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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】水盒子问题
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574384607

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】水盒子问题 已有12人参与

文献中加的是spc水溶液，和自己建的有什么不同？namd中本身就自带这种类型的水吗，我现在还没用namd
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1楼 2010-05-16 09:36:24
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chenshixua

木虫 (正式写手)
这个真的不清楚，抱歉
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2楼2010-05-16 10:27:28
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574384607

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by chenshixua at 2010-05-16 10:27:28:
这个真的不清楚，抱歉

thank you all the same
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3楼2010-05-16 10:56:34
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★
574384607(金币+1): 2010-05-16 11:01:14
lei0736(金币+2):谢谢 2010-05-16 16:59:36
namd (准确说是vmd) 默认添加的是tip3p, 这个和spc 力场极为相似只有几个参数的不同
如果用charmm 力场, 推荐使用tip3p, 因为charmm 力场的参数是在tip3p 下拟合得到的, 这个最准确
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4楼2010-05-16 10:57:05
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574384607

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by bay__gulf at 2010-05-16 10:57:05:
namd (准确说是vmd) 默认添加的是tip3p, 这个和spc 力场极为相似只有几个参数的不同
如果用charmm 力场, 推荐使用tip3p, 因为charmm 力场的参数是在tip3p 下拟合得到的, 这个最准确

这个添加的水不一样影响大不大？我看的几篇文献用的都是spc的，我用的是ms，没类型选项，想自己建水盒子不知何不合适?
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5楼2010-05-16 11:04:25
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★
574384607(金币+1):嗯，试试吧 2010-05-16 16:25:17
lei0736(金币+2):谢谢 2010-05-16 16:59:47
引用回帖:
Originally posted by 574384607 at 2010-05-16 11:04:25:
这个添加的水不一样影响大不大？我看的几篇文献用的都是spc的，我用的是ms，没类型选项，想自己建水盒子不知何不合适?

影响肯定有, 大不大看体系而定
我不清楚ms 的水类型, 但知道它可以自动分配力场的
把结构建立起来就行, 剩下的让ms 来做吧
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6楼2010-05-16 11:14:55
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qzhaosdu

金虫 (著名写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-05-20 17:44:55
引用回帖:
Originally posted by bay__gulf at 2010-05-16 11:14:55:

影响肯定有, 大不大看体系而定
我不清楚ms 的水类型, 但知道它可以自动分配力场的
把结构建立起来就行, 剩下的让ms 来做吧

MS里可以改输入文件改变水分子立场类型。
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Anewday,anewhour,anewminute,anewpeople.
7楼2010-05-16 18:02:38
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574384607

银虫 (小有名气)
8楼2010-05-20 16:53:01
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sophia_999

金虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
版主的意思，是用其他程序把水箱加到要研究的溶质上，然后直接交给MS去处理吗？
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9楼2010-06-30 09:50:09
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sphaeroides

新虫 (初入文坛)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+1):谢谢 2010-06-30 21:12:59
spc据说比tip3p简单点，计算量小一点
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10楼2010-06-30 16:57:50
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