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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 结构优化中问题
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charityqi

木虫 (小有名气)

[求助] 结构优化中问题

用ONIOM做结构优化一直出现问题，显示：
GradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGrad
Berny optimization.
Internal  Forces:  Max     0.077558610 RMS     0.026132061
Search for a local minimum.
Step number   1 out of a maximum of  366
All quantities printed in internal units (Hartrees-Bohrs-Radians)
NRF ne Abs NRFX
Error termination via Lnk1e in d:\G09W\l103.exe at Fri Jun 10 11:34:43 2011.
Job cpu time:  0 days  0 hours 11 minutes  6.0 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=    117 Int=      0 D2E=      0 Chk=     29 Scr=      1
这是什么原因呢？谢谢各位
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1楼2011-06-10 11:40:31
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manson1998

金虫 (著名写手)

OLED达人

【答案】应助回帖

★
charityqi(金币+1): 2011-06-10 19:53:18
gmy1990(金币+1): 谢谢你对论坛的贡献，奖励一下！ 2011-06-10 20:36:04
check输入文件
不行就换成直角坐标写 明了一点
赞一下(1人) 回复此楼
惺惺相惜情不自禁
2楼2011-06-10 13:10:08
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charityqi

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by manson1998 at 2011-06-10 13:10:08:
check输入文件
不行就换成直角坐标写 明了一点

我的输入文件是由gaussianview里面生成的，应该没有什么大问题吧，在gaussianview里面可以换成直角坐标吗？
赞一下 回复此楼
3楼2011-06-10 19:53:09
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zhangmt

至尊木虫 (著名写手)

我叫MT
贴输入文件，然后告诉你怎么改。
让后再把输出文件贴出来。
你这里看不出有用的信息。
赞一下 回复此楼
一群自以为正义凛然的年轻人将一切不能以科学解释的事情定性为封建迷信并大刀阔斧地进行消灭，其实这是修养不足学识浅薄的一种体现，也是可恶的偏执和愚蠢的自以
4楼2011-06-10 21:11:54
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charityqi

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by zhangmt at 2011-06-10 21:11:54:
贴输入文件，然后告诉你怎么改。
让后再把输出文件贴出来。
你这里看不出有用的信息。

奥，不好意思
输入文件：
%chk=C:\Users\Desktop\TS.chk
%nprocshared=4
# opt oniom(b3lyp/3-21g:uff) geom=connectivity

