应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » MS建盒子，放入溶质，如何再空隙处添加水分子？
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
51/1返回列表
查看: 3173  |  回复: 9
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

mengsk

金虫 (著名写手)

[求助] MS建盒子，放入溶质，如何再空隙处添加水分子？

请问用MS建了box，把溶质分子加进去了，这时候怎么在空余的地方添加水分子？因为我需要自己指定溶质分子在box中的明确位置，不能让它自己随意的安置。请高手给予详细的说明，不胜感激！
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

TOMA'S INDEX

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
奋斗中的小木虫
1楼 2012-05-31 23:24:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

andong1988

金虫 (小有名气)
★
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-06-05 20:34:08
引用回帖:
3楼: Originally posted by mengsk at 2012-06-01 09:44:07
这位童鞋，我说的明确的坐标是我的溶质分子，他们之间的空间顺序是我自己定义的。我的问题是如何在这些溶质分子的空隙处添加水分子，强调的是随机放置。...

这样啊，那你可以用一下MS里的sorption模块，然后用fixed loading模块试试吧。
赞一下 回复此楼
哈哈哈哈
5楼2012-06-05 12:39:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 10 个回答

andong1988

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
mengsk: 金币+1, ★有帮助, helpless and nonsence. Could you think a little before you say sth. ? 2012-06-01 09:48:15
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-06-01 10:26:08
你要加明确的位置可以使用坐标啊。把原子一个个加进去。
赞一下 回复此楼
哈哈哈哈
2楼2012-06-01 08:44:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mengsk

金虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by andong1988 at 2012-06-01 08:44:55
你要加明确的位置可以使用坐标啊。把原子一个个加进去。

这位童鞋，我说的明确的坐标是我的溶质分子，他们之间的空间顺序是我自己定义的。我的问题是如何在这些溶质分子的空隙处添加水分子，强调的是随机放置。
赞一下 回复此楼
奋斗中的小木虫
3楼2012-06-01 09:44:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

visualization

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
mengsk: 金币+9, ★★★★★最佳答案, 非常感谢，我怎么就没想到呢！ 2012-06-02 09:58:07
chaizhm: 金币+3, 谢谢~ 2012-06-02 10:58:48
遇到这种情况，我采用gromacs里的genbox程序。输出MS所建构型的pdb文件，然后使用gromacs中的命令 genbox -cp ***.pdb -cs spc216.gro -o out.pdb. 再把out.pdb用MS打开
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2012-06-01 18:45:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 10 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 材料工程专业日语生求调剂 +9 111623 2026-04-07 9/450 2026-04-07 23:31 by 一只好果子?
[考研] 专硕085403，291分，有两篇专利，一国一奖 +3 哈吉咪哈吉咪 2026-04-07 3/150 2026-04-07 18:21 by 蓝云思雨
[考研] 372分材料与化工（085600）英二数二求调剂 +4 蓝笺片 2026-04-06 4/200 2026-04-07 12:30 by dongzh2009
[考研] 一志愿华中农业大学0710（A）初试329分 求调剂 +5 一名26考研生 2026-04-04 5/250 2026-04-07 08:54 by 18828373951
[考研] 材料调剂 +10 一样YWY 2026-04-06 10/500 2026-04-06 21:05 by lbsjt
[考研] 269电子信息求调剂，可转专业 +5 独酌wl 2026-04-06 5/250 2026-04-06 17:23 by 土木硕士招生
[考研] 一志愿安徽某211 0703化学总分339求调剂 +7 晚风不晚 2026-04-04 7/350 2026-04-06 14:06 by houyaoxu
[考研] 324求调剂 +3 k可乐 2026-04-05 4/200 2026-04-06 09:54 by 蓝云思雨
[考研] 301求调剂 +6 细胞相关蛋白 2026-04-02 10/500 2026-04-06 08:34 by jp9609
[考研] 材料调剂 +6 一样YWY 2026-04-05 6/300 2026-04-05 20:30 by 南航~万老师
[考研] 272求调剂 +4 电气李 2026-04-05 4/200 2026-04-05 10:41 by lbsjt
[考研] 292分，材料与化工，申请调剂 +22 程晴之 2026-04-01 26/1300 2026-04-04 22:03 by hemengdong
[考研] 26调剂 086003 +6 失活的细胞 2026-04-04 6/300 2026-04-04 09:50 by zhangdingwa
[考研] 295求调剂 +3 尚偌呀 2026-04-03 4/200 2026-04-03 21:23 by zhq0425
[考研] 生物学308分求调剂（一志愿华东师大） +7 相信必会光芒万� 2026-04-02 7/350 2026-04-03 16:48 by rzh123456
[考研] 考研调剂 +3 李木子0120 2026-04-02 5/250 2026-04-02 21:45 by dongzh2009
[考研] 270调剂 +7 maxjxbsk 2026-04-02 7/350 2026-04-02 09:50 by yulian1987
[考研] 377求调剂 +3 RASKIN 2026-04-02 3/150 2026-04-02 09:45 by zzchen2000
[考研] 一志愿346上海大学生物学 +3 上海大学346调剂 2026-04-01 3/150 2026-04-02 08:36 by w虫虫123
[考研] 化学工程专硕324分，一志愿中国矿业大学求调剂 +7 耿耿1314 2026-04-01 7/350 2026-04-02 07:40 by 尚水阁主
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