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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

[交流] 【讨论】分子对接的基本问题

在自己做对接的时候:觉得有几个问题应该讨论
1.对于同源模建的模型,有没有必要在对接前进行分子动力学模拟优化结构?
我的意见是有必要,我一般做6~8ns的分子动力学模拟,评价指标定为PROCHECK,ERRAT和VERIFY_3D.虽然优化后的结果在这三项指标上未必会比优化前好,但是我认为优化后的结构应该会更稳定,因此我会采用优化后的结构。
2.小分子的构型是否需要优化?
我个人的意见是应该优化,但是优化的标准是什么呢?我一般利用CHEM3D中的GAMESS进行量子化学计算,获得能量最低值的构象,以此作为最可能的构象用于分子对接。
3.评分函数的可靠性
这个就和我们能获得的对接软件有关了,个人觉得不管是哪种软件,其评分函数都是存在一定近似的,所谓的合理不合理只是一个相对的比例问题,也许针对特定的配体-受体,不同的对接软件的优劣性就会改变。
以上就是我对这个问题的一些思考,希望大家对这些问题展开讨论,不吝赐教。
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britney137803

至尊木虫 (著名写手)

★ ★
zh1987hs(金币+5):。。。。。。。姐姐来喽~ 2010-08-18 08:16:36
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-08-18 08:59:47
虽然还是新手,但是比较同意楼上观点
分子对接本身就是一个优化过程
所有软件都是模拟,优化出来的结果未必是真是情况
3楼2010-08-18 08:07:05
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