TS

0 1 0 1 0 1

Si-Si3          -1    8.46230000   16.46640000    9.00430000 L
Si-Si3          -1    6.16240000   17.30890000   10.90070000 L
Si-Si3          -1    5.51690000   16.46070000    0.41610000 L
Si-Si3          -1    3.74530000   16.45110000    9.10940000 L
O-O_3           -1    7.49220000   16.79280000   10.20860000 L
H-H_            -1    6.12400000   18.84770000   10.85210000 L
H-H_            -1    4.00530000   16.75520000    0.41020000 L
H-H_            -1    2.38790000   16.76290000    9.76650000 L
O-O_3           -1    4.90140000   16.72710000   10.14160000 L
H-H_            -1    6.13290000   16.84230000   12.36800000 L
H-H_            -1    8.15620000   19.83760000    7.82460000 L
O-O_3           -1    8.04880000   17.28430000    7.70990000 L
O-O_3           -1    3.90630000   17.33000000    7.77550000 L
H-H_            -1   19.91600000   16.83310000   10.67550000 L
Si-Si3          -1    3.86100000   19.34740000    4.15810000 L
Si-Si3          -1    4.42270000   18.67980000    7.10900000 L
Si-Si3          -1    7.56530000   18.64580000    7.04880000 L
Si-Si3          -1    8.58380000   19.35730000    4.20880000 L
Si-Si3          -1    6.27870000   18.72570000    2.29950000 L
H-H_            -1    3.93100000   20.88360000    4.24070000 L
O-O_3           -1    3.83620000   18.73090000    5.63560000 L
O-O_3           -1    5.99260000   18.72100000    7.07830000 L
O-O_3           -1    8.07090000   18.68320000    5.54590000 L
O-O_3           -1    7.71050000   18.82250000    2.99380000 L
O-O_3           -1    5.13560000   18.79860000    3.39930000 L
O-O_3           -1    6.23480000   17.31610000    1.55780000 L
H-H_            -1    6.10620000   19.86670000    1.27960000 L
O-O_3           -1   10.09110000   19.05330000    3.91050000 L H-H_ 92
Si-Si3           0   11.35110000   11.06410000    4.35480000 H
Si-Si3           0   13.89220000   10.47330000    2.58180000 H
Si-Si3          -1   14.43370000   11.16870000   12.96540000 L
Si-Si3          -1   17.57630000   11.20270000   13.02570000 L
Si-Si3          -1   18.59480000   10.49110000    2.48270000 L
Si-Si3           0   16.39820000   11.09610000    4.42650000 H
Si-Si3          -1   11.55970000    6.51690000    4.37860000 L
Si-Si3          -1   13.85960000    7.35940000    2.48230000 L
Si-Si3          -1   18.61160000    7.35530000    2.43570000 L
Si-Si3          -1   16.27670000    6.50160000    4.27360000 L
O-O_3            0   12.53730000   11.09740000    3.25260000 H
O-O_3           -1   13.87870000   11.03660000    1.08950000 L H-H_ 30
O-O_3           -1   16.00360000   11.12750000   12.99620000 L
H-H_            -1   20.06770000   10.88260000    2.70410000 L
O-O_3           -1   17.72150000   11.02600000    3.69770000 L H-H_ 34
O-O_3            0   15.19590000   11.05970000    3.34030000 H
O-O_3           -1   12.52980000    6.84330000    3.17440000 L
H-H_            -1   13.88560000    6.87150000    1.02190000 L
H-H_            -1   18.16600000    6.74300000    1.09480000 L
O-O_3           -1   17.68140000    6.80940000    3.60540000 L
O-O_3           -1   15.12060000    6.77760000    3.24140000 L
O-O_3           -1   13.92130000    8.93470000    2.49730000 L H-H_ 30
O-O_3           -1   18.48430000    8.91670000    2.36750000 L
O-O_3            0   11.13290000   12.50680000    5.17620000 H
O-O_3            0   11.74690000    9.99660000    5.58980000 H
O-O_3           -1   11.97320000    7.33480000    5.67300000 L H-H_ 61
O-O_3            0   16.62840000   12.64120000    5.05430000 H
O-O_3           -1   16.13770000    9.96340000    5.46290000 L H-H_ 34
O-O_3           -1   16.11570000    7.38050000    5.60750000 L
Si-Si3          -1   18.46790000    8.82520000   11.18790000 L
Si-Si3          -1   16.16100000    9.39790000    9.22490000 L
Si-Si3          -1   15.59930000    8.73030000    6.27390000 L
Si-Si3           0   12.46510000    8.66040000    6.30970000 H
Si-Si3           0   11.44400000    9.37160000    9.19910000 H
Si-Si3          -1   13.74330000    8.77620000   11.08350000 L
Si-Si3          -1   18.47330000   13.38210000   11.07010000 L
Si-Si3           0   16.23370000   12.51830000    9.17160000 H
Si-Si3           0   15.71330000   13.43380000    6.17920000 H
Ti-Ti3+4         0   12.38070000   13.29570000    6.23440000 H
Si-Si3           0   11.34000000   12.59140000    9.28660000 H
Si-Si3           0   13.75110000   13.42850000   11.04900000 H
O-O_3           -1   17.47120000    8.88690000    9.95960000 L
O-O_3           -1   16.18580000    8.78140000    7.74740000 L
