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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 材料区 » 晶体 » 晶体解析 » 求教给配位水分子加氢原子的方法！
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xxjnl

金虫 (小有名气)

[求助] 求教给配位水分子加氢原子的方法！

请说点的详细点，谢谢！
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1楼2011-06-08 07:10:27
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hanwq744

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
drg1984(金币+1): 谢谢回帖交流！ 2011-06-08 08:35:17
xxjnl(金币+2): 2011-06-08 14:40:55
引用回帖:
Originally posted by xxjnl at 2011-06-08 07:10:27:
请说点的详细点，谢谢！

找Q峰加。看周围有没有合适角度的Q峰，如果没有说明加不上。有的话加上以后固定一下。氧氢距离0.85，氢氢距离1.44
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2楼2011-06-08 07:50:06
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xxjnl

金虫 (小有名气)
你的意思是配位水分子也可以不加H吗？
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3楼2011-06-08 09:14:28
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nanjiao_12

铁杆木虫 (著名写手)

Patience
从cif文件里面看出配位水和那个原子之间有氢键，然后通过指令加氢啊！xp界面，如果配位水是O2w吧，envi 3 O2w 找出来那个原子，然后sgen长出来,例如就是O1a吧，然后cent/x o2w o1a，之后会出现一个命名为X1a的原子，然后name为H2wa，link起来，file一下就可以存起来了。另外一个氢用同样的方法就可以了。Q峰也可以，但是氢键的方向有可能不太对，我有时候Q峰加氢就会出现这个问题。你可以先Q峰加一下，如果有错误的话，就可以试试指令加氢。鄙人能力有限，只能给你说这么多，希望能够对你有所帮助。
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坚持！
4楼2011-06-08 18:28:15
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xxjnl

金虫 (小有名气)
非常感谢nanjiao_12，你回答的太好了！我想问问游离的水分子该如何加H了，谢谢！
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5楼2011-06-08 18:49:06
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nanjiao_12

铁杆木虫 (著名写手)

Patience
引用回帖:
Originally posted by xxjnl at 2011-06-08 18:49:06:
非常感谢nanjiao_12，你回答的太好了！我想问问游离的水分子该如何加H了，谢谢！

同样的方法，不过如果对于骨架没有什么影响的话，不加氢也是可以的。
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坚持！
6楼2011-06-09 11:16:42
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wjyctu

铜虫 (初入文坛)
还请nanjiao_12仔细说明一下？file后面该怎么办呀？
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7楼2011-06-09 18:16:08
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