应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Monte Carlo » 【讨论】MS中sorption模块的MC计算
101/1返回列表
查看: 3897  |  回复: 24
查看全部回帖 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

rdw00

木虫 (著名写手)

[交流] 【讨论】MS中sorption模块的MC计算 已有6人参与

我在利用sorption模块计算的时候，怎么总是和原文数据不一致？还有forcite优化结构的时候，力场参数都是选dreiding的时候，怎么不能得到文献说的数据结果？是什么原因呢？
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

MOF相关 多孔材料 我的饕餮

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2010-06-23 21:17:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ghcacj

荣誉版主 (著名写手)

阿超

优秀版主
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+1):谢谢 2010-06-24 15:11:50
rdw00(金币+10): 2010-06-24 16:30:59
能说说你具体的设置和体系吗？不然单单这么说很难知道原因，还有文献里的数据也是用sorption做的？
赞一下(2人) 回复此楼
2楼2010-06-24 13:30:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ghcacj

荣誉版主 (著名写手)

阿超

优秀版主
★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
rdw00(金币+15): 2010-06-24 16:31:08
lei0736(金币+5):谢谢 2010-06-25 11:20:59
引用回帖:
Originally posted by rdw00 at 2010-06-24 15:17:34:
MOF-5。
forcite的时候得到的晶格常数比文献说的要大。文献也说是dreiding优化的。这个不符合文献。
接下来的吸附H2的时候，想重复试验数据和理论数据，结果也不符合。

晶格常数不完全一致没有关系，大致差不多就可以了，我记得MOF-5的是25.83左右，在这附近就可以了。
对于吸附，我问你几个问题：
1，文献中H2用的是什么模型，什么力场？单原子模型，Buch力场参数？还是双原子模型，Cracknell力场参数？还是三原子模型，Cracknell或者Zhong的参数？
2，模拟的温度是多少？常温还是77K，如果是77K，是否考虑FH量子效应？
3，对于吸附等温线，文献上是excess还是absolute?
4，文献上用什么工具计算？Sorption？
5，你的输入参数是压力还是逸度？
6，如果H2是三原子模型，你的MOF-5是否带电荷？
先回答我这6个问题，然后我再跟你解释为何有差别。
赞一下(2人) 回复此楼
4楼2010-06-24 16:01:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ghcacj

荣誉版主 (著名写手)

阿超

优秀版主
★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+5):谢谢 2010-06-25 11:21:32
引用回帖:
Originally posted by rdw00 at 2010-06-24 16:27:30:
我的晶格是26.32。文献数据26.02
1。不知道，根据他拟合的力场参数建的新的力场文件。H2的模型和力场参数的影响有多大？怎么影响？谢谢解释下
2。77k，FH量子效应怎么考虑进去？！
3。excess。另一个结构两个数 ...

1、H2的模型和参数对于结果影响有多大，这个跟体系有关，有的体系是几种模型差不多，有的体系是三原子模型最好。但是计算速度最慢。
2、77K，一般情况下可以不考虑FH量子效应，不过当你计算结果不好时，就需要加了，Cerius我没有用过，不过按照Sorption来看，是没法计算FH量子效应的，这个是需要编程计算的。
3，一般和文献上结果比较的时候，都需要转换为excess，这个是普遍的。
4，这个没用过，不说。
5，不管压力多小，用逸度总是没错的。
6，H2三原子模型就是考虑H2在低温时很弱的极距，会在两个H原子之间添加一个虚原子，虚原子带正电荷，H带负电荷，这种情况下MOF-5上的原子就需要分配电荷了，如果你没有采用这种H2模型，就不用给MOF-5分配电荷。
总之，在达到同样效果的时候，模型自然是越简单越好，同时，由于吸附量比较大，计算的步数不能太少，最少得500W起步吧。
赞一下(2人) 回复此楼
7楼2010-06-24 16:59:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ghcacj

荣誉版主 (著名写手)

阿超

优秀版主
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+3):谢谢 2010-06-25 11:22:04
引用回帖:
Originally posted by rdw00 at 2010-06-24 17:08:47:



Buch力场参数，Cracknell力场参数是什么参数？他和MS中的dreiding力场参数有什么区别？！
forcite优化的时候，原文献也选的是dreiding力场，怎么结果差距会这么大？他的晶格26.025 我的26.317  实验数据25 ...