O-O_3           -1   14.02940000    8.77150000    6.30470000 L H-H_ 61
O-O_3            0   11.94750000    8.50100000    7.88150000 H
O-O_3           -1   12.31150000    8.87300000   10.38920000 L H-H_ 62
O-O_3           -1   14.88640000    8.84910000    9.98370000 L
O-O_3           -1   17.50320000   13.05570000    9.86590000 L H-H_ 65
O-O_3            0   16.45970000   13.10570000    7.62640000 H
O-O_3            0   14.13380000   12.76840000    6.21180000 H
O-O_3            0   11.69320000   13.46930000    7.89130000 H
O-O_3            0   12.17850000   13.13930000   10.58890000 H
O-O_3            0   14.84830000   13.15630000    9.83450000 H
O-O_3           -1   16.11170000   10.96430000    9.18880000 L H-H_ 65
O-O_3            0   11.71490000   11.00920000    8.92250000 H
H-H_            -1   19.91300000    8.94740000   10.67000000 L
O-O_3           -1   18.19200000    9.98330000   12.22670000 L
O-O_3           -1   18.05980000   12.56420000   12.36450000 L
H-H_            -1   13.84620000    7.42170000   11.80900000 L
O-O_3           -1   13.89530000    9.93560000   12.15440000 L
O-O_3           -1   13.91730000   12.51850000   12.29900000 L H-H_ 69
O-O_3           -1    9.93090000    9.10380000    9.47250000 L H-H_ 62
O-O_3            0    9.77110000   12.79310000    9.70360000 H
Si-Si3           0   11.50420000   18.75670000    4.40680000 H
Si-Si3          -1   13.87200000   19.34740000    2.53340000 L
Si-Si3          -1   14.43370000   18.67980000   12.96540000 L
Si-Si3          -1   17.57630000   18.64580000   13.02570000 L
Si-Si3          -1   18.59480000   19.35730000    2.48270000 L
Si-Si3          -1   16.28970000   18.72570000    4.39200000 L
O-O_3           -1   12.56180000   18.83640000    3.26810000 L H-H_ 92
H-H_            -1   13.89550000   20.88720000    2.53670000 L
O-O_3           -1   16.00360000   18.72100000   12.99620000 L
H-H_            -1   17.66910000   19.97230000    1.41660000 L
O-O_3           -1   17.72150000   18.82250000    3.69770000 L
O-O_3           -1   15.14660000   18.79860000    3.29220000 L
O-O_3            0   11.29640000   17.28330000    5.20990000 H
O-O_3           -1   16.24580000   17.31610000    5.13370000 L H-H_ 109
H-H_            -1   16.11720000   19.86670000    5.41190000 L
Si-Si3          -1   18.47330000   16.46640000   11.07010000 L
Si-Si3          -1   16.17340000   17.30890000    9.17380000 L
Si-Si3           0   15.49860000   16.63190000    6.28210000 H
Si-Si3           0   12.34960000   16.42670000    6.15220000 H
Si-Si3           0   11.41010000   17.16840000    9.11230000 H
Si-Si3          -1   13.75630000   16.45110000   10.96510000 L
O-O_3           -1   17.50320000   16.79280000    9.86590000 L
O-O_3           -1   16.18780000   16.81070000    7.66580000 L H-H_ 109
O-O_3            0   13.88690000   17.10310000    6.21260000 H
O-O_3            0   11.75120000   16.34520000    7.68570000 H
O-O_3           -1   12.35160000   16.75890000   10.29690000 L H-H_ 111
O-O_3           -1   14.91240000   16.72710000    9.93290000 L
H-H_            -1   16.13470000   18.84800000    9.21010000 L
O-O_3           -1   11.50620000   18.84120000    9.06510000 L H-H_ 111
H-H_            -1   18.06510000   18.70880000   14.48470000 L
O-O_3           -1   18.05980000   17.28430000   12.36450000 L
O-O_3           -1   13.91730000   17.33000000   12.29900000 L
O-O_3           -1    9.93090000   16.85840000    9.47250000 L H-H_ 111
Si-Si3          -1    8.45690000    8.82520000    8.88660000 L
Si-Si3          -1    6.15000000    9.39790000   10.84960000 L
Si-Si3          -1    5.58830000    8.73030000    0.41750000 L
Si-Si3          -1    3.73230000    8.77620000    8.99100000 L
Si-Si3           0    8.35780000   13.39650000    8.99350000 H
Si-Si3          -1    6.16240000   12.53960000   10.90070000 L
Si-Si3          -1    5.51690000   13.38780000    0.41610000 L
Si-Si3          -1    3.74530000   13.39740000    9.10940000 L
O-O_3           -1    7.46020000    8.88690000   10.11490000 L
H-H_            -1    6.14330000    8.86240000   12.29350000 L
H-H_            -1    6.09560000    8.81120000   -1.03420000 L
H-H_            -1    2.36710000    8.92450000    9.68800000 L
O-O_3           -1    4.87540000    8.84910000   10.09080000 L
O-O_3           -1    7.49220000   13.05570000   10.20860000 L H-H_ 129
H-H_            -1    6.13640000   13.02750000   12.36110000 L
H-H_            -1    6.13490000   13.05810000   -0.95540000 L
H-H_            -1    2.38790000   13.08550000    9.76650000 L
