应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » 量化新手直通车 » 【求助】一个结构优化的问题
121/1返回列表
查看: 2425  |  回复: 11
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

hustyh0801

铁杆木虫 (著名写手)

[交流] 【求助】一个结构优化的问题

本人新手，想问一下大家。再利用Gaussian03优化分子的几何结构时，要预先对分子进行怎样的预处理？我们现在的做法是通过CHEM3D里边的MM2对分子进行预优化，然后再把优化好的坐标输入到Gaussian03中做下一步的优化，如果没有这一步直接用Gaussian进行优化，得到的结果二者有什么区别？请各位大侠指教，xiexie！！！
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼 2010-11-20 09:51:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

heyo_123

至尊木虫 (职业作家)
引用回帖:
Originally posted by hustyh0801 at 2010-11-20 09:51:51:
本人新手，想问一下大家。再利用Gaussian03优化分子的几何结构时，要预先对分子进行怎样的预处理？我们现在的做法是通过CHEM3D里边的MM2对分子进行预优化，然后再把优化好的坐标输入到Gaussian03中做下一步的优化 ...

要看分子的大小，是否还金属。区别？？自己输个分子试试不就得了.
赞一下 回复此楼
2楼2010-11-20 10:15:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fatpig8832

铁杆木虫 (著名写手)
★
heyo_123(金币+1):鼓励交流！！ 2010-11-20 10:32:46
预优化的作用就是有可能会节省时间...因为说不定你预优化出来的结构跟g03得到的结构很接近，那g03很快就能算完...

但并不是每次都这样...
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2010-11-20 10:18:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hustyh0801

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by heyo_123 at 2010-11-20 10:15:23:

要看分子的大小，是否还金属。区别？？自己输个分子试试不就得了.

分子不大9个原子，另外也不含金属，我们想重复别人的数据但是我们得出的结果与别人相差较大，方法和基组都是一样的，我们在想是不是预优化的问题，另外我们也分别比较过不预优化与预优化后的优化结果还是有一定的差别，一开始我的理解也是预优化只是为了节省Gaussian计算时间，但是后来发现结果还是。。。。。请版主赐教！！！
赞一下 回复此楼
4楼2010-11-20 10:46:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

heyo_123

至尊木虫 (职业作家)
hustyh0801(金币+2): 2010-11-20 12:07:35
引用回帖:
Originally posted by hustyh0801 at 2010-11-20 10:46:21:

分子不大9个原子，另外也不含金属，我们想重复别人的数据但是我们得出的结果与别人相差较大，方法和基组都是一样的，我们在想是不是预优化的问题，另外我们也分别比较过不预优化与预优化后的优化结果还是有一定 ...

不要用MM2了，直接用gaussian算。先低基组优化结构，后高级组算能量。你懂的。
赞一下 回复此楼
5楼2010-11-20 11:26:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hustyh0801

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by fatpig8832 at 2010-11-20 10:18:24:
预优化的作用就是有可能会节省时间...因为说不定你预优化出来的结构跟g03得到的结构很接近，那g03很快就能算完...

但并不是每次都这样...

那二者的结果应该没有差别吧，但是通过我们对比发现还是有一定的差距的。
赞一下 回复此楼
6楼2010-11-20 11:35:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hustyh0801

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by heyo_123 at 2010-11-20 11:26:14:

不要用MM2了，直接用gaussian算。先低基组优化结构，后高级组算能量。你懂的。

先谢谢版主了，我们是一个一价离子，那我们是用方法B3LYP/3-21++G opt 还是B3LYP/STO-3++G 预优化好? 再用B3LYP/6-311++G opt 算出最低单点能是否合理？
赞一下 回复此楼
7楼2010-11-20 12:07:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhangmt

至尊木虫 (著名写手)
★ ★
heyo_123(金币+2):鼓励交流！！ 2010-11-20 13:41:44
引用回帖:
Originally posted by hustyh0801 at 2010-11-20 12:07:02:
先谢谢版主了，我们是一个一价离子，那我们是用方法B3LYP/3-21++G opt 还是B3LYP/STO-3++G 预优化好? 再用B3LYP/6-311++G opt 算出最低单点能是否合理？

什么叫做“一价离子”？阳离子还是阴离子？阳离子没必要用弥散的啊。
再说了，就STO-3G那么小的一个基组，你还能加弥散校正？本来就差远了，加弥散能有什么用？还++？更不可行了。。。。3-21G也是太小的基组了，要么你就直接3-21g预优化一下，意思意思，要么就从6-31g开始。然后再上大基组。
赞一下(1人) 回复此楼
8楼2010-11-20 12:31:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hustyh0801

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by zhangmt at 2010-11-20 12:31:40:

什么叫做“一价离子”？阳离子还是阴离子？阳离子没必要用弥散的啊。
再说了，就STO-3G那么小的一个基组，你还能加弥散校正？本来就差远了，加弥散能有什么用？还++？更不可行了。。。。3-21G也是太小的基组了 ...