Buch和Cracknell的参数很多文献都在用，你多看文献就知道了，一般都是用它们计算H2的，Dreiding里的H的参数，似乎用来描述H2不合适，所以很少有人采用，Dreiding里的H的参数和Buch他们的参数有区别。Forcite优化似乎不改变晶胞的参数，我记得只改变原子的坐标。我记得MOF-5的晶体文件下载下来就是25.832。
赞一下(2人) 回复此楼
9楼2010-06-24 17:13:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ghcacj

荣誉版主 (著名写手)

阿超

优秀版主
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+1):谢谢 2010-06-25 11:22:19
是吗？那我不太清楚，毕竟很久没做了，问题是你计算的结果和别人差距有多大，这个是关键，我记得Sorption计算的结果偏小
赞一下(2人) 回复此楼
11楼2010-06-24 17:25:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ghcacj

荣誉版主 (著名写手)

阿超

优秀版主
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+2):谢谢 2010-06-25 11:22:38
引用回帖:
Originally posted by rdw00 at 2010-06-24 17:32:08:


文献数据在1.3%（h2分子数为41个，我的1.1%分子数34个左右）
你还有关于Buch和Cracknell的文献吗？！

这个结果也正常，我记得以前做过甲烷的MOF-5吸附，3MPa下，我计算的是61个分子，文献上有66个的，有76个的。
赞一下(2人) 回复此楼
15楼2010-06-25 09:00:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ghcacj

荣誉版主 (著名写手)

阿超

优秀版主
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+2):谢谢 2010-06-25 17:23:42
引用回帖:
Originally posted by rdw00 at 2010-06-25 12:50:26:


直接用衍射得到的结构参数数据吗？
但是算出来的MOF-5这个最基本的都不吻合啊。郁闷啊
你能不能教教我是怎么算的吗？

对，一般来说就是直接用衍射得到的数据，晶胞参数别乱动。吸附结果不吻合，从GCMC上找原因，还有，sorption用的LJ12-6公式和一般文献上的12-6公式不一样，你仔细看看帮助文件。
赞一下(2人) 回复此楼
18楼2010-06-25 16:51:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ghcacj

荣誉版主 (著名写手)

阿超

优秀版主
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zh1987hs(金币+3):谢谢指教~ 2010-09-15 19:50:56
引用回帖:
Originally posted by gtolv8688 at 2010-09-15 15:53:45:
这么说来对于吸附剂是否还要做优化了呢？我从CCDC里下载的MOF-9的结构十分乱，而且没有键，只有原子，不知道要如何删除多余原子并做优化啊，从另一篇文献后的supporting information中直接下载到了另一种MOF-18的 ...

一般情况下，拿Forcite的UFF力场优化下，要求高点的，用Dmol3的GGA PW91优化下。有的时候，下载下来的结构是很混乱，需要你按照文献，进行修整。
赞一下(2人) 回复此楼
21楼2010-09-15 16:52:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ghcacj

荣誉版主 (著名写手)

阿超

优秀版主
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
23楼: Originally posted by 高学剑 at 2011-12-08 14:17:10:
你好！请问什么是“FH量子效应”？我做NO在Cu-BTC中的吸附时，吸附量总是很小，与实验值对不上，是不是要考虑FH量子效应？
NO采用三点模型，两点模型，单点模型都试过了，均得不到想要的吸附量。实验值约为4mmo ...

没见过NO有量子效应的，NO有什么模型我没看过，不过如果计算对不上，可以考虑给Cu-BTC换力场试试，还有吸附量比较可以比较一些压力较大的情况。
赞一下(1人) 回复此楼
24楼2011-12-08 15:16:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 rdw00 的主题更新
101/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