O-O_3           -1    4.90140000   13.12140000   10.14160000 L
O-O_3           -1    6.10070000   10.96430000   10.88570000 L
O-O_3           -1    8.33110000    7.41040000    8.16900000 L
O-O_3           -1    8.18100000    9.98330000    7.84780000 L
O-O_3           -1    8.04880000   12.56420000    7.70990000 L H-H_ 129
O-O_3           -1    3.77610000    7.36660000    8.24930000 L
O-O_3           -1    3.88430000    9.93560000    7.92010000 L
O-O_3           -1    3.90630000   12.51850000    7.77550000 L
H-H_            -1   18.30560000    7.47650000   11.91340000 L
H-H_            -1   19.91600000   13.01540000   10.67550000 L
Si-Si3          -1    3.86100000   10.50110000    4.15810000 L
Si-Si3          -1    4.42270000   11.16870000    7.10900000 L
Si-Si3          -1    7.56530000   11.20270000    7.04880000 L
Si-Si3           0    8.45250000   10.44790000    4.20060000 H
Si-Si3          -1    6.27870000   11.12270000    2.29950000 L
Si-Si3          -1    3.84860000    7.35940000    4.20920000 L
Si-Si3          -1    4.49410000    6.51120000    7.10760000 L
Si-Si3          -1    7.59670000    6.50500000    7.09020000 L
Si-Si3          -1    8.60060000    7.35530000    4.25580000 L
Si-Si3          -1    6.26570000    6.50160000    2.41790000 L
H-H_            -1    2.59470000   10.94810000    3.40440000 L
O-O_3           -1    3.83620000   11.11760000    5.63560000 L
O-O_3           -1    5.99260000   11.12750000    7.07830000 L
O-O_3           -1    8.07090000   11.16530000    5.54590000 L H-H_ 155
O-O_3           -1    7.71050000   11.02600000    2.99380000 L H-H_ 155
O-O_3           -1    5.13560000   11.04990000    3.39930000 L
H-H_            -1    2.56350000    6.89020000    3.50220000 L
O-O_3           -1    3.83420000    6.86120000    5.71720000 L
O-O_3           -1    6.04660000    6.85720000    7.07690000 L
O-O_3           -1    8.18900000    6.73780000    5.65160000 L
O-O_3           -1    7.67040000    6.80940000    3.08610000 L
O-O_3           -1    5.10960000    6.77760000    3.45010000 L
O-O_3           -1    3.91030000    8.93470000    4.19420000 L
O-O_3           -1    8.47330000    8.91670000    4.32400000 L H-H_ 155
O-O_3           -1    6.23480000   12.53240000    1.55780000 L
O-O_3           -1    6.12670000    9.96340000    1.22860000 L
O-O_3           -1    6.10470000    7.38050000    1.08400000 L
O-O_3            0   10.00010000   10.66680000    3.52000000 H
O-O_3           -1   10.09110000    6.90890000    3.91050000 L
O-O_3           -1    8.39320000   14.92420000    8.64540000 L H-H_ 129
O-O_3           -1    3.77210000   14.92420000    8.64810000 L
O-O_3           -1    5.77230000   14.92420000    0.77490000 L
H-H_            -1    6.22660000    5.01220000    2.02840000 L
H-H_            -1    4.30930000    5.01040000    7.39910000 L
H-H_            -1    7.77280000    5.02370000    7.47290000 L
H-H_            -1   11.61410000    5.00890000    4.68630000 L
H-H_            -1   16.23760000    5.01220000    4.66310000 L
O-O_3            0   18.40420000   14.92420000   11.42910000 L
O-O_3           -1   13.78310000   14.92420000   11.42640000 L H-H_ 69
O-O_3            0   15.60830000   15.02840000    5.88960000 H
O-O_3            0   12.51740000   14.90630000    5.47970000 H
H-H_            -1    3.89440000   19.88260000    7.91260000 L
O-O_3           -1   11.92900000   19.88500000    5.49960000 L H-H_ 92
H-H_            -1   13.91000000   19.87940000   12.15410000 L
H-H_            -1    6.11880000   16.77180000   -0.96680000 L
H-H_            -1    2.58450000   18.92840000    3.40550000 L
H-H_            -1    8.39810000   20.88210000    4.31940000 L
H-H_            -1   13.90280000   11.08850000   14.40880000 L
H-H_            -1   18.05980000   11.14820000   14.48680000 L
H-H_            -1   18.09220000   11.12360000    1.17160000 L
H-H_            -1   20.07440000    6.96590000    2.71900000 L
H-H_            -1   13.87830000   18.83660000    1.08060000 L
H-H_            -1   13.88970000   18.76330000   14.40370000 L
H-H_            -1   18.16180000   19.83210000   12.23750000 L
H-H_            -1   19.38450000   18.18870000    1.86440000 L
H-H_            -1   19.57730000   20.42950000    2.98950000 L
H-H_            -1    4.04840000    8.74480000    0.42340000 L
H-H_            -1    4.00200000   13.11160000    0.39050000 L
H-H_            -1   14.92670000   11.17280000    0.75020000 L
H-H_            -1   10.48360000   19.27040000    9.11020000 L
H-H_            -1   10.99970000   20.32690000    5.91570000 L