小弟新手，很多东西不懂。我们是阴离子才用的弥散函数，按你的意思先直接上6-31G 然后可以采用哪些更大的基组。？
赞一下 回复此楼
9楼2010-11-20 12:45:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhangmt

至尊木虫 (著名写手)
★
heyo_123(金币+1):鼓励交流！！ 2010-11-20 13:41:21
hustyh0801(金币+2): 2010-11-20 15:10:48
一般只要化学基础不是太差，初始分子结构比较合理，直接6-31g*起优化，如果分子很大，这就足够了。如果嫌能量算的不准，可以加大基组，比如用6-311++g**单点算。
赞一下(1人) 回复此楼
10楼2010-11-20 13:03:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hustyh0801

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by zhangmt at 2010-11-20 13:03:38:
一般只要化学基础不是太差，初始分子结构比较合理，直接6-31g*起优化，如果分子很大，这就足够了。如果嫌能量算的不准，可以加大基组，比如用6-311++g**单点算。

谢谢指点，问一个基础的问题，什么情况下加上极化函数？
赞一下 回复此楼
11楼2010-11-20 15:09:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

天下枫叶

木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
是有点差别的，能量是有点出入
赞一下(1人) 回复此楼
12楼2011-07-31 23:03:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 hustyh0801 的主题更新
121/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 2026国自然函评费到账 +19 羊腰板 2026-08-21 22/1100 2026-08-25 10:38 by popular289
[教师之家] 导师吐槽：我怎么摊上了这么个极品研究生！ +3 苏东坡二世 2026-08-23 3/150 2026-08-25 10:35 by shisan1313
[基金申请] 2026年的国家社科基金项目通讯评审的新规则与新动向、新挑战 +5 process2012 2026-08-23 7/350 2026-08-25 09:42 by huixian257
[基金申请] 我面上完蛋了 +13 且听虎啸 2026-08-20 14/700 2026-08-25 09:10 by mrkang
[基金申请] 只有每年这种时候来逛逛小木虫 +25 yaoyewhu2008 2026-08-20 27/1350 2026-08-25 08:01 by Equinoxhua
[基金申请] 明天应该可查了！？ +5 chengyan1220 2026-08-23 5/250 2026-08-24 23:28 by 我4大白菜
[基金申请] 没有任何消息-是不是就凉了 +7 图啦图啦 2026-08-24 8/400 2026-08-24 22:00 by maomao_da
[基金申请] 能否退出参与的面上项目解除限项 +21 koalala 2026-08-24 24/1200 2026-08-24 19:25 by 家与远方
[基金申请] filecode，4个jtjc了 +14 ziyangfang 2026-08-19 17/850 2026-08-24 18:37 by 哈哈蛤？
[基金申请] 今日不放榜？网传国自然预计 8 月 27 日可查结果 +17 医学老男孩 2026-08-20 21/1050 2026-08-24 14:21 by refreshing11
[基金申请] 朋友圈看到的 +7 wangzilk 2026-08-18 9/450 2026-08-24 10:50 by cmrandy
[基金申请] 科研孤儿太难了 +18 我4大白菜 2026-08-20 19/950 2026-08-24 09:47 by 凯恩广盛催化分�
[教师之家] 跳槽后在研项目怎么办？ +5 简单化xn 2026-08-22 10/500 2026-08-23 12:38 by 简单化xn
[基金申请] 今天放榜吗？ +15 布布和一二 2026-08-19 16/800 2026-08-23 09:55 by 张春生
[基金申请] 时间戳今天，20号变了 +5 archvillain 2026-08-20 5/250 2026-08-22 06:12 by hui_daxiao
[基金申请] 时间戳又变了 +13 wuchongjun 2026-08-20 19/950 2026-08-21 17:21 by 紫杉醇
[基金申请] 应该是下周三26日公布了吧？ +4 哈哈蛤？ 2026-08-21 4/200 2026-08-21 10:58 by Vivilian
[基金申请] 今天放榜没戏了吧 +9 yuleib84 2026-08-19 11/550 2026-08-21 10:06 by gltch
[基金申请] 重要消息，中午系统在维护 +11 yuleib84 2026-08-18 12/600 2026-08-20 11:09 by xskun
[基金申请] 明天放榜？ +5 Shxjjxjkx 2026-08-18 5/250 2026-08-18 18:14 by -大大大大大-
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