| 查看: 1410 | 回复: 8 | |||
[交流]
【求助】Alignment of Membrane and Protein选择中心的问题(已解决) 已有3人参与
|
|
四聚体蛋白加了水盒子，也去删掉了badwater，POPE也建好了。下面： 第一步：Alignment of Membrane and Protein 我这个蛋白(1YMG)结晶体是单体，通过Substitution Matrix构建成的四聚体，现在这一步有个问题： 通过查询文献只知道了单体的中心（NPA），而四聚体的中心查不到，在膜教程第24页发现： ①set vest [atomselect $kcsamol "protein and resid 97 to 106"] 在这个命令中，我是否可以直接写“protein”？？ ②还有就是为什么在这里$kcsa move [transxis z -25]非要旋转25°吗？？ ③是否蛋白在镶嵌到膜中时有一定的规则，比如必须是卡在某几个疏水氨基酸上？？ 第二步：Combination of Membrane and Protein ④和第一步衔接时，这一步有没有需要提醒的。 [ Last edited by nufang19a on 2011-3-3 at 19:32 ] |
回复此楼» 猜你喜欢
能否退出参与的面上项目解除限项
已经有21人回复
-
没有任何消息-是不是就凉了
已经有3人回复
-
建议基金发布提前给出明确的时间点
已经有16人回复
-
如果此刻你正在为国基感到焦虑，不妨来听听这首《基金之外》
已经有4人回复
-
今日不放榜？网传国自然预计 8 月 27 日可查结果
已经有21人回复
-
估计是周四
已经有4人回复
-
我面上完蛋了
已经有9人回复
-
2026国自然函评费到账
已经有18人回复
-
范进中举一文的中心思想
已经有7人回复
-
朋友圈看到的
已经有9人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 【求助】关于杨伟涛的Density-Functional Theory of Atoms and Molecules
已经有13人回复
- 请教关于α，β-不饱和酮的选择性酮还原问题
已经有5人回复
- 急求埃索美拉唑钠溶解度的问题
已经有11人回复
- Journal of applied Polymer science 审稿人
已经有7人回复
- 请问university of florida的associate professor是终身职位吗？这种人push吗？
已经有15人回复
- 超级郁闷的Journal Of Membrane Science投稿经历
已经有12人回复
- 有关希夫碱提纯的问题
已经有3人回复
- Theory and Practice of Metal Electrodeposition
已经有55人回复
- 关于选调生问题求指教
已经有6人回复
- 做消费行为研究，两个问题得分相乘得出来的分数是不是连续变量？
已经有4人回复
- 【求助】铝片为基底进行聚合物涂覆出现的相亲性问题
已经有7人回复
- Chem3D中优化的问题
已经有6人回复
- International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology投稿周期问题
已经有10人回复
- Membrane Technology Lab Department of Chemical and Biochemical Engineering, XMU
已经有3人回复
- 跪求关于二氧化硅小球分散性问题！
已经有4人回复
|
通过搜索发现了bay_golf618的两个与膜蛋白的帖子 http://www.mdbbs.org/viewthread. ... mp;highlight=%C4%A4 这个还有脚本 http://www.mdbbs.org/thread-20604-1-1.html 现在都不知道，到底是跟着bay_golf618写的走还是跟着教程走，因为他写的都很有说服力，我这菜鸟，晕啊。 其实第一步：Alignment of Membrane and Protein第二步：Combination of Membrane and Protein完全可以参照bay_golf618的http://www.mdbbs.org/viewthread. ... mp;highlight=%C4%A4 这个帖子做完 [ Last edited by nufang19a on 2011-3-2 at 11:57 ] |
2楼2011-03-02 11:41:24
3楼2011-03-02 12:01:23
4楼2011-03-02 16:52:43
weishenme
金虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 981.3
- 帖子: 128
- 在线: 52.6小时
- 虫号: 45892
- 注册: 2004-05-15
- 性别: GG
- 专业: 生物大分子结构与功能
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
|
这篇文献或许对你有点帮助，虽然其中的方法你用不上。 Setting up and running molecular dynamics simulations of membrane proteins http://dx.doi.org/10.1016/j.ymeth.2006.08.006 |
5楼2011-03-03 09:00:25
6楼2011-03-03 09:11:25
7楼2011-03-03 12:03:32
8楼2011-10-13 16:52:59
9楼2011-10-13 17:00:54
