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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » QE(Pwscf) » 【求助】优化的结构非常奇怪，Au10 簇 被优化成了4组小簇，为什么，输入及结构已贴出
汕头大学海洋科学、生物学、生物与医药等3个专业接受调剂
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minmin_0082003

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】优化的结构非常奇怪，Au10 簇 被优化成了4组小簇，为什么，输入及结构已贴出

用的网上贴出来的pesudopotential
输入文件如下
&CONTROL
  calculation    = "relax",
  prefix         = "iso0-Au10-t"
  nstep          = 150,
  pseudo_dir   = "/home/***/PWscf/Pseudo",
  outdir       = "/home/***/PWscf/outdir",
/
&SYSTEM
  nosym       = .TRUE.,
  ibrav       = 0,
  celldm(1)   = 1.0D0,
  nat         = 10,
  ntyp        = 1,
  ecutwfc     = 25.0D0,
  ecutrho     = 160.0D0,
  occupations = "smearing",
  degauss     = 0.01D0,
  smearing    = "gauss",
/
&ELECTRONS
  conv_thr    = 1.D-6,
  mixing_beta = 0.5D0,
/
&IONS
  bfgs_ndim         = 3,
  upscale           = 100.D0,
  pot_extrapolation = "second_order",
  wfc_extrapolation = "second_order",
/
ATOMIC_SPECIES
Au  196.96655  Au.blyp-mt.UPF
ATOMIC_POSITIONS { angstrom }
Au  0.351644000      0.323076000      0.020090000
Au  0.353167000     -2.459480000      0.001629000
Au  0.325466000     -5.209497000      0.021409000
Au -1.052830000     -1.054437000      1.988954000
Au -1.026740000      1.696543000      1.965435000
Au -1.051203000     -3.836601000      1.970273000
Au  1.727775000     -1.054277000     -1.924117000
Au  1.723939000     -3.829706000     -1.938591000
Au -2.418980000      0.317707000      3.931133000
Au -2.429430000     -2.457304000      3.913504000
K_POINTS {Gamma}
CELL_PARAMETERS { cubic }
  15.00000  0.00000  0.00000
   0.00000  15.00000  0.00000
   0.00000  0.00000  15.00000

输入文件是从高斯优化得到的

输出文件时PWscf得到的
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1楼2010-12-17 11:39:54
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hakuna

木虫 (知名作家)
★ ★
zzy870720z(金币+2):鼓励交流 2010-12-19 11:41:23
minmin_0082003(金币+3):谢谢，原因已经解决，是因为pseudopotential的问题，但是为什么configure 不同得到结果不同还不清楚 2010-12-19 14:04:01
个人感觉初始结构不合理，你把六边形外面的两个Au放在六边形里两个相对空隙上面试试看，如果一定要优化出一个平面结构，建议把左侧Au原子位置下移，使之与左下侧连个Au原子形成三角形结构，这样对称性高一些.....
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2楼2010-12-19 10:26:47
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minmin_0082003

金虫 (正式写手)
★
ellsaking(金币+1):写一写出了什么问题也让大家借鉴一下吧，哈哈~ 2010-12-22 09:57:08
原因已经找到， 问题初步解决
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3楼2010-12-19 14:04:25
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yoghurt117

木虫 (正式写手)
★ ★
zzy870720z(金币+2):谢谢分享 2010-12-21 08:16:55
minmin_0082003(金币+1):谢谢，Au10 有很多的异构体，我算的是最稳定的一个 2010-12-21 09:31:22
曾经从网上找了个Au10的结构，跟你的好像不一样
Au    -.79776090   -.69523418   2.61154030
Au     .21885458   1.44933212   1.53546771
Au    1.72079748   -.80162079   1.64308518
Au   -2.27547260    .67789930    .81619191
Au    -.38520612  -1.04247831   -.00370155
Au    1.88256086    .84182724   -.50326931
Au    -.60370245   1.76230683  -1.01776187
Au    2.04405802  -1.73293814   -.87099203
Au   -2.20281778   -.16059519  -1.74977567
Au     .39868891   -.29849888  -2.46078469
可以算算看看
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4楼2010-12-21 00:07:57
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yoghurt117

