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gleerat

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[交流] 【求助成功】晶格优化中，murn.f的使用方法

在晶格参数优化中，拟合Murn状态方程需要用到murn.f编译生成的可执行文件，使用的输入文件为inp.m，其内容和格式为：

引用回帖:

2
0.25
6.00 7.45 50
8
6.0849 -.62120891E+01
6.2739 -.64553428E+01
6.4629 -.65246916E+01
6.6518 -.64694519E+01
6.8408 -.63284020E+01
7.0298 -.61271095E+01
7.2188 -.58843994E+01
7.4077 -.56183090E+01
-----------------------------------------

第二行是原胞与晶胞的的体积之比。
这里的晶胞是否就是在优化过程中使用的POSCAR所构建的晶胞，即如果使用原胞构建POSCAR的话，这里的比值就应该是1？

对于VASP来说，使用惯用晶胞优化得出的数据再次构建原胞而进行计算的话，对计算有什么影响么？也就是说使用原胞还是使用惯用晶胞优化对结果有无影响？

在静态自洽计算中使用的kmesh的大小与非自洽中的密集kmesh的大小有什么关系，也就是说满足条件的非自洽计算的kmesh至少要比静态计算的kmesh大多少？

[ Last edited by gleerat on 2010-11-13 at 13:01 ]

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1楼 2010-08-24 17:45:36

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zzy870720z(金币+1):谢谢提示 2010-08-25 18:44:45
gleerat(金币+5): 2010-11-13 13:00:35

自我推荐下
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2056902

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2楼2010-08-24 20:40:09

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Originally posted by 锐利的碎片 at 2010-08-24 20:40:09:
自我推荐下
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2056902

谢谢。
我还想知道另外的两个问题的答案，望不吝赐教。

我试着使用了一下eos，它是否不支持以埃和电子伏特为单位？

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明察、慎思、笃行

3楼2010-08-25 18:07:23

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★
zzy870720z(金币+1):谢谢补充 2010-08-25 18:45:01
gleerat(金币+5): 2010-11-13 13:00:42

只拟合参数的话，两个单位统一就行了，要算别的就要统一成原子单位。
另外注意下最后列数据的时候列的是体积不是晶格参数。

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4楼2010-08-25 18:18:46

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引用回帖:

Originally posted by 锐利的碎片 at 2010-08-25 18:18:46:
只拟合参数的话，两个单位统一就行了，要算别的就要统一成原子单位。
另外注意下最后列数据的时候列的是体积不是晶格参数。

这是输入文件：

引用回帖:

CaFe2As afm-opt
20
2
11.654 11.674 50
11
349.7400 -138.628584
349.8000 -138.625185
349.8600 -138.621861
349.9200 -138.618444
349.9800 -138.615030
350.0400 -138.611600
350.1000 -138.608153
350.1600 -138.604723
350.2200 -138.601295
350.2800 -138.597855
350.3400 -138.594417

这是输出文件EVPAI.OUT：

引用回帖:

  0.58272000000000002    -7.7674340427867836
  0.58274000000000004    -7.7674332047055623
  0.58276000000000006    -7.7674323666222618
  0.58277999999999996    -7.7674315285369193
  0.58279999999999998    -7.7674306904495172
  0.58282000000000000    -7.7674298523600553
  0.58284000000000002    -7.7674290142685329
  0.58285999999999993    -7.7674281761749517
  0.58288000000000006    -7.7674273380793109
  0.58289999999999997    -7.7674264999816112
  0.58291999999999999    -7.7674256618818518
  0.58294000000000001    -7.7674248237800345
  0.58296000000000003    -7.7674239856761584
  0.58297999999999994    -7.7674231475702236
  0.58299999999999996    -7.7674223094622512
  0.58301999999999998    -7.7674214713522005
  0.58304000000000000    -7.7674206332400928
  0.58305999999999991    -7.7674197951259272
  0.58308000000000004    -7.7674189570097045
  0.58309999999999995    -7.7674181188914249
  0.58311999999999997    -7.7674172807710882
  0.58313999999999999    -7.7674164426486954
  0.58316000000000001    -7.7674156045242464
  0.58317999999999992    -7.7674147663977209
  0.58319999999999994    -7.7674139282691597
  0.58322000000000007    -7.7674130901385423
  0.58323999999999998    -7.7674122520058502
  0.58326000000000000    -7.7674114138711214
  0.58328000000000002    -7.7674105757343188
  0.58330000000000004    -7.7674097375954609
  0.58331999999999995    -7.7674088994545487
  0.58333999999999997    -7.7674080613115821
  0.58335999999999999    -7.7674072231665612
  0.58338000000000001    -7.7674063850194859
  0.58339999999999992    -7.7674055468703376
  0.58342000000000005    -7.7674047087191358
  0.58343999999999996    -7.7674038705659001
  0.58345999999999998    -7.7674030324105914
  0.58348000000000000    -7.7674021942532301
  0.58350000000000002    -7.7674013560937958
  0.58351999999999993    -7.7674005179323293
  0.58353999999999995    -7.7673996797687899
  0.58355999999999997    -7.7673988416031996
  0.58357999999999999    -7.7673980034355568
  0.58359999999999990    -7.7673971652658427
  0.58362000000000003    -7.7673963270940964
  0.58363999999999994    -7.7673954889202799
  0.58365999999999996    -7.7673946507444116
  0.58367999999999998    -7.7673938125664934
  0.58370000000000000    -7.7673929743865040

这是输出文件EVPAP.OUT：

引用回帖:

17.487000000000002    -6.9314291999999993
17.490000000000002    -6.9312592499999992
17.493000000000002    -6.9310930499999994
17.496000000000002    -6.9309222000000004
17.499000000000002    -6.9307514999999995
17.502000000000002    -6.9305800000000009
17.505000000000003    -6.9304076499999994
17.508000000000003    -6.9302361500000007
17.511000000000003    -6.9300647499999997
17.513999999999999    -6.9298927500000005
17.516999999999999    -6.9297208499999998

我的问题是：如何从EVPAI.out中得到优化结果的晶格参数？

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5楼2010-08-25 20:19:16

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gleerat(金币+5): 2010-11-13 13:01:26

引用回帖:

Originally posted by gleerat at 2010-08-25 20:19:16:

这是输入文件：
这是输出文件EVPAI.OUT：
这是输出文件EVPAP.OUT：
我的问题是：如何从EVPAI.out中得到优化结果的晶格参数？

最低点体积在param.out里面

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6楼2010-08-25 20:25:30

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引用回帖:

Originally posted by 锐利的碎片 at 2010-08-25 20:25:30:

最低点体积在param.out里面

在候柱峰的《入门指南》中说道：

引用回帖:

采用状态方程拟合得到平衡状态下的体积、体弹模量。
在该体积下，重复上面第二步和第三步，得到平衡状态下的其他的晶胞参数。这一步也就是：在得到了E(V)曲线以后，通过状态方程拟合得到平衡状态下的体积，计算出上面脚本中变量$i的值，并改变$i的循环值，再运行runcell计算一次，得到其他的结构参数c和位置u。

1、这里说到“计算出上面脚本中变量$i的值”，因为极有可能平衡体积不是计算中给定的$i值对应的体积，而晶胞形状也改变了，那么如何计算平衡状态下的$i值？
2、“改变$i的循环值”，是说“原来优化的是a，现在改为优化b”这个意思么？
3、在EVPAI.OUT和EVPAP.OUT中两列数据是对应着么？怎么同样是能量，在EVPAP.OUT第一列数据（能量）明显要比EVPAI.OUT中的（能量）大的很多，而且EVPAI.OUT的两列数据（能量和体积）明显不在EVPAP.OUT范围内？在PARAM.OUT中出现的平衡体积也不在EVPAI.OUT中出现？

引用回帖:

CaFe2As2

Murnaghan EOS
Murnaghan F D, Am. J. Math. 49, p235 (1937)

(Default units are atomic: Hartree, Bohr etc.)