1 181 1.0 5 1.0 12 1.0 124 1.0
2 5 1.0 6 1.0 9 1.0 10 1.0
3 183 1.0 7 1.0 26 1.0 196 1.0
4 182 1.0 8 1.0 9 1.0 13 1.0
5
6
7
8
9
10
11 17 1.0
12 17 1.0
13 16 1.0
14 107 1.0
15 20 1.0 21 1.0 25 1.0 197 1.0
16 22 1.0 21 1.0 193 1.0
17 22 1.0 23 1.0
18 23 1.0 24 1.0 28 1.0 198 1.0
19 24 1.0 25 1.0 26 1.0 27 1.0
20
21
22
23
24
25
26
27
28 92 1.0
29 39 1.0 52 1.0 53 1.0 179 1.0
30 39 1.0 40 1.0 44 1.0 50 1.0
31 41 1.0 88 1.0 89 1.0 199 1.0
32 41 1.0 85 1.0 86 1.0 200 1.0
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39
40 210 1.0
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52 67 1.0
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68 79 1.0 80 1.0 83 1.0 91 1.0
69 190 1.0 80 1.0 81 1.0 89 1.0
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
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88
89
90 125 1.0
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98
99
100
101
102
103
104 110 1.0
105 109 1.0
106
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109 191 1.0 115 1.0 114 1.0
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111 116 1.0 117 1.0 120 1.0 124 1.0
112 190 1.0 117 1.0 118 1.0 123 1.0
113
114
115
116
117
118
119
120 211 1.0
121
122
123
124
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126 133 1.0 134 1.0 137 1.0 143 1.0
127 135 1.0 177 1.0 178 1.0 208 1.0
128 136 1.0 137 1.0 147 1.0 148 1.0
129 181 1.0 138 1.0 146 1.0
130 138 1.0 139 1.0 142 1.0 143 1.0
131 183 1.0 140 1.0 176 1.0 209 1.0
132 182 1.0 141 1.0 142 1.0 149 1.0
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144 159 1.0
145 154 1.0
146 154 1.0
147 158 1.0
148 153 1.0
149 153 1.0
150
151
152 162 1.0 163 1.0 167 1.0 174 1.0
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155 165 1.0 166 1.0 175 1.0 179 1.0
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158 185 1.0 170 1.0 169 1.0
159 186 1.0 170 1.0 171 1.0
160 171 1.0 172 1.0 175 1.0 180 1.0
161 184 1.0 172 1.0 173 1.0 178 1.0
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
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176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
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189
190
191
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193
194 212 1.0
195
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212
输出文件错误信息是：
GradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGrad
Berny optimization.
Internal  Forces:  Max     0.077558610 RMS     0.026132061
Search for a local minimum.
Step number   1 out of a maximum of  366
All quantities printed in internal units (Hartrees-Bohrs-Radians)
NRF ne Abs NRFX
Error termination via Lnk1e in d:\G09W\l103.exe at Fri Jun 10 11:34:43 2011.
Job cpu time:  0 days  0 hours 11 minutes  6.0 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=    117 Int=      0 D2E=      0 Chk=     29 Scr=      1
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5楼2011-06-11 22:18:40
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zhangmt

