享” 已经有82人回复
【求助】分子对接请教已经有7人回复
【原创】分子对接，同源模建，分子动力学软件介绍帖已经有35人回复
【讨论】分子对接的基本问题已经有8人回复
【求助】能够计算结合自由能的分子对接软件除了autodock还有哪些？已经有7人回复
【在线答疑】UCSF DOCK分子对接和虚拟筛选已经有42人回复

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴

1楼 2010-12-23 15:27:48

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

ferlich

禁虫 (小有名气)

★ ★ ★
zh1987hs(金币+3):谢谢 2010-12-25 23:06:29
ufo1977(金币+2):估计只能如此了，谢谢！我在想：为什么我老是想到一些大家都不想的问题呢，我的问题老没能解决掉，难道我太非主流，不应该啊！ 2010-12-31 05:04:58

本帖内容被屏蔽

8楼2010-12-24 17:24:42

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

查看全部 14 个回答

ferlich

禁虫 (小有名气)

★ ★
ufo1977(金币+1):谢谢参与 2010-12-23 18:36:42
ghcacj(金币+2):谢谢 2011-01-13 11:48:31

本帖内容被屏蔽

2楼2010-12-23 16:47:39

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

ufo1977

银虫 (小有名气)

应助: 2 (幼儿园)
金币: 502.3
帖子: 181
在线: 72.4小时
虫号: 251953

引用回帖:

Originally posted by ferlich at 2010-12-23 16:47:39:
结果不好，不见得就是人家软件不好
你的参数设置是否合理对结果的影响是很大的

我没说人家软件不好，分子力场本来就是依靠参数的，但是我不至于为了某2个分子的docking就去优化一套参数出来吧，而且关键我也不是主修分子模拟的，我是有机的。而且对于小分子半经验应该也是可以的，不知道有没有合适的软件。只不过在求教懂行的人出来指点一下，你要是懂行就指点一下，光这样说我不明白你什么意思，郁闷！

[ Last edited by ufo1977 on 2010-12-23 at 18:38 ]