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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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mengsk

金虫 (著名写手)

[求助] MS建盒子,放入溶质,如何再空隙处添加水分子?

请问用MS建了box,把溶质分子加进去了,这时候怎么在空余的地方添加水分子?因为我需要自己指定溶质分子在box中的明确位置,不能让它自己随意的安置。请高手给予详细的说明,不胜感激!
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奋斗中的小木虫
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mengsk

金虫 (著名写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by andong1988 at 2012-06-01 08:44:55
你要加明确的位置可以使用坐标啊。把原子一个个加进去。

这位童鞋,我说的明确的坐标是我的溶质分子,他们之间的空间顺序是我自己定义的。我的问题是如何在这些溶质分子的空隙处添加水分子,强调的是随机放置。
奋斗中的小木虫
3楼2012-06-01 09:44:07
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andong1988

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
mengsk: 金币+1, 有帮助, helpless and nonsence. Could you think a little before you say sth. ? 2012-06-01 09:48:15
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-06-01 10:26:08
你要加明确的位置可以使用坐标啊。把原子一个个加进去。
哈哈哈哈
2楼2012-06-01 08:44:55
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visualization

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
mengsk: 金币+9, ★★★★★最佳答案, 非常感谢,我怎么就没想到呢! 2012-06-02 09:58:07
chaizhm: 金币+3, 谢谢~ 2012-06-02 10:58:48
遇到这种情况,我采用gromacs里的genbox程序。输出MS所建构型的pdb文件,然后使用gromacs中的命令 genbox -cp ***.pdb -cs spc216.gro -o out.pdb. 再把out.pdb用MS打开
4楼2012-06-01 18:45:20
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andong1988

金虫 (小有名气)


chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-06-05 20:34:08
引用回帖:
3楼: Originally posted by mengsk at 2012-06-01 09:44:07
这位童鞋,我说的明确的坐标是我的溶质分子,他们之间的空间顺序是我自己定义的。我的问题是如何在这些溶质分子的空隙处添加水分子,强调的是随机放置。...

这样啊,那你可以用一下MS里的sorption模块,然后用fixed loading模块试试吧。
哈哈哈哈
5楼2012-06-05 12:39:49
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