应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 请教初始结构优化问题
111/2返回列表12下一页
查看: 1753  |  回复: 10
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

游子8921

铁杆木虫 (知名作家)

游子8921

[求助] 请教初始结构优化问题

我在做反应机理，开始优化初始结构好几次了，可是最终结果总是得到下一个中间体的构型，这该怎么办啊？如图一所示，这是初始结构，我想优化后的结构类似这种结构，因为我要经过H2O发生H55转移到O16的质子转移反应。图二是优化完的结构，H55已转移到H2O上，原来H2O上的H56转移到羧基O16上。好几次了，都这样。请指教该如何调。谢谢




[ Last edited by gmy1990 on 2011-7-18 at 11:02 ]
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
为了自己的目标而奋斗，一切皆有可能
1楼 2011-07-18 10:59:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

涂易

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
gmy1990(金币+1): 2011-07-18 12:03:41
游子8921(金币+5): 谢谢，能具体些吗 2011-07-18 16:09:08
你可以在输入文件中设置你其中的某个原子固定住  或着只允许小的改动  详见关键词：modredundant
赞一下(1人) 回复此楼
首孝悌，次谨信，泛爱众，而亲人，有余力，则学文
2楼2011-07-18 11:39:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ice625

铜虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
gmy1990(金币+2): 2011-07-18 15:01:14
怎么看着你的初始结构 H55离O31的距离要比O16近很多，你可以转动一下角度再调整一下；还有质子迁移过程的能量变化很小，如果你怎么做都是图二的结构也有可能是发生了协同反应，就是H55先到O16上又和H56发生了交换，可能这种情况的能量更低一点。
赞一下(1人) 回复此楼
没有一颗心会因为追求自己的梦想而受伤！
3楼2011-07-18 13:44:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

游子8921

铁杆木虫 (知名作家)

游子8921
引用回帖:
Originally posted by ice625 at 2011-07-18 13:44:49:
怎么看着你的初始结构 H55离O31的距离要比O16近很多，你可以转动一下角度再调整一下；还有质子迁移过程的能量变化很小，如果你怎么做都是图二的结构也有可能是发生了协同反应，就是H55先到O16上又和H56发生了交换 ...

我就是想让H55经过H2O发生协同质子之后转移到羧基O16或O15，但是优化初始结构总是发生上述情况，所以我就将H2O远离H55，但是太远的话，H55就会直接接触羧基上的O16 或O15.这个应该是协同反应，但是我要得到初始的优化结构啊，要不怎么找过渡态啊，现在优化的结构很明显就是后一个中间体吗，我要的是前一个中间体（初始结构）。协同反应的话，反应应是H55转移到H2O的O31，同时H56转移到羧基O16上。请指教，谢谢
赞一下 回复此楼
为了自己的目标而奋斗，一切皆有可能
4楼2011-07-18 14:51:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ice625

铜虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
小红豆(金币+3): 谢谢应助 2011-07-18 16:30:05
过渡态不一定要从初始结构开始找啊，先找到过渡态再放开得到中间体的情况也是很长见的。一个单独的质子传递的过渡态很难优化出来，因为能量变化太小，也许在气相中还可以，但考虑了溶剂化效应以后还会是这种情况的。所以如果你这个反应过程将其当成协同反应的考虑的话，可以当成是上一个过渡态放开后的一个结构来处理试试，要确定的话走一下IRC就知道了。
赞一下(1人) 回复此楼
没有一颗心会因为追求自己的梦想而受伤！
5楼2011-07-18 15:04:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

游子8921

铁杆木虫 (知名作家)

游子8921
引用回帖:
Originally posted by 涂易 at 2011-07-18 11:39:51:
你可以在输入文件中设置你其中的某个原子固定住  或着只允许小的改动  详见关键词：modredundant

我的命令是：
%nprocshared=4                                                            
%mem=4000MB                                                               
%chk=Aopt35.chk                                                           
#p freq=noraman b3lyp/6-31g opt=modredundant scf=(maxcyc=500,conver=7) geom=nocrowd
分子说明部分
X 1 F
X 9 F
X 13 F（固定的是C原子，做酶催化机理方法）

若将某个原子固定住，应该固定哪个原子？我认为固定H2O，这样使得H2O不接近H55。另外，可以固定键长吗？我要是把O29—H55键固定住，那么H55肯定不会转移到H2O了。可以吗？“只允许小的改动”指的是什么？再一次调H2O的位置，集团的朝向之类的吗？请指教，谢谢。
赞一下 回复此楼
为了自己的目标而奋斗，一切皆有可能
6楼2011-07-18 15:06:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

游子8921

铁杆木虫 (知名作家)

游子8921
引用回帖:
Originally posted by ice625 at 2011-07-18 15:04:12:
过渡态不一定要从初始结构开始找啊，先找到过渡态再放开得到中间体的情况也是很长见的。一个单独的质子传递的过渡态很难优化出来，因为能量变化太小，也许在气相中还可以，但考虑了溶剂化效应以后还会是这种情况的 ...

