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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » ChemOffice » Chem3D中优化的问题
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玉蟾蝶衣

银虫 (正式写手)

[求助] Chem3D中优化的问题

本人刚刚开始学习高斯计算，貌似计算前先要优化一下结构。我想计算一下自由基的电荷分布问题，在chem3D中优化最低能量时发现一个小问题：在ChemDraw中画好分子结构，放入3D中擦去与C原子相连的一个H原子，以带表此处失去H后生成的自由基，这时的结构中没有出现什么异常。选择能量最下优化后，弹出对话框，问要不要关闭自动添加原子选项，点击该按钮后，就发现，结构中有些氧原子上出现了两个孤对电子，有些氧原子没有这种新添的孤对电子。这是怎么回事呢？
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1楼 2012-03-05 22:52:47
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070241078

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
玉蟾蝶衣: 金币+1 2012-03-30 22:32:58
chem3D里边的优化不准确，要更精准的优化构型就得用高斯计算
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2楼2012-03-28 10:14:09
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hustyh0801

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
玉蟾蝶衣: 金币+2 2012-03-30 22:32:43
我想这应该是Chem3D对一些比较不常见的价态原子的识别问题，如果软件不识别这种原子价态的话，那就没法算即使算了也不准确建议还是换用其他专门的计算软件区进行计算吧
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3楼2012-03-28 12:03:10
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ldzh0531

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
玉蟾蝶衣: 金币+2 2012-03-30 22:32:50
建议楼主不要用chem3D预优化了，直接保存成gif文件，在gif文件中修改自旋多重度等。先用小基组优化作为初始构型。
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4楼2012-03-28 12:10:28
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玉蟾蝶衣

银虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by hustyh0801 at 2012-03-28 12:03:10:
我想这应该是Chem3D对一些比较不常见的价态原子的识别问题，如果软件不识别这种原子价态的话，那就没法算即使算了也不准确建议还是换用其他专门的计算软件区进行计算吧

我做这一步主要是为了下面做高斯计算
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5楼2012-03-30 22:33:27
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玉蟾蝶衣

银虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by ldzh0531 at 2012-03-28 12:10:28:
建议楼主不要用chem3D预优化了，直接保存成gif文件，在gif文件中修改自旋多重度等。先用小基组优化作为初始构型。

在gif中怎样修改自选多重度？怎样用小机组优化出事构型？
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6楼2012-03-30 22:34:17
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ldzh0531

木虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 玉蟾蝶衣 at 2012-03-30 22:34:17:
在gif中怎样修改自选多重度？怎样用小机组优化出事构型？

......保存的gif文件的分子说明部分第一行就是电荷和自旋多重度啊。用记事本打开修改就行了，基组也可以自己制定。看来楼主不是一般的新手，那么你还是用gaussview打开结构，里面的calculate也可以指定计算的相关指令，指定好了直接算就可以了。
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7楼2012-03-30 22:41:36
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