应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » MS建盒子，放入溶质，如何再空隙处添加水分子？
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
51/1返回列表
查看: 3167  |  回复: 9
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

mengsk

金虫 (著名写手)

[求助] MS建盒子，放入溶质，如何再空隙处添加水分子？

请问用MS建了box，把溶质分子加进去了，这时候怎么在空余的地方添加水分子？因为我需要自己指定溶质分子在box中的明确位置，不能让它自己随意的安置。请高手给予详细的说明，不胜感激！
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

TOMA'S INDEX

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
奋斗中的小木虫
1楼 2012-05-31 23:24:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fym11fym

木虫 (正式写手)
请问楼主知道如何填入水分子了吗？谢谢
赞一下(1人) 回复此楼
期望在最美丽的时候遇见你
7楼2013-11-27 16:31:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 10 个回答

andong1988

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
mengsk: 金币+1, ★有帮助, helpless and nonsence. Could you think a little before you say sth. ? 2012-06-01 09:48:15
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-06-01 10:26:08
你要加明确的位置可以使用坐标啊。把原子一个个加进去。
赞一下 回复此楼
哈哈哈哈
2楼2012-06-01 08:44:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mengsk

金虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by andong1988 at 2012-06-01 08:44:55
你要加明确的位置可以使用坐标啊。把原子一个个加进去。

这位童鞋，我说的明确的坐标是我的溶质分子，他们之间的空间顺序是我自己定义的。我的问题是如何在这些溶质分子的空隙处添加水分子，强调的是随机放置。
赞一下 回复此楼
奋斗中的小木虫
3楼2012-06-01 09:44:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

visualization

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
mengsk: 金币+9, ★★★★★最佳答案, 非常感谢，我怎么就没想到呢！ 2012-06-02 09:58:07
chaizhm: 金币+3, 谢谢~ 2012-06-02 10:58:48
遇到这种情况，我采用gromacs里的genbox程序。输出MS所建构型的pdb文件，然后使用gromacs中的命令 genbox -cp ***.pdb -cs spc216.gro -o out.pdb. 再把out.pdb用MS打开
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2012-06-01 18:45:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 10 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 283分求调剂 +13 试试看呗 2026-04-04 13/650 2026-04-07 17:11 by 一只xx浩
[考研] 325 调剂 +6 QQ小虾 2026-04-07 6/300 2026-04-07 15:17 by Ccclqqq
[考研] 334分机械专硕求调剂 +3 蛋花紫菜汤 2026-04-03 3/150 2026-04-07 14:49 by 逍遥cocoa
[考研] 283求调剂 +18 A child 2026-04-04 18/900 2026-04-07 12:30 by 1018329917
[考研] 353求调剂 +3 晴空万里air 2026-04-07 3/150 2026-04-07 11:10 by 诗与自由
[考研] 338求调剂 +4 小猪红色 678 2026-04-06 4/200 2026-04-07 08:56 by jp9609
[考研] 308求调剂 +11 墨墨漠 2026-04-06 11/550 2026-04-06 22:56 by 875465
[考研] 材料工程310专硕调剂 +14 捞捞我…. 2026-04-04 15/750 2026-04-06 14:18 by lqwchd
[考研] 生物与医药086000调剂一志愿西北农林320分 +3 美美女士 2026-04-03 3/150 2026-04-05 21:55 by 学员8dgXkO
[考研] 312求调剂 +3 Say Never 2026-04-04 3/150 2026-04-05 11:19 by guoweigw
[考博] 申博 +7 IQwQl 2026-04-04 7/350 2026-04-04 23:32 by mumin1990
[考研] 316求调剂 +9 墨辰_Orion926 2026-04-04 9/450 2026-04-04 21:35 by lbsjt
[考研] 一志愿华南师范361分，化学求调剂 +7 Nicole88888 2026-04-01 7/350 2026-04-04 18:28 by macy2011
[考研] 材料调剂 +11 吴棂颖！ 2026-04-03 11/550 2026-04-04 09:56 by 小小树2024
[考研] 本科985，专业0812分336求调剂 +4 莫莫很行 2026-04-03 4/200 2026-04-03 21:31 by zhq0425
[考研] 一志愿重庆大学085404，总分314分，求调剂 +4 zf83hn 2026-04-03 4/200 2026-04-03 21:25 by 啵啵啵0119
[考研] 求调剂机会 +5 意染ivy 2026-04-03 5/250 2026-04-03 15:13 by qoooooo614
[考研] 数一英一285求调剂 +7 AZMK 2026-04-03 9/450 2026-04-03 13:03 by ms629
[考研] 085600，320分求调剂 +6 大馋小子 2026-04-02 6/300 2026-04-02 21:54 by dongzh2009
[考研] 一志愿北交大材料工程总分358 +8 cs0106 2026-04-01 9/450 2026-04-02 10:36 by 不吃魚的貓
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