| 查看: 4388 | 回复: 6 | ||||
[求助]
水分子建模方法
|
|
行外人求助，请问做分子模拟的朋友，给讲一下水分子建模的方法主要有几种，评一下优劣 [ Last edited by genghuahua on 2012-3-19 at 14:39 ] |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 我学习计算的一些帖子 | Modeling |
» 猜你喜欢
售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急
已经有3人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急
已经有3人回复
-
售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急
已经有3人回复
-
售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急
已经有3人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急
已经有3人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急
已经有4人回复
-
售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急
已经有3人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急
已经有4人回复
-
售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急
已经有4人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急
已经有5人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 关于3个水分子的粗粒化
已经有13人回复
- 求助：本人新手，想分段同源建模，不知道用什么软件和方法？
已经有11人回复
- 求助关于水分子优化后的键长键角
已经有3人回复
- 关于同源建模预测蛋白三维结构
已经有4人回复
- CASTEP建模方法：虚拟晶体近似(VCA)
已经有498人回复
- 求教给配位水分子加氢原子的方法！
已经有6人回复
- 【求助】求助Easy Modeller 的使用
已经有11人回复
- 【专家会诊】bay 讨论namd,gmx处理水溶液,蛋白等MD 模拟;讨论水及水通道
已经有50人回复
- 【分享】MS晶体建模基本方法（团簇模型）
已经有36人回复
- 【求助】也许是小问题，但就是搞不定，MS中如何选中相同分子，然后再把他们隐藏起来？
已经有11人回复
- 【原创】从头建模和从头计算
已经有11人回复
- 【讨论】如何利用gaussian来解释关于不同合成条件下得到的两种配合物（50金币）
已经有20人回复
- 【经验】用Modeller补全残基学习心得
已经有17人回复
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+5, 谢谢 2012-03-19 15:56:20
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+5, 谢谢 2012-03-19 15:56:20
|
赚金币了，哈哈哈哈 1、vmd 直接就可以添加水分子 2、packmol 由一个水分子的PDB文件，就可以生产你规定的个数，你想要的形状 3、还有你可以自己编写程序生成，毕竟水分子只有三个原子构成，拓扑简单。 前面两种方法，在论坛里搜索一下，会有好多好多的介绍。 还有不同的水分子模型的介绍，推荐看lammps的介绍，地址： http://lammps.sandia.gov/doc/Section_howto.html#howto_7 |
2楼2012-03-19 15:22:30
3楼2012-03-19 18:13:10
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
genghuahua: 金币+10, ★★★很有帮助 2012-03-19 18:51:32
jiaoyixiong: 金币+5, 赞！ 2012-03-20 08:29:32
感谢参与，应助指数 +1
genghuahua: 金币+10, ★★★很有帮助 2012-03-19 18:51:32
jiaoyixiong: 金币+5, 赞！ 2012-03-20 08:29:32
| “rigid model; flexible model; polarizable model 这是建模方法吗 还是point-charge electrostatic model ?”，这个准确说来应该是计算方法，分子模拟要把水分子的势能计算出来，这里面计算可以有几种方法，就是你提到的，rigid刚体模型（忽略键长和键角变化）只考略分子间力，而flexible model还要考略化学键的，计算会准确些不好计算量大耗时多。因为水分子是极性的，所以要考略部分电荷作用即point-charge electrostatic model ，不过我看到比较多的是简单电荷模型（simple point charge），至于你的体系适合用哪种模型，你可以参考相关的文献。建模这块，不知你用什么软件，一般都可以直接添加原子，或是先建立晶体模型再添加氢和氧原子。个人也是才接触分子模拟，不过发现很有意思，希望对你有所帮助吧。 |
4楼2012-03-19 18:23:56
5楼2012-03-19 18:50:31
6楼2014-09-03 11:27:26
gaoshan9202
新虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 22.3
- 散金: 30
- 帖子: 54
- 在线: 52.9小时
- 虫号: 3797858
- 注册: 2015-04-09
- 专业: 传热传质学
7楼2015-07-08 20:46:02