至尊木虫 (著名写手)

我叫MT

【答案】应助回帖

charityqi(金币+2): 谢谢，我自己再实验下。 2011-06-12 09:05:46
charityqi(金币+2): 2011-06-12 21:33:44
1、这里已经是直角坐标了。
2、在route section里面改成
#p  opt oniom(b3lyp/3-21g:uff)
多加那个字母p会在log文件中给出你更多有用的信息，尤其是提示你出错的原因
3、关于2070错误，是windows下做高斯计算最常见的错误，任何原因导致的gaussian出错都会报2070，这个没有丝毫意义，没有丝毫有用信息
4、你这个体系，不建议在windows下面计算，而最好在linux下面做，因为windows能够提供的内存支持和硬盘文件支持都不够，
5、你的出错在第一步做berny优化就错了，严重怀疑你的构型。重新核对、修改一下你的分子，调整合理的初始结构再试。
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一群自以为正义凛然的年轻人将一切不能以科学解释的事情定性为封建迷信并大刀阔斧地进行消灭，其实这是修养不足学识浅薄的一种体现，也是可恶的偏执和愚蠢的自以
6楼2011-06-11 23:42:43
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manson1998

金虫 (著名写手)

OLED达人
1年没用ONIOM了，我不知道你是不是用的g03算的，也不知道g09是否对oniom有改善。
其实G03自动生成的oniom坐标文件是会出错的，你必须按照原子编号一个一个check。
另外就是最左边那一行原子符号那也可能有错误，你把那些-3 +4什么的删掉看看，这个我确实不记得了，反正我当时算的时候改了一下，不过oniom最后实在不行，果断放弃。
再者里面有Ti 你用B3LYP/3-21G会有很大问题，算出的结果也没有可信度，不如全用lanl2dz算
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惺惺相惜情不自禁
7楼2011-06-15 08:51:21
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