[交流] 【求助】VASP怎么做晶格参数的结构优化

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1楼 2010-12-07 09:44:41

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zhang_jaj

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gzqdyouxia(金币+2):谢谢指点 2010-12-10 09:20:31

引用回帖:

Originally posted by bluegirlll at 2010-12-08 16:21:11:
你好，我看了，并且按照他做的，可是怎么出不来结果呢，编辑脚本有没有需要注意的，另外那个如果有两个元素的材料就要进行复杂的优化吗？还有他的那个脚本为什么要删除rm WAVECAR。请高人指点

我也是个菜鸟，对优化不清楚，但是计算好像都得优化啊。还有那个rm WAVECAR一般是要有的，如果你的计算目录下没有WAVECAR时，你也可以不要这个命令行。如果有wavecar时，istart=0将是无效的（好像是，你看看手册，我有点既不清楚了）。

10楼2010-12-08 16:49:21

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first_yg

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sunyang1988(金币+1):谢谢指点 2010-12-07 09:55:44
bluegirlll(金币+1): 2010-12-08 16:18:50

侯博士的中文说明里就有，你可以查查看

2楼2010-12-07 09:51:38

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ustbwgs

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zzy870720z(金币+2):谢谢提示 2010-12-07 14:18:47
bluegirlll(金币+1): 2010-12-08 09:27:38

先根据文献或实验参数写个差不多的，然后再在这个取值附近的范围内，写个脚本计算单点能，做能量收敛测试。

3楼2010-12-07 14:11:34

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bluegirlll

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谢谢您啊，我用的是这个个脚本：

#! /bin/bash
BIN=/home/jhm/VASP/vasp
for i in 3.5 3.6 3.7 3.8 3.9 4.0 4.1 4.2 4.3 ; do
cat >POSCAR < fcc:
$i
0.0 0.5 0.5
0.5 0.0 0.5
0.5 0.5 0.0
1 2
cartesian
0 0 0
0.25 0.25 0.25
0.75 0.75 0.75
!
echo "a= $i" ; $BIN
E=·tail -l OSZICAR·; echo $i $E >>SUMMARY.fcc
done
计算得到的SUMMARY.fcc文件的内容为：

3.5 tail -l OSZICAR
3.6 tail -l OSZICAR
3.7 tail -l OSZICAR
3.8 tail -l OSZICAR
3.9 tail -l OSZICAR
4.0 tail -l OSZICAR
4.1 tail -l OSZICAR
4.2 tail -l OSZICAR
4.3 tail -l OSZICAR

是我脚本那个地方错了吗？请高人指点

引用回帖:

Originally posted by ustbwgs at 2010-12-07 14:11:34:
先根据文献或实验参数写个差不多的，然后再在这个取值附近的范围内，写个脚本计算单点能，做能量收敛测试。

4楼2010-12-08 09:34:25

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ustbwgs

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ellsaking(金币+2):谢谢指导 2010-12-08 10:03:15
bluegirlll(金币+2): 2010-12-08 11:02:34

引用回帖:

Originally posted by bluegirlll at 2010-12-08 09:34:25:
谢谢您啊，我用的是这个个脚本：

#! /bin/bash
BIN=/home/jhm/VASP/vasp
for i in 3.5 3.6 3.7 3.8 3.9 4.0 4.1 4.2 4.3 ; do
cat >POSCAR < fcc:
$i
0.0 0.5 0.5
0.5 0.0 0.5
0.5 0.5 0.0 ...

E=·tail -l OSZICAR·; echo $i $E >>SUMMARY.fcc
改为E=“tail -l OSZICAR”
echo $i $E >>SUMMARY.fcc
也就是把倒引改为双引，你看对不对，我一般也不用这个命令，可以查energy without entropy 或者TOTEN，效果一样啊

[ Last edited by ustbwgs on 2010-12-8 at 10:03 ]

5楼2010-12-08 10:00:26

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zzy870720z(金币+1):谢谢提示 2010-12-08 12:01:52

引用回帖:

把引号改成··，就是tab键上的那个键，试试吧

6楼2010-12-08 10:36:06

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bluegirlll

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我已经按您说的改了，可是出来这样的结果，它去了OSIZCAR文件中的好多数据
SUMMARY.fcc内容如下：

