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magiczerg

金虫 (小有名气)

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[交流] 【求助】侯老师的vasp入门的晶格优化部分没看懂，问一下

复杂的情况,以六角结构Mg的晶格常数为例
1.先进行一次体积保持不变的粒子驰豫的计算（ISIF=5）
2再把优化得到的CONTCAR拷贝成POSCAR，进行一次静态的计算
3对a的值取10个左右的点，每个点重复上面两步，得到静态计算下volume-Etot的关系。
这三部的脚步可以通过以下脚步run_cell来进行，内容如下：
#!/bin/sh
rm WAVECAR
for i in 5.20  5.23  5.26  5.29 5.32 5.35 5.38  5.41 5.44  5.47
do
cat > POSCAR << !
ureadopef
$i
0                   -1             0
0.8660254       0.5             0
0                   0             1.6230530
2
Direct
0.666666667  0.333333333 0.75
0.333333333  0.666666667 0.25
!
cp INCAR.relax INCAR
echo "a=$i angestrom"; mpiexec -np 8 vasp
cp CONTCAR POSCAR
cp INCAR.static INCAR
echo "a= $i angstrom ";mpiexec -np 8 vasp
E=`grep "TOTEN" OUTCAR | tail -1 | awk '{printf  "%12.6f \n", $5}'`
V=`grep "volume" OUTCAR | tail -1 | awk '{printf "%12.4f \n", $5}'`
echo $V $E >>EtVo.dat
done
4.采用状态方程拟合得到的平衡态下的体积，体弹性模量。
5.在该体积下，重复上面第2步和第3步，得到平衡状态下的其他晶胞参数。这一步也就是：在的到了E(V)曲线后，通过状态方程拟合得到平衡状态下的体积，计算出上面脚本中变量$i的值（弱弱的问一句，晶胞形状都改变了，怎么算a的值啊？就算还是按六角结构来算，a和c的关系不知道，怎么算啊，还是按照初始时a/c的比值来算吗？
（$i
0                   -1             0
0.8660254       0.5             0
0                   0             1.6230530））
并改变$i的循环值，再运行run_cell计算一次，得到其他的结构参数c和位置u。
（弱弱的再问：改变$i的循环值不还是在算a吗？算a和算c有什么区别吗？另外算位置u是不是固定晶胞形状和体积只改变原子位置就行了，改一下INCAR就可以了，没必要在运行runcell了吧？）

[ Last edited by magiczerg on 2010-8-14 at 20:19 ]

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1楼 2010-08-14 20:14:33

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valenhou001

至尊木虫 (职业作家)

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qasd(金币+2):谢谢 2010-08-16 19:51:27
magiczerg(金币+10):谢谢参与，我算的系统分子比较大。用ISIF=3不太合适。我只想确认一下a的值是不是取平衡体积下对应的$i啊？然后用平衡体积和啊算出c值？不知道我的理解对不？ 2010-08-17 08:56:47

引用回帖:

Originally posted by magiczerg at 2010-08-14 20:14:33:
复杂的情况,以六角结构Mg的晶格常数为例
1.先进行一次体积保持不变的粒子驰豫的计算（ISIF=5）
2再把优化得到的CONTCAR拷贝成POSCAR，进行一次静态的计算
3对a的值取10个左右的点，每个点重复上面两步，得到静 ...

弄这个run_cell的东西，主要是为了得到E-V曲线，然后通过状态方程拟合得到平衡体积和体弹性模量。如果你只想得到平衡体积以及相应的晶格常数和原子位置，直接ISIF=3做fully optimization就可以了。

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7楼2010-08-16 18:11:45

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valenhou001

至尊木虫 (职业作家)

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小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖

引用回帖:

13楼: Originally posted by 刘小伟110 at 2013-12-26 23:22:21
valenhou001您好，我是个vasp新手，想问一下，我想计算单独气态分子的振动频率，我该怎么设置INCAR 呢，而且好像频率有很多，怎么找到振动频率呢...

vasp只能算振动频率，其他的比如平动和转动频率不能计算。

计算频率的方法有两种，一种是直接的，基于finite dispacement，另外一种是基于密度泛函微扰论(或线性响应的方法)。
对于第一种很简单。看一下手册的这里就可以：http://cms.mpi.univie.ac.at/vasp/vasp/IBRION_5_IBRION_6.html

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14楼2013-12-27 09:36:02

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