过渡态不一定要从初始结构开始找啊，先找到过渡态再放开得到中间体的情况也是很长见的。一个单独的质子传递的过渡态很难优化出来，因为能量变化太小，也许在气相中还可以，但考虑了溶剂化效应以后还会是这种情况的。所以如果你这个反应过程将其当成协同反应的考虑的话，可以当成是上一个过渡态放开后的一个结构来处理试试，要确定的话走一下IRC就知道了。
虽然说过渡态不用从初始结构开始找，但我也要找到初始结构，要不怎么做能量图，“找到过渡态再放开得到中间体”，可以得到前一个中间体吗，就是初始结构。出示结构肯定优化啊。请指教。谢谢
赞一下 回复此楼
为了自己的目标而奋斗，一切皆有可能
7楼2011-07-18 15:51:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ice625

铜虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
游子8921(金币+15): 谢谢 2011-07-18 16:07:28
小红豆(金币+2): 谢谢建议 2011-07-18 16:30:26
引用回帖:
Originally posted by 游子8921 at 2011-07-18 15:51:26:
过渡态不一定要从初始结构开始找啊，先找到过渡态再放开得到中间体的情况也是很长见的。一个单独的质子传递的过渡态很难优化出来，因为能量变化太小，也许在气相中还可以，但考虑了溶剂化效应以后还会是这种情 ...

过渡态可以往两边放的吗，实在搞不清楚，走IRC 一个forward,另一个reverse不就行了吗
赞一下(1人) 回复此楼
没有一颗心会因为追求自己的梦想而受伤！
8楼2011-07-18 15:58:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

游子8921

铁杆木虫 (知名作家)

游子8921
引用回帖:
Originally posted by ice625 at 2011-07-18 15:58:21:
过渡态可以往两边放的吗，实在搞不清楚，走IRC 一个forward,另一个reverse不就行了吗

没用过IRC，我试着做一下，谢谢啦。有疑问再提出来。谢谢
赞一下 回复此楼
为了自己的目标而奋斗，一切皆有可能
9楼2011-07-18 16:08:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

涂易

新虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by 游子8921 at 2011-07-18 15:06:46:
我的命令是：
%nprocshared=4                                                            
%mem=4000MB                                                               
%chk=Aopt35.chk              ...

键长  键角 二面角都可以固定  你还可以设置只让这些固定值只在某个小的方位内变动  这样优化好的可能性更大 还是关键词Modredundant
赞一下 回复此楼
首孝悌，次谨信，泛爱众，而亲人，有余力，则学文
10楼2011-07-20 09:14:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 游子8921 的主题更新
111/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 考研求调剂 +3 橘颂. 2026-03-17 4/200 2026-03-17 21:43 by 有只狸奴
[考研] 277调剂 +5 自由煎饼果子 2026-03-16 6/300 2026-03-17 19:26 by 李leezz
[考研] 085600材料与化工求调剂 +5 绪幸与子 2026-03-17 5/250 2026-03-17 16:40 by laoshidan
[考研] 材料与化工专硕调剂 +5 heming3743 2026-03-16 5/250 2026-03-17 14:03 by 勇敢太监王公公
[考研] 275求调剂 +4 太阳花天天开心 2026-03-16 4/200 2026-03-17 10:53 by 功夫疯狂
[考研] 东南大学364求调剂 +5 JasonYuiui 2026-03-15 5/250 2026-03-16 21:28 by 木瓜膏
[考研] 0703化学调剂，求各位老师收留 +8 秋有木北 2026-03-14 8/400 2026-03-16 15:21 by 哦哦123
[考研] 070303 总分349求调剂 +3 LJY9966 2026-03-15 5/250 2026-03-16 14:24 by xwxstudy
[考研] 326求调剂 +3 mlpqaz03 2026-03-15 3/150 2026-03-16 07:33 by Iveryant
[考研] 26考研一志愿中国石油大学(华东)305分求调剂 +3 嘉年新程 2026-03-15 3/150 2026-03-15 13:58 by 哈哈哈哈嘿嘿嘿
[考研] 中科大材料专硕319求调剂 +3 孟鑫材料 2026-03-13 3/150 2026-03-14 18:10 by houyaoxu
[考研] 331求调剂（0703有机化学 +5 ZY-05 2026-03-13 6/300 2026-03-14 10:51 by Jy?
[考研] 329求调剂 +3 miaodesi 2026-03-12 4/200 2026-03-13 20:53 by 18595523086
[考研] 工科材料085601 279求调剂 +8 困于星晨 2026-03-12 10/500 2026-03-13 15:42 by ms629
[考研] 274求调剂 +3 S.H1 2026-03-12 3/150 2026-03-13 15:15 by JourneyLucky
[考研] 求调剂 +3 程雨杭 2026-03-12 3/150 2026-03-13 15:06 by JourneyLucky
[考研] 289求调剂 +3 李政莹 2026-03-12 3/150 2026-03-13 11:02 by 求调剂zz
[考研] 070303一志愿西北大学学硕310找调剂 +3 d如愿上岸 2026-03-13 3/150 2026-03-13 10:43 by houyaoxu
[考博] 福州大学杨黄浩课题组招收2026年专业学位博士研究生，2026.03.20截止 +3 Xiangyu_ou 2026-03-12 3/150 2026-03-13 09:36 by duanwu655
[考博] 26读博 +4 Rui135246 2026-03-12 10/500 2026-03-13 07:15 by gaobiao
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