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游子8921铁杆木虫 (知名作家)
游子8921
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请教初始结构优化问题
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我在做反应机理，开始优化初始结构好几次了，可是最终结果总是得到下一个中间体的构型，这该怎么办啊？如图一所示，这是初始结构，我想优化后的结构类似这种结构，因为我要经过H2O发生H55转移到O16的质子转移反应。图二是优化完的结构，H55已转移到H2O上，原来H2O上的H56转移到羧基O16上。好几次了，都这样。请指教该如何调。谢谢  [ Last edited by gmy1990 on 2011-7-18 at 11:02 ] |
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2楼2011-07-18 11:39:51
3楼2011-07-18 13:44:49
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我的命令是： %nprocshared=4 %mem=4000MB %chk=Aopt35.chk #p freq=noraman b3lyp/6-31g opt=modredundant scf=(maxcyc=500,conver=7) geom=nocrowd 分子说明部分 X 1 F X 9 F X 13 F（固定的是C原子，做酶催化机理方法） 若将某个原子固定住，应该固定哪个原子？我认为固定H2O，这样使得H2O不接近H55。另外，可以固定键长吗？我要是把O29—H55键固定住，那么H55肯定不会转移到H2O了。可以吗？“只允许小的改动”指的是什么？再一次调H2O的位置，集团的朝向之类的吗？请指教，谢谢。 |
6楼2011-07-18 15:06:46
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