应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 求助：本人新手，想分段同源建模，不知道用什么软件和方法？
121/2返回列表12下一页
查看: 2847  |  回复: 11
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

scusmf

铁虫 (初入文坛)

[求助] 求助：本人新手，想分段同源建模，不知道用什么软件和方法？

想同源建模一个蛋白分子，有一级结构，在DS和SWISS-model上自动建模过，但是都只有部分残基被建模，现在想将序列分段开来建模，再最后连接在一起，即蛋白片段的在组装，不知道有没有高手做过这方面的工作，需要用什么软件，具体方法是什么？求高手指点一二，不胜感激！

[ Last edited by scusmf on 2012-3-1 at 16:44 ]
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

精华帖转载

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2012-02-27 17:01:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

郝明

新虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★
jiaoyixiong(金币+5): 鼓励多多交流，共同进步 2012-03-08 14:41:08
可以用PredictProtein  和Jpred 也可以用sybyl 中的 biopolymer模块  针对不同部分分别模建 我也是新手 希望对你有点帮助
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2012-03-08 14:35:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

scusmf

铁虫 (初入文坛)
有没有这方面的大神来帮帮忙啊，给点建议也行啊。
赞一下 回复此楼
2楼2012-03-06 16:11:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

scusmf

铁虫 (初入文坛)
谢谢你的回复，我想再问下，你说的这些软件在建模好了之后是不是自带将分段的模型拼接在一起的功能，可信度高吗，我这几天看了下文献，发现建模后的拼接过程好像很麻烦。
赞一下 回复此楼
4楼2012-03-09 09:32:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

aqiao

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
scusmf: 金币+2, ★有帮助 2012-03-20 14:48:31
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-03-20 16:53:53
DS可以做到的。用align sequnces profile
赞一下 回复此楼
5楼2012-03-20 09:47:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

scusmf

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by aqiao at 2012-03-20 09:47:13:
DS可以做到的。用align sequnces profile

我去试试看，有什么不懂的再问下哈
赞一下 回复此楼
6楼2012-03-20 14:48:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

郝明

新虫 (正式写手)
你好 分段模建完后你组合到一起了吗 用的sybyl哪块组建的啊
赞一下 回复此楼
7楼2012-03-29 08:48:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

scusmf

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 郝明 at 2012-03-29 08:48:35:
你好 分段模建完后你组合到一起了吗 用的sybyl哪块组建的啊

我也是不知道怎么将这些蛋白片段组合起来，中间有一些空缺的位置不知道怎么填补，你有什么好方法能分享下吗
赞一下 回复此楼
8楼2012-03-29 17:16:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

郝明

新虫 (正式写手)
★
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-04-05 16:37:09
模建好的有些地方连不起来吗 有数据库的话应该在模建的时候就能连起来
我特别想知道怎么把两端结合到一起
赞一下 回复此楼
9楼2012-04-05 14:44:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Tavel

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+2, thank you 2012-04-07 18:45:19
scusmf: 金币+2 2012-04-09 09:49:24
你可以用SYBYL中的APM（Advanced Protein Modeling）模块,，它是分步进行模建的，先构建骨架，再构建LOOP区，然后构建侧链......
赞一下 回复此楼
10楼2012-04-07 17:22:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 scusmf 的主题更新
121/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 308求调剂 +4 是Lupa啊 2026-03-09 4/200 2026-03-16 01:21 by Xttdmn
[文学芳草园] 伙伴们，祝我生日快乐吧 +15 myrtle 2026-03-10 24/1200 2026-03-15 21:16 by 苏州_逗号
[考研] 材料专硕326求调剂 +4 墨煜姒莘 2026-03-15 4/200 2026-03-15 11:02 by dyw
[考研] 085601材料工程315分求调剂 +3 yang_0104 2026-03-15 3/150 2026-03-15 10:58 by peike
[考研] 265求调剂 +4 威化饼07 2026-03-12 4/200 2026-03-14 17:23 by userper
[基金申请] 现在如何回避去年的某一个专家，不知道名字 +3 zk200107 2026-03-12 6/300 2026-03-14 17:13 by zk200107
[考研] 0703化学求调剂 +5 很老实人 2026-03-09 5/250 2026-03-14 02:57 by JourneyLucky
[考研] 333求调剂 +3 球球古力 2026-03-09 3/150 2026-03-14 01:57 by JourneyLucky
[考研] 求调剂！ +4 朔朔话 2026-03-09 4/200 2026-03-14 01:38 by JourneyLucky
[考研] 0856材料与化工309分求调剂 +6 ZyZy…… 2026-03-10 6/300 2026-03-14 00:38 by JourneyLucky
[考研] 26考研调剂 +3 ying123. 2026-03-10 3/150 2026-03-14 00:18 by JourneyLucky
[考研] 求b区学校调剂 +3 周56 2026-03-11 3/150 2026-03-13 16:20 by JourneyLucky
[考研] 310求调剂 +3 【上上签】 2026-03-11 3/150 2026-03-13 16:16 by JourneyLucky
[考研] 302求调剂 +6 负心者当诛 2026-03-11 6/300 2026-03-13 16:11 by JourneyLucky
[考研] 274求调剂0856材料化工 +12 z2839474511 2026-03-11 13/650 2026-03-13 10:39 by peike
[考研] 求调剂 资源与环境 285 +3 未名考生 2026-03-10 3/150 2026-03-13 10:31 by houyaoxu
[考研] 工科0856专硕化学工程269能调剂吗 +10 我想读研11 2026-03-10 10/500 2026-03-13 10:14 by Yuyi.
[考研] 纺织、生物、化学、材料相关专业招生了 +4 耶耶业 2026-03-09 7/350 2026-03-12 19:05 by Equinoxhua
[考研] 290求调剂 +3 柯淮然 2026-03-10 8/400 2026-03-11 13:48 by 柯淮然
[考研] 化工0817调剂 +8 灿若星晨 2026-03-10 8/400 2026-03-10 22:44 by 星空星月
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