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游子8921

铁杆木虫 (知名作家)

游子8921

[求助] 请教初始结构优化问题

我在做反应机理,开始优化初始结构好几次了,可是最终结果总是得到下一个中间体的构型,这该怎么办啊?如图一所示,这是初始结构,我想优化后的结构类似这种结构,因为我要经过H2O发生H55转移到O16的质子转移反应。图二是优化完的结构,H55已转移到H2O上,原来H2O上的H56转移到羧基O16上。好几次了,都这样。请指教该如何调。谢谢




[ Last edited by gmy1990 on 2011-7-18 at 11:02 ]
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为了自己的目标而奋斗,一切皆有可能
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涂易

新虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by 游子8921 at 2011-07-18 15:06:46:
我的命令是:
%nprocshared=4                                                            
%mem=4000MB                                                               
%chk=Aopt35.chk              ...

键长  键角 二面角都可以固定  你还可以设置只让这些固定值只在某个小的方位内变动  这样优化好的可能性更大 还是关键词Modredundant
首孝悌,次谨信,泛爱众,而亲人,有余力,则学文
10楼2011-07-20 09:14:40
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涂易

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


gmy1990(金币+1): 2011-07-18 12:03:41
游子8921(金币+5): 谢谢,能具体些吗 2011-07-18 16:09:08
你可以在输入文件中设置你其中的某个原子固定住  或着只允许小的改动  详见关键词:modredundant
首孝悌,次谨信,泛爱众,而亲人,有余力,则学文
2楼2011-07-18 11:39:51
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ice625

铜虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
gmy1990(金币+2): 2011-07-18 15:01:14
怎么看着你的初始结构 H55离O31的距离要比O16近很多,你可以转动一下角度再调整一下;还有质子迁移过程的能量变化很小,如果你怎么做都是图二的结构也有可能是发生了协同反应,就是H55先到O16上又和H56发生了交换,可能这种情况的能量更低一点。
没有一颗心会因为追求自己的梦想而受伤!
3楼2011-07-18 13:44:49
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游子8921

铁杆木虫 (知名作家)

游子8921

引用回帖:
Originally posted by ice625 at 2011-07-18 13:44:49:
怎么看着你的初始结构 H55离O31的距离要比O16近很多,你可以转动一下角度再调整一下;还有质子迁移过程的能量变化很小,如果你怎么做都是图二的结构也有可能是发生了协同反应,就是H55先到O16上又和H56发生了交换 ...

我就是想让H55经过H2O发生协同质子之后转移到羧基O16或O15,但是优化初始结构总是发生上述情况,所以我就将H2O远离H55,但是太远的话,H55就会直接接触羧基上的O16 或O15.这个应该是协同反应,但是我要得到初始的优化结构啊,要不怎么找过渡态啊,现在优化的结构很明显就是后一个中间体吗,我要的是前一个中间体(初始结构)。协同反应的话,反应应是H55转移到H2O的O31,同时H56转移到羧基O16上。请指教,谢谢
为了自己的目标而奋斗,一切皆有可能
4楼2011-07-18 14:51:20
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