应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 【求助结束】结构优化很离奇，请问可能是什么原因？--初始构型不合理
191/1返回列表
查看: 2988  |  回复: 18
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

缺心眼桌

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助结束】结构优化很离奇，请问可能是什么原因？--初始构型不合理

大家好。我最近优化一个结构，结果有些离奇。我在有氧空位的表面放了一个甲醇分子，优化还没结束，我把中间的CONTCAR提取出来看，很不合理。这是我的INCAR：
System=TiO2-meth
ENCUT=400  
ISTART=0
ICHARG=2
ISMEAR=0
SIGMA=0.08
IALGO=48
NSW=1000
IBRION=2
ISIF=2
EDIFF=1E-5
EDIFFG=-0.05
POTIM=0.2
下面分别是优化前和优化中间的结构，麻烦大家帮忙看一下为什么，挺急，谢谢大家！！




[ Last edited by 缺心眼桌 on 2011-4-20 at 16:56 ]
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼 2011-03-28 09:37:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Me卓

木虫 (正式写手)
★
zzy870720z(金币+1): 谢谢提示 2011-03-30 10:33:15
引用回帖:
Originally posted by 缺心眼桌 at 2011-03-28 09:37:14:
大家好。我最近优化一个结构，结果有些离奇。我在有氧空位的表面放了一个甲醇分子，优化还没结束，我把中间的CONTCAR提取出来看，很不合理。这是我的INCAR：
System=TiO2-meth
ENCUT=400  
ISTART=0
ICHARG=2 ...

特别可能的情况应该就是初始构型不合理的
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2011-03-30 09:20:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

海湾

铜虫 (初入文坛)

是不是EDIFFG设这过大的问题？

★
zzy870720z(金币+1): 谢谢回复 2011-03-30 10:33:22
缺心眼桌(金币+1): 谢谢你的回答。不过，我的原子太多了，这个标准只能设的低一点，否则太耗时 2011-03-30 14:18:51
是不是EDIFFG设这过大的问题？
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2011-03-30 10:02:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fengshiquan

铁杆木虫 (正式写手)
缺心眼桌(金币+1): 谢谢哦，我调下看看 2011-03-30 14:19:40
同意二楼的观点
回复此楼
4楼2011-03-30 11:03:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)
★ ★
sunyang1988(金币+2): 谢谢交流 2011-03-30 16:26:08
缺心眼桌(金币+2): 谢谢详细说明 2011-03-31 09:57:42
甲醇放远一点，1.5~2A左右比较合适。

如果是第一次计算这个结构，可以修改几个参数：

NSW = 10
EDIFFG = -1
EDIFF = 1E-3
SIGMA = 0.2

熟练/收敛后再调回你原来的设置。

[ Last edited by cenwanglai on 2011-3-31 at 10:03 ]
赞一下(1人) 回复此楼
5楼2011-03-30 16:22:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

franch

版主 (著名写手)
关注一下
回复此楼
7楼2011-04-06 08:47:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

convenient

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by cenwanglai at 2011-03-30 16:22:10:
甲醇放远一点，1.5~2A左右比较合适。

如果是第一次计算这个结构，可以修改几个参数：

NSW = 10
EDIFFG = -1
EDIFF = 1E-3
SIGMA = 0.2

熟练/收敛后再调回你原来的设置。

[ Last edited by cenwan ...

请问吸附距离1.5-2A就是针对甲醇吗？吸附别的物质距离变吗？
赞一下 回复此楼
8楼2011-04-06 21:28:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

缺心眼桌

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by cenwanglai at 2011-03-30 16:22:10:
甲醇放远一点，1.5~2A左右比较合适。

如果是第一次计算这个结构，可以修改几个参数：

NSW = 10
EDIFFG = -1
EDIFF = 1E-3
SIGMA = 0.2

熟练/收敛后再调回你原来的设置。

[ Last edited by cenwan ...

想起一个问题，可以问下吗？分步优化的优势在什么地方？一次性达到所需的精度和分步达到所需的精度，能量、构型结果有差异吗？
谢谢
赞一下 回复此楼
9楼2011-05-23 09:41:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
franch(金币+2): 谢谢回帖交流 2011-05-23 15:34:11
引用回帖:
Originally posted by 缺心眼桌 at 2011-05-23 09:41:37:
想起一个问题，可以问下吗？分步优化的优势在什么地方？一次性达到所需的精度和分步达到所需的精度，能量、构型结果有差异吗？
谢谢

如果能够一次就优化到位，那就没有必要分布优化。


分布优化的好处是：可以根据优化过程的提示（可能需要自己跟踪生成文件分析）来调整优化参数，避免优化到明显不合理的结构，缩短时间。


无论怎样优化，根据两条基本假设（基态是能量最低的状态，找到的能量最低的状态就是基态），得到的结果差别应该很小，可以认为一样。除非优化到不同的局部最小状态。

[ Last edited by cenwanglai on 2011-5-23 at 09:55 ]
赞一下(2人) 回复此楼
10楼2011-05-23 09:52:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

缺心眼桌

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by cenwanglai at 2011-05-23 09:52:02:
如果能够一次就优化到位，那就没有必要分布优化。


分布优化的好处是：可以根据优化过程的提示（可能需要自己跟踪生成文件分析）来调整优化参数，避免优化到明显不合理的结构，缩短时间。


无论怎样 ...

