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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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574384607

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】水盒子问题 已有12人参与

文献中加的是spc水溶液,和自己建的有什么不同?namd中本身就自带这种类型的水吗,我现在还没用namd
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chenshixua

木虫 (正式写手)

这个真的不清楚,抱歉
2楼2010-05-16 10:27:28
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574384607

银虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by chenshixua at 2010-05-16 10:27:28:
这个真的不清楚,抱歉

thank you all the same
3楼2010-05-16 10:56:34
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州

★ ★
574384607(金币+1): 2010-05-16 11:01:14
lei0736(金币+2):谢谢 2010-05-16 16:59:36
namd (准确说是vmd) 默认添加的是tip3p, 这个和spc 力场极为相似只有几个参数的不同
如果用charmm 力场, 推荐使用tip3p, 因为charmm 力场的参数是在tip3p 下拟合得到的, 这个最准确
4楼2010-05-16 10:57:05
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574384607

银虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by bay__gulf at 2010-05-16 10:57:05:
namd (准确说是vmd) 默认添加的是tip3p, 这个和spc 力场极为相似只有几个参数的不同
如果用charmm 力场, 推荐使用tip3p, 因为charmm 力场的参数是在tip3p 下拟合得到的, 这个最准确

这个添加的水不一样影响大不大?我看的几篇文献用的都是spc的,我用的是ms,没类型选项,想自己建水盒子不知何不合适?
5楼2010-05-16 11:04:25
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州

★ ★
574384607(金币+1):嗯,试试吧 2010-05-16 16:25:17
lei0736(金币+2):谢谢 2010-05-16 16:59:47
引用回帖:
Originally posted by 574384607 at 2010-05-16 11:04:25:
这个添加的水不一样影响大不大?我看的几篇文献用的都是spc的,我用的是ms,没类型选项,想自己建水盒子不知何不合适?

影响肯定有, 大不大看体系而定
我不清楚ms 的水类型, 但知道它可以自动分配力场的
把结构建立起来就行, 剩下的让ms 来做吧
6楼2010-05-16 11:14:55
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qzhaosdu

金虫 (著名写手)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-05-20 17:44:55
引用回帖:
Originally posted by bay__gulf at 2010-05-16 11:14:55:

影响肯定有, 大不大看体系而定
我不清楚ms 的水类型, 但知道它可以自动分配力场的
把结构建立起来就行, 剩下的让ms 来做吧

MS里可以改输入文件改变水分子立场类型。
Anewday,anewhour,anewminute,anewpeople.
7楼2010-05-16 18:02:38
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574384607

银虫 (小有名气)

8楼2010-05-20 16:53:01
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sophia_999

金虫 (小有名气)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
版主的意思,是用其他程序把水箱加到要研究的溶质上,然后直接交给MS去处理吗?
9楼2010-06-30 09:50:09
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sphaeroides

新虫 (初入文坛)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
lei0736(金币+1):谢谢 2010-06-30 21:12:59
spc据说比tip3p简单点,计算量小一点
10楼2010-06-30 16:57:50
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