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nufang19a
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[交流]
【求助】Alignment of Membrane and Protein选择中心的问题(已解决) 已有3人参与
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四聚体蛋白加了水盒子，也去删掉了badwater，POPE也建好了。下面： 第一步：Alignment of Membrane and Protein 我这个蛋白(1YMG)结晶体是单体，通过Substitution Matrix构建成的四聚体，现在这一步有个问题： 通过查询文献只知道了单体的中心（NPA），而四聚体的中心查不到，在膜教程第24页发现： ①set vest [atomselect $kcsamol "protein and resid 97 to 106"] 在这个命令中，我是否可以直接写“protein”？？ ②还有就是为什么在这里$kcsa move [transxis z -25]非要旋转25°吗？？ ③是否蛋白在镶嵌到膜中时有一定的规则，比如必须是卡在某几个疏水氨基酸上？？ 第二步：Combination of Membrane and Protein ④和第一步衔接时，这一步有没有需要提醒的。 [ Last edited by nufang19a on 2011-3-3 at 19:32 ] |
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这篇文献或许对你有点帮助，虽然其中的方法你用不上。 Setting up and running molecular dynamics simulations of membrane proteins http://dx.doi.org/10.1016/j.ymeth.2006.08.006 |
5楼2011-03-03 09:00:25
nufang19a 
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通过搜索发现了bay_golf618的两个与膜蛋白的帖子 http://www.mdbbs.org/viewthread. ... mp;highlight=%C4%A4 这个还有脚本 http://www.mdbbs.org/thread-20604-1-1.html 现在都不知道，到底是跟着bay_golf618写的走还是跟着教程走，因为他写的都很有说服力，我这菜鸟，晕啊。 其实第一步：Alignment of Membrane and Protein第二步：Combination of Membrane and Protein完全可以参照bay_golf618的http://www.mdbbs.org/viewthread. ... mp;highlight=%C4%A4 这个帖子做完 [ Last edited by nufang19a on 2011-3-2 at 11:57 ] |
2楼2011-03-02 11:41:24
nufang19a
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4楼2011-03-02 16:52:43
