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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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游子8921

铁杆木虫 (知名作家)

游子8921

[求助] 请教初始结构优化问题

我在做反应机理，开始优化初始结构好几次了，可是最终结果总是得到下一个中间体的构型，这该怎么办啊？如图一所示，这是初始结构，我想优化后的结构类似这种结构，因为我要经过H2O发生H55转移到O16的质子转移反应。图二是优化完的结构，H55已转移到H2O上，原来H2O上的H56转移到羧基O16上。好几次了，都这样。请指教该如何调。谢谢




[ Last edited by gmy1990 on 2011-7-18 at 11:02 ]
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为了自己的目标而奋斗，一切皆有可能
1楼 2011-07-18 10:59:58
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涂易

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
gmy1990(金币+1): 2011-07-18 12:03:41
游子8921(金币+5): 谢谢，能具体些吗 2011-07-18 16:09:08
你可以在输入文件中设置你其中的某个原子固定住  或着只允许小的改动  详见关键词：modredundant
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首孝悌，次谨信，泛爱众，而亲人，有余力，则学文
2楼2011-07-18 11:39:51
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ice625

铜虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
gmy1990(金币+2): 2011-07-18 15:01:14
怎么看着你的初始结构 H55离O31的距离要比O16近很多，你可以转动一下角度再调整一下；还有质子迁移过程的能量变化很小，如果你怎么做都是图二的结构也有可能是发生了协同反应，就是H55先到O16上又和H56发生了交换，可能这种情况的能量更低一点。
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没有一颗心会因为追求自己的梦想而受伤！
3楼2011-07-18 13:44:49
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游子8921

铁杆木虫 (知名作家)

游子8921
引用回帖:
Originally posted by ice625 at 2011-07-18 13:44:49:
怎么看着你的初始结构 H55离O31的距离要比O16近很多，你可以转动一下角度再调整一下；还有质子迁移过程的能量变化很小，如果你怎么做都是图二的结构也有可能是发生了协同反应，就是H55先到O16上又和H56发生了交换 ...

我就是想让H55经过H2O发生协同质子之后转移到羧基O16或O15，但是优化初始结构总是发生上述情况，所以我就将H2O远离H55，但是太远的话，H55就会直接接触羧基上的O16 或O15.这个应该是协同反应，但是我要得到初始的优化结构啊，要不怎么找过渡态啊，现在优化的结构很明显就是后一个中间体吗，我要的是前一个中间体（初始结构）。协同反应的话，反应应是H55转移到H2O的O31，同时H56转移到羧基O16上。请指教，谢谢
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为了自己的目标而奋斗，一切皆有可能
4楼2011-07-18 14:51:20
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ice625

铜虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
小红豆(金币+3): 谢谢应助 2011-07-18 16:30:05
过渡态不一定要从初始结构开始找啊，先找到过渡态再放开得到中间体的情况也是很长见的。一个单独的质子传递的过渡态很难优化出来，因为能量变化太小，也许在气相中还可以，但考虑了溶剂化效应以后还会是这种情况的。所以如果你这个反应过程将其当成协同反应的考虑的话，可以当成是上一个过渡态放开后的一个结构来处理试试，要确定的话走一下IRC就知道了。
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没有一颗心会因为追求自己的梦想而受伤！
5楼2011-07-18 15:04:12
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游子8921

铁杆木虫 (知名作家)

游子8921
引用回帖:
Originally posted by 涂易 at 2011-07-18 11:39:51:
你可以在输入文件中设置你其中的某个原子固定住  或着只允许小的改动  详见关键词：modredundant

我的命令是：
%nprocshared=4                                                            
%mem=4000MB                                                               
%chk=Aopt35.chk                                                           
#p freq=noraman b3lyp/6-31g opt=modredundant scf=(maxcyc=500,conver=7) geom=nocrowd
分子说明部分
X 1 F
X 9 F
X 13 F（固定的是C原子，做酶催化机理方法）

若将某个原子固定住，应该固定哪个原子？我认为固定H2O，这样使得H2O不接近H55。另外，可以固定键长吗？我要是把O29—H55键固定住，那么H55肯定不会转移到H2O了。可以吗？“只允许小的改动”指的是什么？再一次调H2O的位置，集团的朝向之类的吗？请指教，谢谢。
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6楼2011-07-18 15:06:46
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游子8921

铁杆木虫 (知名作家)

游子8921
引用回帖:
Originally posted by ice625 at 2011-07-18 15:04:12:
过渡态不一定要从初始结构开始找啊，先找到过渡态再放开得到中间体的情况也是很长见的。一个单独的质子传递的过渡态很难优化出来，因为能量变化太小，也许在气相中还可以，但考虑了溶剂化效应以后还会是这种情况的 ...

过渡态不一定要从初始结构开始找啊，先找到过渡态再放开得到中间体的情况也是很长见的。一个单独的质子传递的过渡态很难优化出来，因为能量变化太小，也许在气相中还可以，但考虑了溶剂化效应以后还会是这种情况的。所以如果你这个反应过程将其当成协同反应的考虑的话，可以当成是上一个过渡态放开后的一个结构来处理试试，要确定的话走一下IRC就知道了。
虽然说过渡态不用从初始结构开始找，但我也要找到初始结构，要不怎么做能量图，“找到过渡态再放开得到中间体”，可以得到前一个中间体吗，就是初始结构。出示结构肯定优化啊。请指教。谢谢
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为了自己的目标而奋斗，一切皆有可能
7楼2011-07-18 15:51:26
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ice625

铜虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
游子8921(金币+15): 谢谢 2011-07-18 16:07:28
小红豆(金币+2): 谢谢建议 2011-07-18 16:30:26
引用回帖:
Originally posted by 游子8921 at 2011-07-18 15:51:26:
过渡态不一定要从初始结构开始找啊，先找到过渡态再放开得到中间体的情况也是很长见的。一个单独的质子传递的过渡态很难优化出来，因为能量变化太小，也许在气相中还可以，但考虑了溶剂化效应以后还会是这种情 ...

过渡态可以往两边放的吗，实在搞不清楚，走IRC 一个forward,另一个reverse不就行了吗
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8楼2011-07-18 15:58:21
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游子8921

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游子8921
引用回帖:
Originally posted by ice625 at 2011-07-18 15:58:21:
过渡态可以往两边放的吗，实在搞不清楚，走IRC 一个forward,另一个reverse不就行了吗

没用过IRC，我试着做一下，谢谢啦。有疑问再提出来。谢谢
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9楼2011-07-18 16:08:34
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涂易

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Originally posted by 游子8921 at 2011-07-18 15:06:46:
我的命令是：
%nprocshared=4                                                            
%mem=4000MB                                                               
%chk=Aopt35.chk              ...

键长  键角 二面角都可以固定  你还可以设置只让这些固定值只在某个小的方位内变动  这样优化好的可能性更大 还是关键词Modredundant
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10楼2011-07-20 09:14:40
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