木虫 (正式写手)
★
zzy870720z(金币+1):鼓励交流 2010-12-22 07:57:44
10至56个金Au的团簇结构请到下面的网址下载
http://u.115.com/file/f4e82e1827

这些结构也是我当初从网上找的，rar里面有网页介绍
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5楼2010-12-22 00:36:01
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sg18408926

至尊木虫 (著名写手)
好像没有了啊
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6楼2010-12-22 08:54:08
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yoghurt117

木虫 (正式写手)
★
zzy870720z(金币+1):谢谢上传 2010-12-22 14:33:09
http://ishare.iask.sina.com.cn/f/12449694.html
还是ishare好用些，这里吧
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7楼2010-12-22 14:07:28
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hchfox

木虫 (正式写手)
★
zzy870720z(金币+1):谢谢讨论 2010-12-22 14:33:21
觉得参考价值不大，20左右金原子数的Aun团簇应该是中空结构才对，较新的DFT计算和一些实验也证实了这点的。。。
引用回帖:
Originally posted by yoghurt117 at 2010-12-22 14:07:28:
http://ishare.iask.sina.com.cn/f/12449694.html
还是ishare好用些，这里吧

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8楼2010-12-22 14:22:30
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minmin_0082003

金虫 (正式写手)
个人觉得应该跟金属的结构没有关系
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9楼2010-12-22 17:23:54
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minmin_0082003

金虫 (正式写手)
★
ellsaking(金币+1):谢谢回帖交流~ 2010-12-22 18:39:40
我开始用的
5d45d66s1的超软赝式
后面重新生成的模守恒赝式5d106s1，虽然好多了，但是还是达不到我的要求，原因还不知道，弄清楚再告诉大家，不要在纠结结构了，我觉得结构不是主要因素。Au10有好多个稳定的异构体。
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10楼2010-12-22 17:26:51
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hakuna

木虫 (知名作家)
★
zzy870720z(金币+1):谢谢讨论交流 2010-12-23 16:22:37
引用回帖:
Originally posted by hchfox at 2010-12-22 14:22:30:
觉得参考价值不大，20左右金原子数的Aun团簇应该是中空结构才对，较新的DFT计算和一些实验也证实了这点的。。。


金球是可能存在的，但不应该是最稳定结构，最稳定结构应该是成键最多的结构，显然没心没肺的金球不是成键最多的....
C球能稳定赖于共价键，但它稳定性上恐怕还是赶不上金刚钻.....
声明一下：没有计算过，所以只是一个判断
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11楼2010-12-23 09:41:09
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hchfox

木虫 (正式写手)
★
zzy870720z(金币+1):鼓励讨论交流 2010-12-23 16:22:56
呵呵，对与Au团簇，如果没算过，是不能轻易下判断的，我看到一片文献好像是Au20，是金字塔形状，但中间是中空的。根据我自己的经验，以前对Au13作了检验，用模拟退火方法找出来的结构已经有呈中空状态的趋势了，原先的高对称性结构根本是不稳定的，能量差异巨大。。。
引用回帖:
Originally posted by hakuna at 2010-12-23 09:41:09:



金球是可能存在的，但不应该是最稳定结构，最稳定结构应该是成键最多的结构，显然没心没肺的金球不是成键最多的....
C球能稳定赖于共价键，但它稳定性上恐怕还是赶不上金刚钻.....
声明一下：没有计算过， ...

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12楼2010-12-23 09:50:38
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hakuna

木虫 (知名作家)
引用回帖:
Originally posted by hchfox at 2010-12-23 09:50:38:
呵呵，对与Au团簇，如果没算过，是不能轻易下判断的，我看到一片文献好像是Au20，是金字塔形状，但中间是中空的。根据我自己的经验，以前对Au13作了检验，用模拟退火方法找出来的结构已经有呈中空状态的趋势了，原 ...

总感觉那样与常识相悖，能给出个令人信服的理由吗？
虽然空的金字塔里流荡着法老的幽灵，但那真的是最稳定结构吗？亦或是作者弄出来的玄虚？
不知道你用什么势函数退的火？SA理论上可以找到能量最低点，只是理论而已，相比之下，GA可能更好一些

[ Last edited by hakuna on 2010-12-23 at 19:41 ]
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13楼2010-12-23 19:32:52
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