24小时热门版块排行榜    

查看: 3867  |  回复: 24
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

rdw00

木虫 (著名写手)

[交流] 【讨论】MS中sorption模块的MC计算 已有6人参与

我在利用sorption模块计算的时候,怎么总是和原文数据不一致?还有forcite优化结构的时候,力场参数都是选dreiding的时候,怎么不能得到文献说的数据结果?是什么原因呢?
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ghcacj

荣誉版主 (著名写手)

阿超

优秀版主

★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
zh1987hs(金币+3):谢谢指教~ 2010-09-15 19:50:56
引用回帖:
Originally posted by gtolv8688 at 2010-09-15 15:53:45:
这么说来对于吸附剂是否还要做优化了呢?我从CCDC里下载的MOF-9的结构十分乱,而且没有键,只有原子,不知道要如何删除多余原子并做优化啊,从另一篇文献后的supporting information中直接下载到了另一种MOF-18的 ...

一般情况下,拿Forcite的UFF力场优化下,要求高点的,用Dmol3的GGA PW91优化下。有的时候,下载下来的结构是很混乱,需要你按照文献,进行修整。
21楼2010-09-15 16:52:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 25 个回答

ghcacj

荣誉版主 (著名写手)

阿超

优秀版主

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
lei0736(金币+1):谢谢 2010-06-24 15:11:50
rdw00(金币+10): 2010-06-24 16:30:59
能说说你具体的设置和体系吗?不然单单这么说很难知道原因,还有文献里的数据也是用sorption做的?
2楼2010-06-24 13:30:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

rdw00

木虫 (著名写手)

MOF-5。
forcite的时候得到的晶格常数比文献说的要大。文献也说是dreiding优化的。这个不符合文献。
接下来的吸附H2的时候,想重复试验数据和理论数据,结果也不符合。
3楼2010-06-24 15:17:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ghcacj

荣誉版主 (著名写手)

阿超

优秀版主

★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
rdw00(金币+15): 2010-06-24 16:31:08
lei0736(金币+5):谢谢 2010-06-25 11:20:59
引用回帖:
Originally posted by rdw00 at 2010-06-24 15:17:34:
MOF-5。
forcite的时候得到的晶格常数比文献说的要大。文献也说是dreiding优化的。这个不符合文献。
接下来的吸附H2的时候,想重复试验数据和理论数据,结果也不符合。

晶格常数不完全一致没有关系,大致差不多就可以了,我记得MOF-5的是25.83左右,在这附近就可以了。
对于吸附,我问你几个问题:
1,文献中H2用的是什么模型,什么力场?单原子模型,Buch力场参数?还是双原子模型,Cracknell力场参数?还是三原子模型,Cracknell或者Zhong的参数?
2,模拟的温度是多少?常温还是77K,如果是77K,是否考虑FH量子效应?
3,对于吸附等温线,文献上是excess还是absolute?
4,文献上用什么工具计算?Sorption?
5,你的输入参数是压力还是逸度?
6,如果H2是三原子模型,你的MOF-5是否带电荷?
先回答我这6个问题,然后我再跟你解释为何有差别。
4楼2010-06-24 16:01:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通表情 高级回复 (可上传附件)
信息提示
请填处理意见