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magiczerg金虫 (小有名气)
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[交流]
【求助】侯老师的vasp入门的晶格优化部分没看懂，问一下
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复杂的情况,以六角结构Mg的晶格常数为例 1.先进行一次体积保持不变的粒子驰豫的计算（ISIF=5） 2再把优化得到的CONTCAR拷贝成POSCAR，进行一次静态的计算 3对a的值取10个左右的点，每个点重复上面两步，得到静态计算下volume-Etot的关系。 这三部的脚步可以通过以下脚步run_cell来进行，内容如下： #!/bin/sh rm WAVECAR for i in 5.20 5.23 5.26 5.29 5.32 5.35 5.38 5.41 5.44 5.47 do cat > POSCAR << ! ureadopef $i 0 -1 0 0.8660254 0.5 0 0 0 1.6230530 2 Direct 0.666666667 0.333333333 0.75 0.333333333 0.666666667 0.25 ! cp INCAR.relax INCAR echo "a=$i angestrom"; mpiexec -np 8 vasp cp CONTCAR POSCAR cp INCAR.static INCAR echo "a= $i angstrom ";mpiexec -np 8 vasp E=`grep "TOTEN" OUTCAR | tail -1 | awk '{printf "%12.6f \n", $5}'` V=`grep "volume" OUTCAR | tail -1 | awk '{printf "%12.4f \n", $5}'` echo $V $E >>EtVo.dat done 4.采用状态方程拟合得到的平衡态下的体积，体弹性模量。 5.在该体积下，重复上面第2步和第3步，得到平衡状态下的其他晶胞参数。这一步也就是：在的到了E(V)曲线后，通过状态方程拟合得到平衡状态下的体积，计算出上面脚本中变量$i的值（弱弱的问一句，晶胞形状都改变了，怎么算a的值啊？就算还是按六角结构来算，a和c的关系不知道，怎么算啊，还是按照初始时a/c的比值来算吗？ （$i 0 -1 0 0.8660254 0.5 0 0 0 1.6230530）） 并改变$i的循环值，再运行run_cell计算一次，得到其他的结构参数c和位置u。 （弱弱的再问：改变$i的循环值不还是在算a吗？算a和算c有什么区别吗？另外算位置u是不是固定晶胞形状和体积只改变原子位置就行了，改一下INCAR就可以了，没必要在运行runcell了吧？） [ Last edited by magiczerg on 2010-8-14 at 20:19 ] |
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magiczerg(金币+2):谢谢交流 2010-08-14 21:38:20
zzy870720z(金币+2):谢谢指教 2010-08-14 21:40:24
magiczerg(金币+1):侯老师的教程里：“改变原胞的形状，也就是调整原胞中的c/a和b/a的值”，你这里是如何保持保持c/a不变的啊？ 2010-08-14 21:45:16
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magiczerg(金币+1):侯老师的教程里：“改变原胞的形状，也就是调整原胞中的c/a和b/a的值”，你这里是如何保持保持c/a不变的啊？ 2010-08-14 21:45:16
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通过设定V不变,驰豫原子位置及形状(c/a)->平衡位置 在做$i循环时,固定住c/a,(平衡位置的基矢是保持不变) 此时i循环,->改变V(c,a相应改变,但c/a不变),->TOTEN 拟合E-V曲线, 找到E最小时的V,->确定c,a(平衡位置晶格参数) |
2楼2010-08-14 20:49:35
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能不能更详细一点啊。 随便举个例子假如是一个四方晶系，未优化前a=b=5A c=4A POSCAR为 example 1 5 0 0 0 5 0 0 0 4 2 Direct 0 0 0 0.25 0.5 0.5 1.经过优化后，根据E-V曲线，发现V=110(A**3)能量最低。那此时V0=110（A**3) 2.在V0下改变$i,如何写POSCAR才能保证体积是V0啊？runcell中写POSCAR这一段如何实现啊？$i的范围是怎么确定的,能不能以此为例说明一下啊，谢谢 [ Last edited by magiczerg on 2010-8-15 at 08:26 ] |
4楼2010-08-15 08:24:43
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valenhou001您好,首先谢谢您的帮助，我按您所说的，计算了H2O的频率，而我的目的是计算零点能校正。 （1）图中这9个频率应该都算是振动频率吧，对于单个分子计算的话，为什么会出现f/i呢，而且还这么大？怎么把它消除呢？ （2）还有一个问题就是我要做零点能校正的话，按E=1/2hv公式，把所有频率的能量相加，大约就是0.7eV，按理说，零点能校正的话，不会是这么大的值，也就是0.02eV，是不是这中计算方法有误呢？ （3）我如果要对气态分子吸附态进行零点能校正的话，比如H2O在Cu上的吸附，要计算频率，我是不是应该把H2O和Cu的第一层原子弛豫，把所有的频率的能量相加，就算是零点能呢？是不是应该把Cu原子弛豫的频率去掉，只加H2O的频率呢，但是那样的话，我根本就不能从所有的频率中区分H2O和Cu的频率啊？ 最近甚是苦恼啊，还望您能指点迷津，期待您的回复，在此，万分感谢。。。  3.3.jpg |
15楼2014-01-01 21:02:31
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wuli8
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