24小时热门版块排行榜    

查看: 3119  |  回复: 9

mengsk

金虫 (著名写手)

[求助] MS建盒子,放入溶质,如何再空隙处添加水分子?

请问用MS建了box,把溶质分子加进去了,这时候怎么在空余的地方添加水分子?因为我需要自己指定溶质分子在box中的明确位置,不能让它自己随意的安置。请高手给予详细的说明,不胜感激!
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

TOMA'S INDEX

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

奋斗中的小木虫
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

andong1988

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
mengsk: 金币+1, 有帮助, helpless and nonsence. Could you think a little before you say sth. ? 2012-06-01 09:48:15
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-06-01 10:26:08
你要加明确的位置可以使用坐标啊。把原子一个个加进去。
哈哈哈哈
2楼2012-06-01 08:44:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mengsk

金虫 (著名写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by andong1988 at 2012-06-01 08:44:55
你要加明确的位置可以使用坐标啊。把原子一个个加进去。

这位童鞋,我说的明确的坐标是我的溶质分子,他们之间的空间顺序是我自己定义的。我的问题是如何在这些溶质分子的空隙处添加水分子,强调的是随机放置。
奋斗中的小木虫
3楼2012-06-01 09:44:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

visualization

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
mengsk: 金币+9, ★★★★★最佳答案, 非常感谢,我怎么就没想到呢! 2012-06-02 09:58:07
chaizhm: 金币+3, 谢谢~ 2012-06-02 10:58:48
遇到这种情况,我采用gromacs里的genbox程序。输出MS所建构型的pdb文件,然后使用gromacs中的命令 genbox -cp ***.pdb -cs spc216.gro -o out.pdb. 再把out.pdb用MS打开
4楼2012-06-01 18:45:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

andong1988

金虫 (小有名气)


chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-06-05 20:34:08
引用回帖:
3楼: Originally posted by mengsk at 2012-06-01 09:44:07
这位童鞋,我说的明确的坐标是我的溶质分子,他们之间的空间顺序是我自己定义的。我的问题是如何在这些溶质分子的空隙处添加水分子,强调的是随机放置。...

这样啊,那你可以用一下MS里的sorption模块,然后用fixed loading模块试试吧。
哈哈哈哈
5楼2012-06-05 12:39:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mengsk

金虫 (著名写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by andong1988 at 2012-06-05 12:39:49
这样啊,那你可以用一下MS里的sorption模块,然后用fixed loading模块试试吧。...

请问可以详细说说吗?
奋斗中的小木虫
6楼2012-06-07 18:27:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fym11fym

木虫 (正式写手)

请问楼主知道如何填入水分子了吗?谢谢
期望在最美丽的时候遇见你
7楼2013-11-27 16:31:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

020100099

铁杆木虫 (著名写手)

能不能在建立盒子的时候,同时加入水分子和溶质分子
8楼2014-11-21 22:45:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xylz6188

铁杆木虫 (著名写手)

Amorphous Cell Construction可以,具体实现看教程Packing molecules into existing structures
9楼2014-11-22 09:35:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

小刚仔bb

铁杆木虫 (著名写手)

你好,虽然发帖时间很长了。但是还是问一下有没有解决问题了?
10楼2017-03-16 11:49:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 mengsk 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 一志愿北京化工大学070300 学硕336求调剂 +4 vv迷 2026-03-21 7/350 2026-03-22 12:02 by vv迷
[考研] 一志愿070300浙大化学358分,求调剂! +3 酥酥鱼.. 2026-03-21 3/150 2026-03-22 11:31 by 杨杨杨紫
[考研] 303求调剂 +4 安忆灵 2026-03-22 5/250 2026-03-22 11:09 by 杨杨杨紫
[考研] 384求调剂 +3 子系博 2026-03-22 4/200 2026-03-22 11:04 by 搏击518
[考研] 一志愿东华大学控制学硕320求调剂 +3 Grand777 2026-03-21 3/150 2026-03-21 19:23 by 简之-
[考研] 266求调剂 +3 哇呼哼呼哼 2026-03-20 3/150 2026-03-21 16:46 by barlinike
[考研] 332求调剂 +3 凤凰院丁真 2026-03-20 3/150 2026-03-21 10:27 by luoyongfeng
[考研] 085601调剂 358分 +3 zzzzggh 2026-03-20 4/200 2026-03-21 10:21 by luoyongfeng
[考研] 265求调剂 +3 Jack?k?y 2026-03-17 3/150 2026-03-21 03:17 by JourneyLucky
[考研] 321求调剂 +9 何润采123 2026-03-18 11/550 2026-03-20 23:19 by JourneyLucky
[考研] 一志愿中海洋材料工程专硕330分求调剂 +8 小材化本科 2026-03-18 8/400 2026-03-20 23:16 by JourneyLucky
[考研] 287求调剂 +7 晨昏线与星海 2026-03-19 8/400 2026-03-20 22:19 by JourneyLucky
[考研] 329求调剂 +9 想上学吖吖 2026-03-19 9/450 2026-03-20 22:01 by luoyongfeng
[考研] 招收调剂硕士 +4 lidianxing 2026-03-19 12/600 2026-03-20 12:25 by lidianxing
[考研] 一志愿中国海洋大学,生物学,301分,求调剂 +5 1孙悟空 2026-03-17 6/300 2026-03-19 23:46 by zcl123
[考博] 申博26年 +3 八6八68 2026-03-19 3/150 2026-03-19 19:43 by nxgogo
[考研] 085600材料与化工调剂 324分 +10 llllkkkhh 2026-03-18 12/600 2026-03-19 14:33 by llllkkkhh
[考研] 0703化学调剂 +3 妮妮ninicgb 2026-03-17 3/150 2026-03-18 10:29 by macy2011
[考研] 302求调剂 +4 小贾同学123 2026-03-15 8/400 2026-03-17 10:33 by 小贾同学123
[考研] [导师推荐]西南科技大学国防/材料导师推荐 +3 尖角小荷 2026-03-16 6/300 2026-03-16 23:21 by 尖角小荷
信息提示
请填处理意见