3.5 DAV: 9 0.616371635786E+02 -0.21638E+01 -0.36614E+00 887 0.211E+01 0.379E+00 DAV: 10 0.598839270162E+02 -0.17532E+01 -0.22497E+00 946 0.164E+01 0.135E+00 DAV: 11 0.599095645060E+02 0.25637E-01 -0.14704E-01 931 0.481E+00 0.625E-01 DAV: 12 0.599206379143E+02 0.11073E-01 -0.57937E-02 824 0.307E+00 0.358E-01 DAV: 13 0.599130268782E+02 -0.76110E-02 -0.27145E-02 953 0.152E+00 0.107E-01 DAV: 14 0.599127542034E+02 -0.27267E-03 -0.25634E-03 1209 0.508E-01 0.870E-02 DAV: 15 0.599126009216E+02 -0.15328E-03 -0.17119E-04 615 0.166E-01 0.464E-02 DAV: 16 0.599123843746E+02 -0.21655E-03 -0.15291E-04 685 0.131E-01 0.242E-02 DAV: 17 0.599123887861E+02 0.44115E-05 -0.17822E-05 398 0.428E-02 1 F= 0.59912389E+02 E0= 0.59912389E+02 d E =0.000000E+00 mag= -0.0009
3.6 DAV: 8 0.486136355673E+02 -0.35626E+01 -0.34687E+00 890 0.236E+01 0.522E+00 DAV: 9 0.469129254896E+02 -0.17007E+01 -0.18613E+00 940 0.131E+01 0.343E+00 DAV: 10 0.461778722637E+02 -0.73505E+00 -0.13600E+00 876 0.131E+01 0.144E+00 DAV: 11 0.462037274218E+02 0.25855E-01 -0.10867E-01 882 0.402E+00 0.832E-01 DAV: 12 0.461914507126E+02 -0.12277E-01 -0.69380E-02 829 0.287E+00 0.323E-01 DAV: 13 0.461915837635E+02 0.13305E-03 -0.55215E-03 1206 0.675E-01 0.121E-01 DAV: 14 0.461917513859E+02 0.16762E-03 -0.15565E-03 1084 0.526E-01 0.796E-02 DAV: 15 0.461913353655E+02 -0.41602E-03 -0.36541E-04 788 0.163E-01 0.584E-02 DAV: 16 0.461912802755E+02 -0.55090E-04 -0.28427E-04 663 0.170E-01 1 F= 0.46191280E+02 E0= 0.46191280E+02 d E =0.000000E+00 mag= 0.0122
3.7 DAV: 21 0.345758323297E+02 -0.93737E-03 -0.94467E-04 929 0.306E-01 0.402E-01 DAV: 22 0.345795760961E+02 0.37438E-02 -0.48287E-03 922 0.658E-01 0.264E-01 DAV: 23 0.345802496016E+02 0.67351E-03 -0.12725E-03 968 0.325E-01 0.202E-01 DAV: 24 0.345826284269E+02 0.23788E-02 -0.54723E-04 796 0.218E-01 0.161E-01 DAV: 25 0.345871012547E+02 0.44728E-02 -0.30116E-03 938 0.545E-01 0.130E-01 DAV: 26 0.345872092251E+02 0.10797E-03 -0.30063E-04 728 0.187E-01 0.972E-02 DAV: 27 0.345858613196E+02 -0.13479E-02 -0.55383E-04 816 0.274E-01 0.609E-02 DAV: 28 0.345862324715E+02 0.37115E-03 -0.52166E-04 748 0.350E-01 0.271E-02 DAV: 29 0.345861649687E+02 -0.67503E-04 -0.13802E-05 395 0.461E-02 1 F= 0.34586165E+02 E0= 0.34586165E+02 d E =0.000000E+00 mag= 0.42683.8 DAV: 7 0.279114265739E+02 -0.16376E+01 -0.56337E+00 1022 0.204E+01 0.665E+00 DAV: 8 0.254025058027E+02 -0.25089E+01 -0.34546E+00 870 0.240E+01 0.374E+00 DAV: 9 0.248851128671E+02 -0.51739E+00 -0.47666E-01 992 0.551E+00 0.273E+00 DAV: 10 0.244305976128E+02 -0.45452E+00 -0.56551E-01 893 0.739E+00 0.128E+00 DAV: 11 0.243774407325E+02 -0.53157E-01 -0.99253E-02 1009 0.289E+00 0.572E-01 DAV: 12 0.243763728670E+02 -0.10679E-02 -0.99008E-03 878 0.101E+00 0.177E-01 DAV: 13 0.243764253820E+02 0.52515E-04 -0.16325E-03 1012 0.268E-01 0.420E-02 DAV: 14 0.243762900673E+02 -0.13531E-03 -0.12378E-04 502 0.108E-01 0.291E-02 DAV: 15 0.243762466643E+02 -0.43403E-04 -0.59665E-05 425 0.931E-02 1 F= 0.24376247E+02 E0= 0.24376247E+02 d E =0.000000E+00 mag= 0.00023.9 DAV: 6 0.186939152777E+02 -0.20100E+00 -0.56562E+00 1138 0.238E+01 0.105E+01 DAV: 7 0.175924468941E+02 -0.11015E+01 -0.48486E+00 1076 0.181E+01 0.604E+00 DAV: 8 0.159033008957E+02 -0.16891E+01 -0.34831E+00 842 0.257E+01 0.342E+00 DAV: 9 0.157252883319E+02 -0.17801E+00 -0.39195E-01 1270 0.648E+00 0.242E+00 DAV: 10 0.153946901067E+02 -0.33060E+00 -0.28033E-01 986 0.450E+00 0.127E+00 DAV: 11 0.153219436031E+02 -0.72747E-01 -0.12657E-01 974 0.338E+00 0.493E-01 DAV: 12 0.153217217700E+02 -0.22183E-03 -0.12968E-02 1019 0.155E+00 0.230E-01 DAV: 13 0.153228266672E+02 0.11049E-02 -0.25340E-03 1071 0.660E-01 0.796E-02 DAV: 14 0.153229062451E+02 0.79578E-04 -0.32392E-04 758 0.153E-01 1 F= 0.15322906E+02 E0= 0.15322906E+02 d E =0.000000E+00 mag= 0.00034.0 DAV: 6 0.931139208363E+01 0.56404E+00 -0.56782E+00 1180 0.241E+01 0.957E+00 DAV: 7 0.878331383251E+01 -0.52808E+00 -0.41165E+00 1150 0.170E+01 0.519E+00 DAV: 8 0.775427396386E+01 -0.10290E+01 -0.20414E+00 854 0.190E+01 0.279E+00 DAV: 9 0.755153875548E+01 -0.20274E+00 -0.26699E-01 1247 0.457E+00 0.199E+00 DAV: 10 0.734397362079E+01 -0.20757E+00 -0.13448E-01 918 0.347E+00 0.112E+00 DAV: 11 0.728475733198E+01 -0.59216E-01 -0.81750E-02 1000 0.288E+00 0.398E-01 DAV: 12 0.728444227142E+01 -0.31506E-03 -0.36268E-03 925 0.636E-01 0.201E-01 DAV: 13 0.728455095831E+01 0.10869E-03 -0.14001E-03 1122 0.340E-01 0.352E-02 DAV: 14 0.728458422560E+01 0.33267E-04 -0.81814E-05 452 0.917E-02 1 F= 0.72845842E+01 E0= 0.72845842E+01 d E =0.000000E+00 mag= -0.00014.1 DAV: 5 0.167530005868E+00 -0.14240E-01 -0.14230E-01 988 0.256E+00 0.177E+01 DAV: 6 0.125671077861E+01 0.10892E+01 -0.57949E+00 1187 0.243E+01 0.874E+00 DAV: 7 0.11036......................................................
请问这是怎么回事啊？非常感谢！