V0             =          0.8581027941E-05
E0             =          -155.8020874
B0             =          0.3000079390E-02
B0'             =          0.1000005891E-04

B0 (GPa)       =          88.26536818

[ Last edited by gleerat on 2010-8-25 at 21:58 ]

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7楼2010-08-25 21:54:27

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引用回帖:

Originally posted by 锐利的碎片 at 2010-08-25 20:25:30:

最低点体积在param.out里面

我用Murn拟合的结果：

引用回帖:

FIT BY MURNAGHAN EQUATION EQUATION OF STATE
-------------------------------------------------------------------------------

ITER ALATT0 VOL0 (ULA**3)  B0 (MBAR)    B0PRIME    E0 (EV) SUM OF SQUARES
                                                                        IERR

20  11.6070 390.93557    44.22016 236.91881 -138.68376    0.00000
                                                                           10
40  11.6049 390.71578    51.35014 279.16539 -138.69018    0.00000
                                                                           10
60  11.6074 390.96808    54.84225 298.57001 -138.68727    0.00000
                                                                           10
80  11.6097 391.20231    57.16045 311.12902 -138.68418    0.00000
                                                                           10
  100  11.6115 391.38848    60.24171 328.23583 -138.68202    0.00000
                                                                           10
  120  11.6140 391.63791    63.73295 347.38332 -138.67885    0.00000
                                                                           10
  140  11.6139 391.63337    63.96723 348.76331 -138.67898    0.00000
                                                                           1
  160  11.6154 391.78090    66.11759 360.53890 -138.67708    0.00000
                                                                           10
  180  11.6176 392.00145    70.13895 382.68500 -138.67434    0.00000
                                                                           10
  200  11.6195 392.19658    73.85296 403.11390 -138.67187    0.00000
                                                                           10
  220  11.6195 392.19099    74.58457 407.31816 -138.67209    0.00000
                                                                           1
  240  11.6219 392.43936    79.45171 433.91890 -138.66886    0.00000
                                                                           10
  260  11.6239 392.63890    85.90905 469.79775 -138.66655    0.00000
                                                                           10
  280  11.6258 392.83065    90.77614 496.44831 -138.66405    0.00000
                                                                           10
  300  11.6257 392.82255    90.96167 497.60759 -138.66420    0.00000
                                                                           1
  320  11.6281 393.06961    98.66533 539.95532 -138.66103    0.00000
                                                                           10
  340  11.6300 393.25841 105.75179 578.99435 -138.65864    0.00000
                                                                           10
  360  11.6312 393.38182 111.21954 609.14271 -138.65709    0.00000
                                                                           10
  380  11.6330 393.56618 120.91667 662.70032 -138.65482    0.00000
                                                                           10
  400  11.6344 393.70253 128.29361 703.35551 -138.65307    0.00000
                                                                           10
  420  11.6356 393.83222 136.90084 750.87243 -138.65145    0.00000
                                                                           10
  440  11.6370 393.97242 147.20622 807.70666 -138.64969    0.00000
                                                                           10
  460  11.6377 394.04404 153.29677 841.35978 -138.64880    0.00000
                                                                           10
  480  11.6377 394.04397 153.37512 841.79671 -138.64880    0.00000
                                                                           1
  500  11.6377 394.04407 153.37242 841.77987 -138.64880    0.00000
                                                                           1
  520  11.6377 394.04441 153.38161 841.82848 -138.64879    0.00000
                                                                           1
  540  11.6377 394.04446 153.41227 842.00057 -138.64879    0.00000
                                                                           1
  560  11.6377 394.04474 153.41587 842.01819 -138.64879    0.00000
                                                                           1
  580  11.6377 394.04466 153.42263 842.05719 -138.64879    0.00000
                                                                           1
  600  11.6380 394.07095 155.59950 854.05452 -138.64846    0.00000
                                                                           1
  620  11.6380 394.07058 155.62739 854.21573 -138.64846    0.00000
                                                                           0
  620  11.6380 394.07058 155.62739 854.21573 -138.64846    0.00000
                                                                           0
-------------------------------------------------------------------------------

