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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 分子模拟中MSD的问题讨论
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zhl1987091

木虫 (小有名气)

[交流] 分子模拟中MSD的问题讨论

首先我先交代一下背景哈：我现在用Materials Studio 做分子模拟，研究的主要是高压下的膜气体分离的问题；
然后说一下细节：在做气体在膜中的扩散模拟的时候，需要用到（均方位移曲线）MSD，大多数的文献中对于得到MSD的模拟都是用的Forcite中的NVT动力学模拟再分析得到；
问题来了：
1、但是因为我的模拟需要考虑高压的问题，NVT并没有压力的设定啊，是不是可以认为压力为0呢？
2、请问我可以用NPT来模拟这个过程吗？如果用NPT模拟的话，膜晶格的密度肯定会变化啊（现实中膜材料的密度肯定是不变的）
这个问题实在是让我纠结啊！
3、如果都不行的话，这个压力的因素怎样和扩散联系起来呢？
4、计算自由体积时，分子探针半径大小该怎么选择呢？


上次发问题好多回帖的是来蹭金币的，这次改为手动发放金币了，希望有明白的同仁，能给指点一二，只要问题能解决，金币我不在乎，可以无限追加！

[ Last edited by zhl1987091 on 2014-1-6 at 09:50 ]
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1楼 2014-01-02 09:07:47
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笑笑愁

金虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
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月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-01-02 10:43:30
zhl1987091: 金币+10, 本来是想给30个金币的，无奈最多只能给10个 2014-01-02 15:34:07
做扩散肯定是要NVT系综的，楼主的三个问题我并在一起回答。
文献里的经常有扩散系数与压力的关系曲线，实际上是先做一定压力下的GCMC，然后把得到的构型跑MD，原来的一定压力就是你扩散MSD对应的压力哦；我们组做了很多这方面的。希望对你有帮助。
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3楼2014-01-02 09:38:16
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笑笑愁

金虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
4楼: Originally posted by zhl1987091 at 2014-01-02 15:33:01
在前面做吸附溶解模拟的过程中有用到这个GCMC，比如说我做扩散要用到的压力是50bar的话，是不是就是要先做一下在50bar的压力下，晶格的溶解吸附能力，然后再利用得到的这个含有气体分子的模型，进而模拟扩散过程， ...

对的，就是这样滴
回帖评分哪里可以多次给金币的吧
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5楼2014-01-02 15:47:27
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zhl1987091

木虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 笑笑愁 at 2014-01-02 09:38:16
做扩散肯定是要NVT系综的，楼主的三个问题我并在一起回答。
文献里的经常有扩散系数与压力的关系曲线，实际上是先做一定压力下的GCMC，然后把得到的构型跑MD，原来的一定压力就是你扩散MSD对应的压力哦；我们组做了 ...

在前面做吸附溶解模拟的过程中有用到这个GCMC，比如说我做扩散要用到的压力是50bar的话，是不是就是要先做一下在50bar的压力下，晶格的溶解吸附能力，然后再利用得到的这个含有气体分子的模型，进而模拟扩散过程，就算是考虑到压力的影响了呢？
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4楼2014-01-02 15:33:01
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zhl1987091

木虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 笑笑愁 at 2014-01-02 15:47:27
对的，就是这样滴
回帖评分哪里可以多次给金币的吧...

我先试一下，但是呢，高压下的吸附量是比较大的啊，这样是不是会很费机时，有没有可以取代的方法？（金币好像不能超过10个啊，没关系，如果成功了，我可以买成红花送给你啊）我可能还有后续的问题，还要多多帮助啊！
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6楼2014-01-02 16:06:00
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笑笑愁

金虫 (小有名气)
★
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引用回帖:
6楼: Originally posted by zhl1987091 at 2014-01-02 16:06:00
我先试一下，但是呢，高压下的吸附量是比较大的啊，这样是不是会很费机时，有没有可以取代的方法？（金币好像不能超过10个啊，没关系，如果成功了，我可以买成红花送给你啊）我可能还有后续的问题，还要多多帮助啊 ...

MD需要动力学积分，很耗机时。除非减小盒子大小，没有好方法
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7楼2014-01-02 16:08:25
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zhl1987091

木虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 笑笑愁 at 2014-01-02 16:08:25
MD需要动力学积分，很耗机时。除非减小盒子大小，没有好方法...

还有个问题就是对于MSD来说，一个晶格中吸附溶解的气体分子数目是否会影响到曲线值的大小？
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8楼2014-01-02 16:23:23
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笑笑愁

金虫 (小有名气)
★
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引用回帖:
8楼: Originally posted by zhl1987091 at 2014-01-02 16:23:23
还有个问题就是对于MSD来说，一个晶格中吸附溶解的气体分子数目是否会影响到曲线值的大小？...

肯定影响啊，这个就是压力与扩散系数的关系，可以做一条曲线，文献里经常有的
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9楼2014-01-02 16:27:22
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zhl1987091

木虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by 笑笑愁 at 2014-01-02 16:27:22
肯定影响啊，这个就是压力与扩散系数的关系，可以做一条曲线，文献里经常有的...

一开始你们做的那个GCMC是怎么把气体小分子放进去的呢？我试了一下，得到的晶格中只有吸附位，并没有相应的气体分子被填充进去啊？你能否说一下怎么把相应压力下的气体分子放到晶格中去的呢？
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10楼2014-01-02 16:32:19
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笑笑愁

金虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
10楼: Originally posted by zhl1987091 at 2014-01-02 16:32:19
一开始你们做的那个GCMC是怎么把气体小分子放进去的呢？我试了一下，得到的晶格中只有吸附位，并没有相应的气体分子被填充进去啊？你能否说一下怎么把相应压力下的气体分子放到晶格中去的呢？...

