| 查看: 2157 | 回复: 8 | |||||||
| 【有奖交流】积极回复本帖子，参与交流，就有机会分得作者 zh1987hs 的 5 个金币 | |||||||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||||||
[交流]
【讨论】分子对接的基本问题
|
|||||||
|
在自己做对接的时候：觉得有几个问题应该讨论 1.对于同源模建的模型，有没有必要在对接前进行分子动力学模拟优化结构？ 我的意见是有必要，我一般做6~8ns的分子动力学模拟，评价指标定为PROCHECK,ERRAT和VERIFY_3D.虽然优化后的结果在这三项指标上未必会比优化前好，但是我认为优化后的结构应该会更稳定，因此我会采用优化后的结构。 2.小分子的构型是否需要优化？ 我个人的意见是应该优化，但是优化的标准是什么呢？我一般利用CHEM3D中的GAMESS进行量子化学计算，获得能量最低值的构象，以此作为最可能的构象用于分子对接。 3.评分函数的可靠性 这个就和我们能获得的对接软件有关了，个人觉得不管是哪种软件，其评分函数都是存在一定近似的，所谓的合理不合理只是一个相对的比例问题，也许针对特定的配体-受体，不同的对接软件的优劣性就会改变。 以上就是我对这个问题的一些思考，希望大家对这些问题展开讨论，不吝赐教。 |
回复此楼» 收录本帖的淘贴专辑推荐
 分子对接问题锦集 | 蛋白模拟与改造 | 分子模拟 | 首医药化 |
» 本帖已获得的红花（最新10朵）
wwb168» 猜你喜欢
申博雅思求助
已经有3人回复
-
b口yq上会情况
已经有6人回复
-
对象没有，还非常想读博，难以抉择
已经有30人回复
-
厅级项目出校却没中
已经有3人回复
-
Pattern Recognition期刊，二审审稿邀请发出一个月了，但有一个审稿人一直未接受审稿
已经有9人回复
-
关于读博感觉自己很抓马
已经有15人回复
-
能看出是否上会了吗
已经有6人回复
-
联培博士文章第一单位署名问题交流~
已经有8人回复
-
刚当完兵回来想考研
已经有5人回复
-
高校辞职，要求赔偿，这到底合不合理
已经有19人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- surflex-dock对接问题
已经有3人回复
- 分子模拟小白提问 各位达人指教
已经有7人回复
- 关于分子对接问题
已经有7人回复
- AutoDock参数设置问题
已经有6人回复
- 用AutoDock作分子对接前的小分子能量最小化问题
已经有6人回复
- Autodock对接构象有问题，请教
已经有7人回复
- 【求助】分子对接软件到底哪个好？
已经有13人回复
- 【讨论】关于共价结合做对接的问题
已经有4人回复
- 【讨论】大环化合物的对接问题
已经有8人回复
- 【原创】分子对接，同源模建，分子动力学软件介绍帖
已经有35人回复
- 【求助】discovery stdudio 分子对接问题
已经有3人回复
britney137803
至尊木虫 (著名写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 22502.5
- 散金: 376
- 红花: 2
- 帖子: 2490
- 在线: 204.9小时
- 虫号: 546166
- 注册: 2008-04-15
- 性别: MM
- 专业: 食品科学基础
3楼2010-08-18 08:07:05
10