   ALATT0 VOL0 (ULA**3)  B0 (MBAR)    B0PRIME    E0 (EV)    E0 (RY)

alat=  11.63799 b0=  155.6274 b0p= 854.216 E0=  -5.095122
   11.6380 394.07058 155.62739 854.21573 -138.64846 -10.19037
      6.1586
-------------------------------------------------------------------------------

      alat(A)       energy(Ryd)          alat(bohr)       ener gy(H)
-------------------------------------------------------------------------------

      6.16703       -10.1889123    11.65400       -5.0944562
      6.16725       -10.1888623    11.65441       -5.0944312
      6.16746       -10.1888121    11.65482       -5.0944061
      6.16768       -10.1887618    11.65522       -5.0943809
      6.16789       -10.1887115    11.65563       -5.0943557
      6.16811       -10.1886610    11.65604       -5.0943305
      6.16833       -10.1886104    11.65645       -5.0943052
      6.16854       -10.1885597    11.65686       -5.0942799
      6.16876       -10.1885090    11.65727       -5.0942545
      6.16897       -10.1884581    11.65767       -5.0942291
      6.16919       -10.1884073    11.65808       -5.0942036
      6.16941       -10.1883563    11.65849       -5.0941782
      6.16962       -10.1883053    11.65890       -5.0941527
      6.16984       -10.1882543    11.65931       -5.0941271
      6.17005       -10.1882032    11.65971       -5.0941016
      6.17027       -10.1881521    11.66012       -5.0940760
      6.17049       -10.1881009    11.66053       -5.0940504
      6.17070       -10.1880497    11.66094       -5.0940248
      6.17092       -10.1879985    11.66135       -5.0939992
      6.17113       -10.1879472    11.66176       -5.0939736
      6.17135       -10.1878959    11.66216       -5.0939479
      6.17157       -10.1878446    11.66257       -5.0939223
      6.17178       -10.1877932    11.66298       -5.0938966
      6.17200       -10.1877418    11.66339       -5.0938709
      6.17221       -10.1876904    11.66380       -5.0938452
      6.17243       -10.1876390    11.66420       -5.0938195
      6.17265       -10.1875876    11.66461       -5.0937938
      6.17286       -10.1875361    11.66502       -5.0937681
      6.17308       -10.1874847    11.66543       -5.0937423
      6.17329       -10.1874332    11.66584       -5.0937166
      6.17351       -10.1873817    11.66624       -5.0936909
      6.17373       -10.1873302    11.66665       -5.0936651
      6.17394       -10.1872787    11.66706       -5.0936393
      6.17416       -10.1872272    11.66747       -5.0936136
      6.17437       -10.1871756    11.66788       -5.0935878
      6.17459       -10.1871241    11.66829       -5.0935620
      6.17481       -10.1870725    11.66869       -5.0935363
      6.17502       -10.1870209    11.66910       -5.0935105
      6.17524       -10.1869694    11.66951       -5.0934847
      6.17545       -10.1869178    11.66992       -5.0934589
      6.17567       -10.1868662    11.67033       -5.0934331
      6.17589       -10.1868146    11.67073       -5.0934073
      6.17610       -10.1867630    11.67114       -5.0933815
      6.17632       -10.1867114    11.67155       -5.0933557
      6.17653       -10.1866598    11.67196       -5.0933299
      6.17675       -10.1866081    11.67237       -5.0933041
      6.17697       -10.1865565    11.67278       -5.0932782
      6.17718       -10.1865049    11.67318       -5.0932524
      6.17740       -10.1864532    11.67359       -5.0932266
      6.17761       -10.1864016    11.67400       -5.0932008

其中有

引用回帖:

   ALATT0 VOL0 (ULA**3)  B0 (MBAR)    B0PRIME    E0 (EV)    E0 (RY)

alat=  11.63799 b0=  155.6274 b0p= 854.216 E0=  -5.095122
   11.6380 394.07058 155.62739 854.21573 -138.64846 -10.19037
      6.1586

是不是说alat= 11.63799是我要的平衡状态下的晶胞参数a的结果？

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明察、慎思、笃行

8楼2010-08-25 22:43:16

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