24小时热门版块排行榜    

查看: 3841  |  回复: 9
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

mengsk

金虫 (著名写手)

[求助] MS建盒子,放入溶质,如何再空隙处添加水分子?

请问用MS建了box,把溶质分子加进去了,这时候怎么在空余的地方添加水分子?因为我需要自己指定溶质分子在box中的明确位置,不能让它自己随意的安置。请高手给予详细的说明,不胜感激!
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

TOMA'S INDEX

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

奋斗中的小木虫
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

小刚仔bb

铁杆木虫 (著名写手)

你好,虽然发帖时间很长了。但是还是问一下有没有解决问题了?
10楼2017-03-16 11:49:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 10 个回答

andong1988

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
mengsk: 金币+1, ★有帮助, helpless and nonsence. Could you think a little before you say sth. ? 2012-06-01 09:48:15
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-06-01 10:26:08
你要加明确的位置可以使用坐标啊。把原子一个个加进去。
哈哈哈哈
2楼2012-06-01 08:44:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mengsk

金虫 (著名写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by andong1988 at 2012-06-01 08:44:55
你要加明确的位置可以使用坐标啊。把原子一个个加进去。

这位童鞋,我说的明确的坐标是我的溶质分子,他们之间的空间顺序是我自己定义的。我的问题是如何在这些溶质分子的空隙处添加水分子,强调的是随机放置。
奋斗中的小木虫
3楼2012-06-01 09:44:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

visualization

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
mengsk: 金币+9, ★★★★★最佳答案, 非常感谢,我怎么就没想到呢! 2012-06-02 09:58:07
chaizhm: 金币+3, 谢谢~ 2012-06-02 10:58:48
遇到这种情况,我采用gromacs里的genbox程序。输出MS所建构型的pdb文件,然后使用gromacs中的命令 genbox -cp ***.pdb -cs spc216.gro -o out.pdb. 再把out.pdb用MS打开
4楼2012-06-01 18:45:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[论文投稿] 售SCI一区文章,我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 BMTdnp4OJO9f 2026-11-06 5/250 2026-11-07 17:56 by Xc2FxHsHkBNc
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +4 2rKfVQg2jQww 2026-11-06 5/250 2026-11-07 17:34 by Xc2FxHsHkBNc
[考博] 售SCI文章,我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 5/250 2026-11-07 16:06 by Xc2FxHsHkBNc
[教师之家] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +4 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 6/300 2026-11-07 15:44 by Xc2FxHsHkBNc
[教师之家] 延安大学回应“副教授留绝笔信”:确已离世,正核实举报内容 +3 yexuqing 2026-11-04 5/250 2026-11-07 13:22 by 苏东坡二世
[公派出国] 售SCI文章,我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +8 ncTVBM6AOJHF 2026-11-04 23/1150 2026-11-07 06:49 by Equinoxhua
[考博] 售SCI一区文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +10 ncTVBM6AOJHF 2026-11-04 22/1100 2026-11-06 17:18 by 5sJFDKp2kwuI
[公派出国] 售一区SCI文章T0P,我:8O.551.O54,科目全,可十急 +4 ELBZ6WwEaRj6 2026-11-05 5/250 2026-11-06 16:43 by 5sJFDKp2kwuI
[考研] 售SCI一区T0P文章,我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +4 ELBZ6WwEaRj6 2026-11-05 7/350 2026-11-06 16:43 by 5sJFDKp2kwuI
[公派出国] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +6 ELBZ6WwEaRj6 2026-11-04 11/550 2026-11-06 16:32 by 5sJFDKp2kwuI
[考博] 售SCI一区T0P文章,我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +7 ncTVBM6AOJHF 2026-11-04 17/850 2026-11-06 13:47 by BkA9Bi5cMhkD
[考研] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +7 ncTVBM6AOJHF 2026-11-04 14/700 2026-11-06 13:47 by BkA9Bi5cMhkD
[硕博家园] 售一区SCI文章T0P,我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 ELBZ6WwEaRj6 2026-11-05 5/250 2026-11-06 09:01 by 2lRNluKrJpwL
[考研] 售SCI一区文章,我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 ELBZ6WwEaRj6 2026-11-04 10/500 2026-11-06 05:32 by qL1cU46YIdK0
[考研] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 ttH3f1oA6ace 2026-11-04 14/700 2026-11-06 05:11 by qL1cU46YIdK0
[硕博家园] 售一区SCI文章T0P,我:8O.551.O54,科目全,可十急 +4 ELBZ6WwEaRj6 2026-11-04 8/400 2026-11-06 02:24 by qL1cU46YIdK0
[公派出国] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 ELBZ6WwEaRj6 2026-11-04 9/450 2026-11-06 02:15 by qL1cU46YIdK0
[硕博家园] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 ttH3f1oA6ace 2026-11-04 9/450 2026-11-06 02:02 by qL1cU46YIdK0
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +4 hNpp4Y2CGvSC 2026-11-04 12/600 2026-11-06 01:53 by qL1cU46YIdK0
[基金申请] 各位基础老师们,看完中央《从严治党》的决定后,对学术界更加有信心了吧 +5 iaeyuan 2026-11-01 5/250 2026-11-04 14:43 by jinchengzi
信息提示
请填处理意见