引用回帖:

Originally posted by zhang_jaj at 2010-12-08 10:36:06:

把引号改成··，就是tab键上的那个键，试试吧

7楼2010-12-08 11:05:12

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zhang_jaj

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bluegirlll(金币+1): 2010-12-10 09:07:08

引用回帖:

Originally posted by bluegirlll at 2010-12-08 11:05:12:
我已经按您说的改了，可是出来这样的结果，它去了OSIZCAR文件中的好多数据
SUMMARY.fcc内容如下：

3.5 DAV: 9 0.616371635786E+02 -0.21638E+01 -0.36614E+00 887 0.211E+01 0.379E+00 DAV: 10 0.59883927016 ...

看你这个好像把OSZICAR文件里的所有数据都读取了，tail -1 OSZICAR是让取最后一行的呀，你为什么不试试用OUTCAR里的数据，侯老师的资料你有
E=·grep 'TOTEN' OUTCAR | tail -1 awk '{printf "%12.6f \n" , $5 }'·
注意最外层的引号是那个tab上的键，还有你开始的输出错误，不会是因为把tail -1打成tail -l了吧。。

8楼2010-12-08 13:28:00

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你好，我看了，并且按照他做的，可是怎么出不来结果呢，编辑脚本有没有需要注意的，另外那个如果有两个元素的材料就要进行复杂的优化吗？还有他的那个脚本为什么要删除rm WAVECAR。请高人指点

引用回帖:

Originally posted by first_yg at 2010-12-07 09:51:38:
侯博士的中文说明里就有，你可以查查看

9楼2010-12-08 16:21:11

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您好，真是非常感谢，结果已经出来了。可是总能怎么出来正负不一直的结果呢，这个肯定是错误的吧？您帮我看一下吧，谢谢
13.7200 0 24.376247 0
14.8300 0 15.322906 0
16.0000 0 7.284584 0
17.2300 0 0.133717 0
18.5200 0 -6.083034 0
19.8800 0 -11.386774 0
21.3000 0 -15.823056 0
22.7800 0 -19.469415 0
24.3300 0 -22.411644 0
25.9600 0 -24.743574 0
27.6500 0 -26.549735 0
29.4100 0 -27.985790 0
前边的值是原胞体积，后边是能量

引用回帖:

Originally posted by zhang_jaj at 2010-12-08 16:49:21:

我也是个菜鸟，对优化不清楚，但是计算好像都得优化啊。还有那个rm WAVECAR一般是要有的，如果你的计算目录下没有WAVECAR时，你也可以不要这个命令行。如果有wavecar时，istart=0将是无效的（好像是，你看看手册 ...

11楼2010-12-10 09:15:16

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zhang_jaj

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Originally posted by bluegirlll at 2010-12-10 09:15:16:
您好，真是非常感谢，结果已经出来了。可是总能怎么出来正负不一直的结果呢，这个肯定是错误的吧？您帮我看一下吧，谢谢
13.7200 0 24.376247 0
14.8300 0 15.322906 0
16.0000 0 7.284584 0
17.2300 0 0.133 ...

你好，我真的很想帮你，但我也不太清楚，我记得手册还是论坛的帖子里，有提过关于能量锯齿状的原因及解决办法，这是关于vasp计算的经验方面的，我接触才不久，所以帮不了你，希望你早点解决也给我说下，让我学习下

。

12楼2010-12-10 10:33:09

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zhang_jaj

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sunyang1988(金币+1):谢谢交流 2010-12-10 11:06:17

引用回帖:

还有，你的能量值应该到后面得都是负的吧，如果这样的话我觉得后面得应该是正确的吧，但我也想不通为什么前面几个参数出来的是正值，难道急trail太差了，但是这又为什么能收敛呢？奇怪了。你的结果应该不是锯齿状的吧。
期待高手来解决

13楼2010-12-10 10:40:47

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leo肖

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gzqdyouxia(金币+1):谢谢交流 2010-12-10 12:39:08

我也用的是 E='tail -1 OSZICAR'

读出的是最后一个数据，用的是tab上面的单引号，你再试试吧，祝你好运

14楼2010-12-10 12:08:09

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gzqdyouxia(金币+1):谢谢交流 2010-12-10 16:31:01

你算的是什么物质？看你的script好像有两类原子？是不是你的情况比较复杂所以含有多个参数？

我也是刚开始学，多个参数的那个（侯柱峰6.2.2）我也还没看懂。

15楼2010-12-10 15:37:35

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bluegirlll

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是那个a的值太小了，就出现正值了，这是为什么呢？我后来往后取值就都是负的能量值了。我现在对k点优化，为什么k点要取奇数呢，取偶数可以吗？我取奇数画出一个这样的图，k点数和能量值的
数据是这样的，觉得不对
5  10  -31.092686
7  20  -30.859865
9  35  -31.087415
11 56  -31.088405
13 84  -31.087389
15 120 -31.087021
第一列式k点的值，第三列是能量值请高手指点

引用回帖:

Originally posted by zhang_jaj at 2010-12-10 10:40:47:

还有，你的能量值应该到后面得都是负的吧，如果这样的话我觉得后面得应该是正确的吧，但我也想不通为什么前面几个参数出来的是正值，难道急trail太差了，但是这又为什么能收敛呢？奇怪了。你的结果应该不是锯齿 ...

16楼2010-12-10 21:26:21

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zhang_jaj

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Originally posted by bluegirlll at 2010-12-10 21:26:21:
是那个a的值太小了，就出现正值了，这是为什么呢？我后来往后取值就都是负的能量值了。我现在对k点优化，为什么k点要取奇数呢，取偶数可以吗？我取奇数画出一个这样的图，k点数和能量值的
数据是这样的，觉得不对 ...

确实a太小的话会出现反常的结果，因为说DFT是考虑的局域作用，太小的话，DFT会做出错误的判断，还有我看你的能量变化是个下抛物线，确实感觉不太对劲，不知道原因，k点去级还是偶看看DFT（density function theory）那本书里有点解释。搜搜论坛应该有，汗啊，帮不了你

17楼2010-12-10 21:45:22

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zhang_jaj

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引用回帖:

我刚查了下，这种能量的变化趋势也是有可能得，帮你找到了那本书
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1610162
这里的3.1.3里有讲。