我们是用软件MUSIC做的，分子文件做好文件会自动添加，MS怎么做我不知道
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zhl1987091
11楼2014-01-02 16:37:33
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zhl1987091

木虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
11楼: Originally posted by 笑笑愁 at 2014-01-02 16:37:33
我们是用软件MUSIC做的，分子文件做好文件会自动添加，MS怎么做我不知道...

好吧！还是谢谢你，我再试试别的办法。
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12楼2014-01-02 16:40:56
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mzhyan

至尊木虫 (文坛精英)
blessing
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14楼2014-01-02 17:26:33
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mlanqiang

木虫之王 (文学泰斗)
blessing
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15楼2014-01-02 17:37:48
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lusostty

金虫 (小有名气)
★ ★ ★
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zhl1987091: 金币+2 2014-01-03 15:26:13
引用回帖:
10楼: Originally posted by zhl1987091 at 2014-01-02 16:32:19
一开始你们做的那个GCMC是怎么把气体小分子放进去的呢？我试了一下，得到的晶格中只有吸附位，并没有相应的气体分子被填充进去啊？你能否说一下怎么把相应压力下的气体分子放到晶格中去的呢？...

你做定压吸附 就能得到含有小分子的结构了
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16楼2014-01-03 10:15:58
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zhl1987091

木虫 (小有名气)
引用回帖:
16楼: Originally posted by lusostty at 2014-01-03 10:15:58
你做定压吸附 就能得到含有小分子的结构了...

我用fox loading做的 ，然后就得到了
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17楼2014-01-03 15:25:58
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zhl1987091

木虫 (小有名气)
引用回帖:
16楼: Originally posted by lusostty at 2014-01-03 10:15:58
你做定压吸附 就能得到含有小分子的结构了...

你说的应该是用fix pressure ，这个我没找到，我先做定压吸附，然后得到要吸附溶解的气体个数，然后fix loading 进去相应的个数，你说我的这个过程和你说的等价吗？
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18楼2014-01-03 15:31:28
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lusostty

金虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★ ★
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zhl1987091: 金币+5 2014-01-04 10:29:17
引用回帖:
18楼: Originally posted by zhl1987091 at 2014-01-03 15:31:28
你说的应该是用fix pressure ，这个我没找到，我先做定压吸附，然后得到要吸附溶解的气体个数，然后fix loading 进去相应的个数，你说我的这个过程和你说的等价吗？...

loading主要考察吸附位点 而你主要目的是得到吸附稳定构型 没必要多此一举吧
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19楼2014-01-03 21:20:39
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zhl1987091

木虫 (小有名气)
引用回帖:
19楼: Originally posted by lusostty at 2014-01-03 21:20:39
loading主要考察吸附位点 而你主要目的是得到吸附稳定构型 没必要多此一举吧...

哦，知道了，还有一个问题，就是在及算自由体积的时候，用到分子探针，这个探针的半径大小是根据什么来定的呢？一般多大？
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20楼2014-01-04 10:26:11
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lusostty

金虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
20楼: Originally posted by zhl1987091 at 2014-01-04 10:26:11
哦，知道了，还有一个问题，就是在及算自由体积的时候，用到分子探针，这个探针的半径大小是根据什么来定的呢？一般多大？...

每个探针分子大小都不一样 这个在文献里有的 我记得N2是1.8吧 记不清了 你自己查阅下文献吧
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21楼2014-01-04 11:30:01
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zhl1987091

木虫 (小有名气)
引用回帖:
21楼: Originally posted by lusostty at 2014-01-04 11:30:01
每个探针分子大小都不一样 这个在文献里有的 我记得N2是1.8吧 记不清了 你自己查阅下文献吧...

比如说我要模拟的是N2的扩散，那么在算自由体积的时候就要用氮气做探针分子吗？如果是这样的话，算两种气体一起扩散时，用谁做探针分子呢？
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22楼2014-01-04 11:37:41
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lusostty

金虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
22楼: Originally posted by zhl1987091 at 2014-01-04 11:37:41
比如说我要模拟的是N2的扩散，那么在算自由体积的时候就要用氮气做探针分子吗？如果是这样的话，算两种气体一起扩散时，用谁做探针分子呢？...

这个问题还真不知道 不同的探针分子测量的体积是不一样的 你只能查查文献了
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24楼2014-01-05 12:30:09
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Awcse

新虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
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3楼: Originally posted by 笑笑愁 at 2014-01-02 09:38:16
做扩散肯定是要NVT系综的，楼主的三个问题我并在一起回答。
文献里的经常有扩散系数与压力的关系曲线，实际上是先做一定压力下的GCMC，然后把得到的构型跑MD，原来的一定压力就是你扩散MSD对应的压力哦；我们组做了 ...

你好，想算MSD，请问我用VASP中MD跑完之后如何处理数据啊？如果方便能留下联系方式么，想向你请教一下
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25楼2015-11-29 16:54:29
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elfyu

新虫 (初入文坛)
★
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25楼: Originally posted by Awcse at 2015-11-29 16:54:29
你好，想算MSD，请问我用VASP中MD跑完之后如何处理数据啊？如果方便能留下联系方式么，想向你请教一下...

您好，我也是用VASP，不知你的问题解决了吗？能否告诉我？不胜感激
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26楼2019-10-26 19:59:35
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sjmr12212楼
2014-01-02 09:26   回复  
ohcesc13楼
2014-01-02 17:06   回复  
12
lusostty23楼
2014-01-05 12:28   回复  
引用回帖:
22楼: Originally posted by zhl1987091 at 2014-01-04 11:37:41 比如说我要模拟的是N2的扩散，那么在算自由体积的时候就要用氮气做探针分子吗？如果是这样的话，算两种气体一起扩散时，用谁做探针分子呢？...

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