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汕头大学海洋科学接受调剂
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wzh上善若水

木虫 (著名写手)

[交流] 【求助】vasp优化晶格参数a 已有8人参与

vasp优化晶格参数a，侯柱峰教程中：
准备好一个poscar文件，得到Volume-Etotal的数据，运行脚本程序
#!/bin/sh
rm WAVECAR
for i in 3.80 3.85 3.90 3.95 4.00 4.05 4.10 4.15 4.20 4.25 4.30
do
cat > POSCAR < Al-fcc
$i
0.0 0.5 0.5
0.5 0.0 0.5
0.5 0.5 0.0
1
Direct
0.0 0.0 0.0
!
echo / a = $i angstrom /; time vasp
E=‘grep /TOTEN0 OUTCAR | tail -1 | awk -{printf /%12.6f \n0, $5 }.‘
V=‘grep /volume0 OUTCAR | tail -1 | awk -{printf /%12.4f \n0 , $5}.‘
echo $V $E >>EtVo.dat
done
小弟菜鸟，请问如何运行脚本
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知 止 而 后 有 定 ； 定 而 后 能 靜 ； 靜 而 后 能 安 ； 安 而 后 能 慮 ； 慮 而 后 能 得
1楼 2010-10-21 16:46:17
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joyent
bingmou:对新手多点耐心 2010-10-21 19:44:33
2楼2010-10-21 16:55:55
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1003307944

银虫 (小有名气)
★
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bingmou:什么意思？ 2010-10-21 19:44:43
除非你一个人用超算计算机
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3楼2010-10-21 17:03:47
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)

老和山猥琐派九段

优秀版主
★ ★
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bingmou(金币+1):感谢交流 2010-10-21 19:44:07
先学习一下linux的的基本操作。运行脚本,首先要保证脚本有执行权限
$chmod 777 filename
$./filename
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4楼2010-10-21 17:06:50
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1003307944

银虫 (小有名气)
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zzy870720z(金币+1):谢谢指教 2010-10-22 08:22:05
你这个脚本执行的时候可能会算，但是有多人提交任务的时候，你的任务会被停止，，还不如把这个脚本中对参量的改变，采用手动的方式，算完一个，再变动下。。
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5楼2010-10-21 21:09:14
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xiaowu787

木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
还有两个问题
V=‘grep /volume0 OUTCAR | tail -1 | awk -{printf /%12.4f \n0 , $5}.‘
运行脚本后，这个命令没有得到预期结果，不知道那里出错？
grep "TOTEN" OUTCAR |tail -1|awk '{printf "%12.6f   ",$5}'
可以正常运行并得到结果，只是没有“V=”

time的意义在这里是什么？
期待高手指点一下

[ Last edited by xiaowu787 on 2010-10-25 at 12:41 ]
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6楼2010-10-25 12:36:31
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bingmou

金虫 (著名写手)
★ ★
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ym23(金币+1):感谢回答 2010-10-25 21:05:58
你要注意V=`后面的引号是反引号`,也就是键盘上1左边的纳和键，而不是单引号’。
同样最后的‘也是反引号`

time是用来看这个计算要花多少时间，属于让自己多点耐心的设置
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7楼2010-10-25 15:15:40
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fanchen021

铁杆木虫 (正式写手)
★ ★
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zzy870720z(金币+1):谢谢建议 2010-10-26 19:38:10
直接建10个文件夹，分开算
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8楼2010-10-25 17:02:29
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xiaowu787

木虫 (正式写手)
★
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引用回帖:
Originally posted by bingmou at 2010-10-25 15:15:40:
你要注意V=`后面的引号是反引号`,也就是键盘上1左边的纳和键，而不是单引号’。
同样最后的‘也是反引号`

time是用来看这个计算要花多少时间，属于让自己多点耐心的设置

谢谢您的解答：
试着做这个例子时，发现LDA和GGA的差别很大，下图是一篇文献上用VASP-GGA-PW91算的fcc（最下面的那根红线）的结果，经过单位23.06换算后，我用GGA-PW91算的结果在85Kcal/mol，差别怎么这么大？请版主帮忙分析一下原因。谢谢！

LDA-的计算结果
3.80 13.720000 -4.071701
3.85 14.270000 -4.117942
3.90 14.830000 -4.147312
3.95 15.410000 -4.162867
4.00 16.000000 -4.165279
4.05 16.610000 -4.156421
4.10 17.230000 -4.137987
4.15 17.870000 -4.111258
4.20 18.520000 -4.077605
4.25 19.190000 -4.038274
4.30 19.880000 -3.993437

GGA-的计算结果
a= 3.80    -3.533891      13.720000
a= 3.85    -3.598180      14.270000
a= 3.90    -3.644692      14.830000
a= 3.95    -3.675400      15.410000
a= 4.00    -3.692204      16.000000
a= 4.05    -3.696934      16.610000
a= 4.10    -3.691228      17.230000
a= 4.15    -3.676476      17.870000
a= 4.20    -3.653888      18.520000
a= 4.25    -3.624569      19.190000
a= 4.30    -3.589560      19.880000



[ Last edited by xiaowu787 on 2010-10-25 at 17:25 ]
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9楼2010-10-25 17:22:41
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bingmou

金虫 (著名写手)
★ ★
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ym23(金币+1):说的对 2010-10-25 21:06:18
在DFT计算中，能量的绝对值没有太多意义，只有相对值有意义
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10楼2010-10-25 19:18:07
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