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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » MS建盒子，放入溶质，如何再空隙处添加水分子？
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mengsk

金虫 (著名写手)

[求助] MS建盒子，放入溶质，如何再空隙处添加水分子？

请问用MS建了box，把溶质分子加进去了，这时候怎么在空余的地方添加水分子？因为我需要自己指定溶质分子在box中的明确位置，不能让它自己随意的安置。请高手给予详细的说明，不胜感激！
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奋斗中的小木虫
1楼 2012-05-31 23:24:58
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andong1988

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
mengsk: 金币+1, ★有帮助, helpless and nonsence. Could you think a little before you say sth. ? 2012-06-01 09:48:15
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-06-01 10:26:08
你要加明确的位置可以使用坐标啊。把原子一个个加进去。
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哈哈哈哈
2楼2012-06-01 08:44:55
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mengsk

金虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by andong1988 at 2012-06-01 08:44:55
你要加明确的位置可以使用坐标啊。把原子一个个加进去。

这位童鞋，我说的明确的坐标是我的溶质分子，他们之间的空间顺序是我自己定义的。我的问题是如何在这些溶质分子的空隙处添加水分子，强调的是随机放置。
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奋斗中的小木虫
3楼2012-06-01 09:44:07
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visualization

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
mengsk: 金币+9, ★★★★★最佳答案, 非常感谢，我怎么就没想到呢！ 2012-06-02 09:58:07
chaizhm: 金币+3, 谢谢~ 2012-06-02 10:58:48
遇到这种情况，我采用gromacs里的genbox程序。输出MS所建构型的pdb文件，然后使用gromacs中的命令 genbox -cp ***.pdb -cs spc216.gro -o out.pdb. 再把out.pdb用MS打开
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4楼2012-06-01 18:45:20
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andong1988

金虫 (小有名气)
★
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-06-05 20:34:08
引用回帖:
3楼: Originally posted by mengsk at 2012-06-01 09:44:07
这位童鞋，我说的明确的坐标是我的溶质分子，他们之间的空间顺序是我自己定义的。我的问题是如何在这些溶质分子的空隙处添加水分子，强调的是随机放置。...

这样啊，那你可以用一下MS里的sorption模块，然后用fixed loading模块试试吧。
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哈哈哈哈
5楼2012-06-05 12:39:49
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mengsk

金虫 (著名写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by andong1988 at 2012-06-05 12:39:49
这样啊，那你可以用一下MS里的sorption模块，然后用fixed loading模块试试吧。...

请问可以详细说说吗？
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奋斗中的小木虫
6楼2012-06-07 18:27:22
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fym11fym

木虫 (正式写手)
请问楼主知道如何填入水分子了吗？谢谢
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期望在最美丽的时候遇见你
7楼2013-11-27 16:31:14
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020100099

铁杆木虫 (著名写手)
能不能在建立盒子的时候，同时加入水分子和溶质分子
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8楼2014-11-21 22:45:55
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xylz6188

铁杆木虫 (著名写手)
Amorphous Cell Construction可以，具体实现看教程Packing molecules into existing structures
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9楼2014-11-22 09:35:50
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小刚仔bb

铁杆木虫 (著名写手)
你好，虽然发帖时间很长了。但是还是问一下有没有解决问题了？
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10楼2017-03-16 11:49:25
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