谢谢你。
那如果是加自旋计算的体系，我第一步先不加自旋，优化好了之后再加自旋进行优化，这样也一样吗？
再就是，自旋是针对整个体系的，能指定某个原子或位置吗？
谢谢
赞一下 回复此楼
11楼2011-05-23 10:08:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
franch(金币+1): 谢谢回帖交流 2011-05-23 15:34:26
引用回帖:
Originally posted by 缺心眼桌 at 2011-05-23 10:08:54:
谢谢你。
那如果是加自旋计算的体系，我第一步先不加自旋，优化好了之后再加自旋进行优化，这样也一样吗？
再就是，自旋是针对整个体系的，能指定某个原子或位置吗？
谢谢

我没有算过磁性，这个不确定。似乎可以在MAGMON里面指定每个原子的上旋和下旋，自然也能指定磁矩。
赞一下(2人) 回复此楼
12楼2011-05-23 10:13:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

缺心眼桌

木虫 (正式写手)
cenwanglai: 是的。 2011-05-23 10:27:51
引用回帖:
Originally posted by cenwanglai at 2011-05-23 10:13:02:
我没有算过磁性，这个不确定。似乎可以在MAGMON里面指定每个原子的上旋和下旋，自然也能指定磁矩。

我不是算磁性，仅仅是体系有单电子，要用自旋极化计算。就是在INCAR说明ISPIN=2而已，我想问一下，这个是针对整个体系来说的吧？
赞一下(1人) 回复此楼
13楼2011-05-23 10:27:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

缺心眼桌

木虫 (正式写手)
cenwanglai: 是的 2011-05-23 10:43:48
引用回帖:
Originally posted by cenwanglai at 2011-05-23 10:13:02:
我没有算过磁性，这个不确定。似乎可以在MAGMON里面指定每个原子的上旋和下旋，自然也能指定磁矩。

也就是说，自旋极化计算只能针对整个体系，不能指定对某个位置或原子？
赞一下(1人) 回复此楼
14楼2011-05-23 10:36:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

缺心眼桌

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by 缺心眼桌 at 2011-05-23 10:08:54:
谢谢你。
那如果是加自旋计算的体系，我第一步先不加自旋，优化好了之后再加自旋进行优化，这样也一样吗？
再就是，自旋是针对整个体系的，能指定某个原子或位置吗？
谢谢

如果是自旋极化计算的体系，我第一步先不加自旋，优化好了之后再加自旋进行优化，这样两种不同的方式优化结果也一样吗？
这个我没有找到一个明确的说法
我做的都是分步的，但是今天看到一个帖子说，构型可能会不一样，所以我就纠结了。
谢谢你

[ Last edited by 缺心眼桌 on 2011-5-23 at 10:49 ]
赞一下 回复此楼
15楼2011-05-23 10:46:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
franch(金币+2): 谢谢回帖交流 2011-05-23 18:54:33
引用回帖:
Originally posted by 缺心眼桌 at 2011-05-23 10:46:38:
如果是自旋极化计算的体系，我第一步先不加自旋，优化好了之后再加自旋进行优化，这样两种不同的方式优化结果也一样吗？
这个我没有找到一个明确的说法
我做的都是分步的，但是今天看到一个帖子说，构型可 ...

确实没有通用的办法。你所找到的结果，就是按照你所用的方法找到的最好的结果。最终结构如果随优化过程不同而变化，那可能是分别优化到两个相近的局部稳态了。

这两种结构可能都是合理的，而且能量水平可能相差不大。这两种结构在受热或者外部能量场的作用下，可能会相互转化。可能都是合理的，都是有物理意义的结构。需要好好分析。

计算物理或者计算化学的计算结果，需要合理分析，算的过程当然重要，按照物理图像来分析和理解计算的结果更重要。没有包治百病的办法，也不能保证计算结果精确正确，也不能无限延伸计算所得到的结论。

计算有百般好处，但是也要明白计算所能解决的问题还是有限的，结果应该谨慎对待，大胆设想，小心验证。
赞一下(2人) 回复此楼
16楼2011-05-23 15:45:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

缺心眼桌

木虫 (正式写手)
cenwanglai: 试试看。实践是唯一标准。 2011-05-23 16:04:47
引用回帖:
Originally posted by cenwanglai at 2011-05-23 15:45:34:
确实没有通用的办法。你所找到的结果，就是按照你所用的方法找到的最好的结果。最终结构如果随优化过程不同而变化，那可能是分别优化到两个相近的局部稳态了。

这两种结构可能都是合理的，而且能量水平可 ...

受教了，谢谢啊!
那如果说我最后需要的是自旋极化计算的结果，最好的还是一次性就把ISPIN=2写入INCAR吗？
赞一下(1人) 回复此楼
17楼2011-05-23 15:59:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
建议lz减少提问，多做实践。
赞一下(1人) 回复此楼
18楼2011-05-23 16:06:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

缺心眼桌

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by cenwanglai at 2011-05-23 16:06:17:
建议lz减少提问，多做实践。

在做。只是很多要做的，机子都不够用了，所以就先来问问，再就是如果跑出来的结果没用的话，时间就白费了。
赞一下 回复此楼
19楼2011-05-23 16:11:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
简单回复
taohuayu6楼
2011-03-30 16:42   回复  
相关版块跳转 我要订阅楼主 缺心眼桌 的主题更新
191/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